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- PDB-3f8g: The X-ray structure of a dimeric variant of human pancreatic ribo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f8g
タイトルThe X-ray structure of a dimeric variant of human pancreatic ribonuclease with high cytotoxic and antitumor activities
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / antitumor agent / ribonuclease / 3d domain swapping / unswapped dimer / dimers / Endonuclease / Glycoprotein / Nuclease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Merlino, A. / Avella, G. / Mazzarella, L. / Sica, F.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural features for the mechanism of antitumor action of a dimeric human pancreatic ribonuclease variant.
著者: Merlino, A. / Avella, G. / Di Gaetano, S. / Arciello, A. / Piccoli, R. / Mazzarella, L. / Sica, F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure and stability of the non-covalent swapped dimer of bovine seminal ribonuclease: an enzyme tailored to evade ribonuclease protein inhibitor.
著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Merlino, A. / Mazzarella, L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The buried diversity of bovine seminal ribonuclease: shape and cytotoxicity of the swapped non-covalent form of the enzyme.
著者: Merlino, A. / Ercole, C. / Picone, D. / Pizzo, E. / Mazzarella, L. / Sica, F.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: A dimeric mutant of human pancreatic ribonuclease with selective cytotoxicity toward malignant cells.
著者: Piccoli, R. / Di Gaetano, S. / De Lorenzo, C. / Grauso, M. / Monaco, C. / Spalletti-Cernia, D. / Laccetti, P. / Cinatl, J. / Matousek, J. / D'Alessio, G.
#4: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2001
タイトル: Second generation antitumour human RNase: significance of its structural and functional features for the mechanism of antitumour action.
著者: Di Gaetano, S. / D'alessio, G. / Piccoli, R.
履歴
登録2008年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7087
ポリマ－28,2282
非ポリマー4805
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.855, 78.256, 80.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A / RNase UpI-1 / RIB-1 / HP-RNase


分子量: 14114.071 Da / 分子数: 2 / 変異: Q28L, R31C, R32C, N34K, E111G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASE1, RIB1, RNS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: A protein solution of 10mg/ml in 10mM Tris acteate ph 7.0, 300mM NaCl was equilibrated against a solution containing 27% w/v PEG, 0.2 M AS, and 100mM cacodylate buffer ph 6.5, VAPOR ...詳細: A protein solution of 10mg/ml in 10mM Tris acteate ph 7.0, 300mM NaCl was equilibrated against a solution containing 27% w/v PEG, 0.2 M AS, and 100mM cacodylate buffer ph 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 9128 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1E21, the crystal structure of des(1-7)RNase

1e21


解像度: 2.6→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 462 -RANDOM
Rwork0.215 ---
all-8980 --
obs-8539 90.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 25 162 2141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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