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万見
- PDB-3ewi: Structural analysis of the C-terminal domain of murine CMP-Sialic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ewi
タイトルStructural analysis of the C-terminal domain of murine CMP-Sialic acid Synthetase
要素N-acylneuraminate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / beta barrel / HAD-like / rossmannoid fold / Nucleotidyltransferase / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / N-acylneuraminate cytidylyltransferase / Sialic acid metabolism / N-acetylneuraminate metabolic process / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / HAD superfamily/HAD-like / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acylneuraminate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus Musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Oschlies, M. / Dickmanns, A. / Stummeyer, K. / Gerardy-Schahn, R. / Ficner, R. / Muenster-Kuehnel, A.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: A C-terminal phosphatase module conserved in vertebrate CMP-sialic acid synthetases provides a tetramerization interface for the physiologically active enzyme.
著者: Oschlies, M. / Dickmanns, A. / Haselhorst, T. / Schaper, W. / Stummeyer, K. / Tiralongo, J. / Weinhold, B. / Gerardy-Schahn, R. / von Itzstein, M. / Ficner, R. / Munster-Kuhnel, A.K.
履歴
登録2008年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
B: N-acylneuraminate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7452
ポリマ－36,7452
非ポリマー00
水3,261181
1
A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
B: N-acylneuraminate cytidylyltransferase

A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
B: N-acylneuraminate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4894
ポリマ－73,4894
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6060 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.090, 37.490, 78.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 7 - 163 / Label seq-ID: 7 - 163

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 N-acylneuraminate cytidylyltransferase / CMP-N-acetylneuraminic acid synthetase / CMP-NeuNAc synthetase


分子量: 18372.297 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus Musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99KK2, N-acylneuraminate cytidylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1843.47
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法8EtOH, Tris, DTT, Neu5Ac, pH 8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法7.5EtOH, Tris, DTT, Neu5Ac, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.210.9184
シンクロトロンBESSY 14.120.9797, 0.9799, 0.9117
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2007年6月14日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年8月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si 111 ChannelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal Si 111 ChannelMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.97971
30.97991
40.91171
Reflection冗長度: 4.2 % / Av σ(I) over netI: 27.64 / 数: 98810 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 1.01 / D res high: 1.9 Å / Num. obs: 48469 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Chi squaredRedundancyRmerge(I) obs
20500.9944.4
102025683.90.9974.50.017
610120497.91.0034.60.017
561127981.0214.60.019
452510981.0224.60.019
34707797.51.0154.50.024
2.83279197.91.0244.20.038
2.52.8609698.21.0273.80.05
2.32.56125991.0263.20.069
2.22.3385198.40.9912.70.097
22.21042899.10.134
1.92700498.80.245
反射解像度: 1.9→27.43 Å / Num. obs: 24430 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 27.636
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1769 / Rsym value: 0.252 / Χ2: 0.991 / % possible all: 69.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 1.9→27.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.363 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1256 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.209 24429 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.6 Å2 / Biso mean: 24.153 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.62 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.05 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.357 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 0 181 2575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9783280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6765325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9825.15895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78915459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4991513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21691
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.219
Refine LS restraints NCS数: 1131 / タイプ: LOOSE POSITIONAL / Rms dev position: 0.93 Å / Weight position: 5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.943 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 62 -
Rwork0.271 1112 -
all-1174 -
obs--62.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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