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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f40 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NTF2-like protein of unknown function (YP_677363.1) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 1.27 A resolution | ||||||
要素 | uncharacterized NTF2-like protein | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / YP_677363.1 / NTF2-like protein of unknown function / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / SnoaL-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.27 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of NTF2-like protein of unknown function (YP_677363.1) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 1.27 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f40.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f40.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3f40_validation.pdf.gz | 422.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3f40_full_validation.pdf.gz | 425.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3f40_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3f40_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY MEASUREMENTS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13642.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア) 遺伝子: CHU_0736, YP_677363.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q11X43 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 % 解説: THE STATISTICS REPORTED IN THE STATEMENTS ABOVE WERE COMPUTED WITH THE FRIEDEL PAIRS KEPT SEPARATE |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2000M MgCl2, 30.0000% PEG-4000, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97936,0.91162,0.97925 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月10日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.27→27.217 Å / Num. obs: 29394 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.044 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 8.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.27→27.217 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 1.829 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.053 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.37 Å2 / Biso mean: 16.062 Å2 / Biso min: 7.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.27→27.217 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.27→1.303 Å / Total num. of bins used: 20
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