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万見
- PDB-3euh: Crystal Structure of the MukE-MukF Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3euh
タイトルCrystal Structure of the MukE-MukF Complex
要素
  • Chromosome partition protein mukF
  • MukE
キーワードCELL CYCLE / Chromosome condensation / condensin / non-SMC subunit / kleisin / MukE / MukF / Calcium / Cell division / Chromosome partition / Cytoplasm / DNA condensation
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / nucleoid / chromosome condensation / chromosome segregation / DNA replication / cell division / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MukE-like family, C-terminal domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2250 / Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain ...MukE-like family, C-terminal domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2250 / Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Chromosome partition protein MukE / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Suh, M.K. / Ku, B. / Ha, N.C. / Woo, J.S. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structural studies of a bacterial condensin complex reveal ATP-dependent disruption of intersubunit interactions.
著者: Woo, J.S. / Lim, J.H. / Shin, H.C. / Suh, M.K. / Ku, B. / Lee, K.H. / Joo, K. / Robinson, H. / Lee, J. / Park, S.Y. / Ha, N.C. / Oh, B.H.
履歴
登録2008年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein mukF
B: Chromosome partition protein mukF
C: MukE
D: MukE
E: MukE
F: MukE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,59810
ポリマ－209,2976
非ポリマー3004
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22410 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area66700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.338, 151.146, 188.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein mukF / Protein kicB


分子量: 50635.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60293
#2: タンパク質
MukE


分子量: 27006.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6ITT5, UniProt: P22524*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 % / Mosaicity: 0.497 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 400, CaCl2, MgAcet, glycine, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 287K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンNSLS X29A21.0039
シンクロトロンPAL/PLS 6B30.97903
検出器
ID検出器日付
1CCD2005年11月12日
2CCD2005年6月14日
3CCD2005年5月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.00391
30.979031
Reflection冗長度: 4.9 % / Av σ(I) over netI: 31.82 / 数: 196180 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.67 / D res high: 3.1 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 39887 / % possible obs: 97.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.663099.410.0582.4885.9
5.296.6698.710.092.0745.5
4.635.299910.092.0525.6
4.214.6398.610.0941.885.5
3.94.2197.610.1071.6885.3
3.673.997.210.1291.4344.8
3.493.6796.710.1461.254.6
3.343.4995.910.1691.0844.2
3.213.3495.510.1880.783.9
3.13.2193.710.2180.6763.6
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 59926 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.675 / Net I/σ(I): 31.821
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.83.80.22756090.49592.6
2.8-2.914.30.19857600.5594.8
2.91-3.044.90.1658550.6995.9
3.04-3.25.40.13259210.88297.1
3.2-3.46.10.10860141.19298.1
3.4-3.666.40.09259681.62297.5
3.66-4.0370.07960261.96597.9
4.03-4.617.60.06661742.30699.2
4.61-5.87.70.05962002.37599.5
5.8-307.30.04863992.50298.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.834 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 2455 5 %
Rwork0.225 --
obs-48571 98 %
溶媒の処理Bsol: 19.531 Å2
原子変位パラメータBiso max: 156.17 Å2 / Biso mean: 68.18 Å2 / Biso min: 16.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.66 Å20 Å20 Å2
2---1.325 Å20 Å2
3---8.985 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11487 0 20 57 11564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2632.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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