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Yorodumi- PDB-2xnk: Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA dama... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xnk | ||||||
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Title | Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 | ||||||
Components | DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1 | ||||||
Keywords | ISOMERASE / PHOSPHORYLATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / DNA REPAIR | ||||||
Function / homology | Function and homology information BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / homologous recombination / protein localization to site of double-strand break / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) ...BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / homologous recombination / protein localization to site of double-strand break / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA metabolic process / response to ionizing radiation / site of DNA damage / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / DNA replication initiation / chromosome organization / protein serine/threonine kinase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / spindle pole / actin cytoskeleton / site of double-strand break / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / DNA repair / centrosome / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2011 Title: Structure and Function of the Rad9-Binding Region of the DNA-Damage Checkpoint Adaptor Topbp1. Authors: Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xnk.cif.gz | 486.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xnk.ent.gz | 406.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xnk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/2xnk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2xnhSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34313.457 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: POPINH8 AND PGEX6P1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): ROSETTA2(DE3)PLYSS / References: UniProt: Q92547 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 0.52 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.9795 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2009 / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.47→55.91 Å / Num. obs: 40485 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.63 % / Biso Wilson estimate: 45.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.96 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.74 Å / Redundancy: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2XNH Resolution: 2.6→51.347 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 0.98 / Phase error: 29.4 / Stereochemistry target values: ML Details: DURING REFINEMENT UNMERGED REFLECTIONS (APPROXIMATELY DOUBLE THE NUMBER OF THE MERGED REFLECTIONS) IN ORDE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF THE SEMET AT THE WAVELENGTH AT ...Details: DURING REFINEMENT UNMERGED REFLECTIONS (APPROXIMATELY DOUBLE THE NUMBER OF THE MERGED REFLECTIONS) IN ORDE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF THE SEMET AT THE WAVELENGTH AT WHICH THE DATA SET WAS COLLECTED (WHICH HAPPENS TO BE THE INFLECTION POINT OF THE SE ANOMALOUS PEAK)
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.145 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.5 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→51.347 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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