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- PDB-3f4h: Crystal structure of the FMN riboswitch bound to roseoflavin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f4h
タイトルCrystal structure of the FMN riboswitch bound to roseoflavin
要素(FMN riboswitch) x 2
キーワードRNA / Roseoflavin / FMN / riboswitch / transcription
機能・相同性: / Chem-RS3 / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Serganov, A.A. / Huang, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Coenzyme recognition and gene regulation by a flavin mononucleotide riboswitch.
著者: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: FMN riboswitch
Y: FMN riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,29916
ポリマ－35,5482
非ポリマー75114
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.726, 70.726, 135.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#1: RNA鎖 FMN riboswitch


分子量: 17455.389 Da / 分子数: 1 / 変異: U52C,A53U / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcribed RNA from the Fusobacterium nucleatum impX gene
参照: GenBank: 20095250
#2: RNA鎖 FMN riboswitch


分子量: 18092.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcribed RNA from the Fusobacterium nucleatum impX gene
参照: GenBank: 20095250

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非ポリマー , 4種, 15分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-RS3 / 1-deoxy-1-[8-(dimethylamino)-7-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-D-ribitol / Roseoflavin / ロセオフラビン


分子量: 405.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N5O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1 M Tris-HCl 8% PEG4000 0.2 M MgCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCL11
2PEG400011
3MgCl211
4Tris-HCL12
5PEG400012
6MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 8679 / Num. obs: 8332 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 56
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 819 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F4E

3f4e


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 44.683 / SU ML: 0.371 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22836 373 4.5 %RANDOM
Rwork0.19073 ---
all0.19243 7887 --
obs0.19243 7829 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.14 Å2-1.57 Å20 Å2
2---3.14 Å20 Å2
3---4.71 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2340 42 1 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.01734128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2810.21641
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.79532851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3214.54128
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 18 -
Rwork0.322 572 -
obs-590 98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
121.78144.8014.853815.3287-6.0813.44-1.5794-1.3466-2.2678-0.70470.85841.42660.2189-0.49490.721-0.09850.3019-0.36950.97530.05211.19352.65427.20614.692
24.34260.86980.69132.31330.97885.13820.18480.0927-0.3388-0.1363-0.1189-0.10160.14840.4469-0.0659-0.48150.02320.08330.0081-0.06210.32344.76842.3079.278
35.78260.09712.87857.1081-1.79054.13930.0858-0.2586-0.36481.00830.31830.5072-0.4706-0.8644-0.4041-0.48890.13220.0683-0.24890.02640.157217.32747.1317.619
414.72622.9002-4.94344.47883.56616.93330.0718-2.18180.45242.2057-0.57181.5041-0.17-0.2620.50.8528-0.0363-0.04810.84560.21570.797322.69133.66235.553
59.2632-2.10922.86439.4403-2.07663.5295-0.499-0.14721.04091.03610.20420.0554-1.09540.03760.2948-0.2880.06120.1068-0.2861-0.06980.135222.26559.90314.91
66.6834-0.3278-1.48861.6959-0.161.33560.45810.5328-1.9674-0.1335-0.19050.43310.466-0.3871-0.2675-0.2816-0.0201-0.0807-0.0838-0.0130.725623.83930.85716.104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2X10 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3X31 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4Y57 - 60
5X-RAY DIFFRACTION4X49 - 54
6X-RAY DIFFRACTION5Y61 - 84
7X-RAY DIFFRACTION6Y85 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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