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- PDB-3f6w: XRE-family like protein from Pseudomonas syringae pv. tomato str.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f6w
タイトルXRE-family like protein from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000
要素XRE-family like protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / helix-turn-helix / xenobiotic response element family of transcriptional regulators / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Petrova, T. / Cuff, M. / Shackleford, G. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: XRE-family like protein from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000
著者: Petrova, T. / Cuff, M. / Shackleford, G. / Gu, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XRE-family like protein
B: XRE-family like protein
C: XRE-family like protein
D: XRE-family like protein
E: XRE-family like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6516
ポリマ－46,4415
非ポリマー2091
水10,575587
1
A: XRE-family like protein
ヘテロ分子

A: XRE-family like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9954
ポリマ－18,5772
非ポリマー4182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2150 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
2
A: XRE-family like protein
B: XRE-family like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7863
ポリマ－18,5772
非ポリマー2091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
3
B: XRE-family like protein

D: XRE-family like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5772
ポリマ－18,5772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
4
C: XRE-family like protein
E: XRE-family like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5772
ポリマ－18,5772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
5
C: XRE-family like protein
D: XRE-family like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5772
ポリマ－18,5772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8490 Å2
手法PISA
6
E: XRE-family like protein

E: XRE-family like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5772
ポリマ－18,5772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.196, 48.306, 111.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-116-

HOH

21A-513-

HOH

31A-618-

HOH

詳細Unknown. Likely to be a dimer

-
要素

#1: タンパク質
XRE-family like protein / DNA-binding protein


分子量: 9288.284 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO0717, PSPTO_0717 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q889N2
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3M Sodium chloride, 1M Bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935, 0.97948
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979351
20.979481
反射解像度: 1.85→44.659 Å / Num. obs: 78813 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 23.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2670 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHAREDM位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→44.659 Å / SU ML: 0.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 3944 5 %
Rwork0.1905 --
obs0.1934 78813 99.18 %
all-78813 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.917 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 14 587 3748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONfond0.006
X-RAY DIFFRACTIONfngle0.852
X-RAY DIFFRACTIONflanarity0.003
X-RAY DIFFRACTIONfhirality0.055
X-RAY DIFFRACTIONfihedral13.816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8505-1.87310.30941280.25462555X-RAY DIFFRACTION95
1.8731-1.89680.3221350.23392729X-RAY DIFFRACTION99
1.8968-1.92170.27541260.2172619X-RAY DIFFRACTION98
1.9217-1.94810.29231570.2122615X-RAY DIFFRACTION99
1.9481-1.97590.28731370.21292657X-RAY DIFFRACTION99
1.9759-2.00540.26751600.21262703X-RAY DIFFRACTION99
2.0054-2.03670.29031160.21892672X-RAY DIFFRACTION99
2.0367-2.07010.23631210.19832647X-RAY DIFFRACTION99
2.0701-2.10580.26091380.1992730X-RAY DIFFRACTION99
2.1058-2.14410.23761440.20462647X-RAY DIFFRACTION99
2.1441-2.18530.27851590.20122656X-RAY DIFFRACTION99
2.1853-2.22990.30041340.18652695X-RAY DIFFRACTION99
2.2299-2.27840.24821370.18432641X-RAY DIFFRACTION99
2.2784-2.33140.22241480.16772723X-RAY DIFFRACTION99
2.3314-2.38970.24591280.17832654X-RAY DIFFRACTION99
2.3897-2.45430.22831500.18122695X-RAY DIFFRACTION99
2.4543-2.52650.26631550.1912658X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.60810.27321310.19212660X-RAY DIFFRACTION100
2.6081-2.70130.26551320.20712770X-RAY DIFFRACTION100
2.7013-2.80940.29081510.21942633X-RAY DIFFRACTION100
2.8094-2.93730.26031350.21362680X-RAY DIFFRACTION100
2.9373-3.09210.24651400.20012709X-RAY DIFFRACTION100
3.0921-3.28580.24741440.1922697X-RAY DIFFRACTION100
3.2858-3.53940.21691160.16652698X-RAY DIFFRACTION100
3.5394-3.89530.18941400.15842720X-RAY DIFFRACTION100
3.8953-4.45860.24261690.15292663X-RAY DIFFRACTION100
4.4586-5.61560.21061750.15682652X-RAY DIFFRACTION100
5.6156-44.67150.22931380.20712691X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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