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- PDB-3rpu: Crystal structure of the MukE-MukF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpu
タイトルCrystal structure of the MukE-MukF complex
要素
  • Chromosome partition protein mukE
  • Chromosome partition protein mukF
キーワードCELL CYCLE / kleisin / SMC-associated proteins / chromosome condensation and segregation / MukB
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / nucleoid / chromosome condensation / chromosome segregation / DNA replication / cell division / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosome partition protein MukF, middle domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2250 / Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain ...Chromosome partition protein MukF, middle domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2250 / Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome partition protein MukE / Chromosome partition protein MukF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guarne, A. / Gloyd, M. / Ghirlando, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The role of MukE in assembling a functional MukBEF complex.
著者: Gloyd, M. / Ghirlando, R. / Guarne, A.
履歴
登録2011年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein mukF
G: Chromosome partition protein mukE
H: Chromosome partition protein mukE
B: Chromosome partition protein mukF
D: Chromosome partition protein mukE
E: Chromosome partition protein mukE
X: Chromosome partition protein mukF
Y: Chromosome partition protein mukE
Z: Chromosome partition protein mukE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,5489
ポリマ－327,5489
非ポリマー00
水362
1
A: Chromosome partition protein mukF
G: Chromosome partition protein mukE
H: Chromosome partition protein mukE
B: Chromosome partition protein mukF
D: Chromosome partition protein mukE
E: Chromosome partition protein mukE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,3656
ポリマ－218,3656
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22180 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area66790 Å2
手法PISA
2
X: Chromosome partition protein mukF
Y: Chromosome partition protein mukE
Z: Chromosome partition protein mukE

X: Chromosome partition protein mukF
Y: Chromosome partition protein mukE
Z: Chromosome partition protein mukE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,3656
ポリマ－218,3656
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area22020 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area66530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.890, 149.890, 738.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11Y-235-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein mukF / Protein kicB


分子量: 52807.074 Da / 分子数: 3 / 断片: MukF residues 1-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0922, JW0905, kicB, mukF, mukF (kicB) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P60293
#2: タンパク質
Chromosome partition protein mukE / Protein kicA


分子量: 28187.764 Da / 分子数: 6 / 断片: MukE residues 10-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: b0923, JW0906, kicA, mukE, MukE (kicA, ycbA, ycbA)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P22524
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.78-0.9 M Na/K phosphate, 25 mM MgSO4 and 5% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→20 Å / Num. all: 58735 / Num. obs: 57367 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.6-3.733.40.5291.40.365199.7
3.73-3.883.40.4132.040.32199.2
3.88-4.053.50.2733.210.218198.9
4.05-4.263.50.1944.70.162198.4
4.26-4.533.50.1337.310.113198.1
4.53-4.873.50.10210.080.086197.5
4.87-5.353.50.09711.130.083197
5.35-6.113.50.09411.60.085196.3
6.11-7.623.50.07115.910.065195.4
7.62-203.50.0421.860.043192.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EUH

3euh


解像度: 3.6→19.977 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2738 2894 5.06 %random
Rwork0.2174 ---
obs0.2202 57192 98.37 %-
all-60086 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.225 Å2 / ksol: 0.268 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.5551 Å2-0 Å2-0 Å2
2--13.5551 Å2-0 Å2
3----27.1103 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→19.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17081 0 0 2 17083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02118257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.73623441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.066586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1062586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073062
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.5975-3.65610.40631660.34752531269798
3.6561-3.71880.35021490.313225002649100
3.7188-3.7860.3331360.294325712707100
3.786-3.85830.33141360.28425772713100
3.8583-3.93650.34751430.26625732716100
3.9365-4.02140.31651390.256625322671100
4.0214-4.11410.30311090.229326172716100
4.1141-4.21610.31761480.24062569271799
4.2161-4.3290.28071530.22582558271199
4.329-4.4550.24491390.212325872671100
4.455-4.59710.22751330.20612579272099
4.5971-4.75930.25771190.17812601272099
4.7593-4.9470.23221350.1732600273599
4.947-5.16850.22281550.18672591274699
5.1685-5.43580.2891320.20822584271698
5.4358-5.76860.2451350.222642277799
5.7686-6.20160.3171070.25852613272098
6.2016-6.80330.31191500.23872607275798
6.8033-7.73720.26261370.2092613275097
7.7372-9.56650.22691630.15982558272194
9.5665-19.97780.24711100.19562695280592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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