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- PDB-2xnk: Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA dama... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xnk | ||||||
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Title | Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 | ||||||
![]() | DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1 | ||||||
![]() | ISOMERASE / PHOSPHORYLATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / DNA REPAIR | ||||||
Function / homology | ![]() broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) ...broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA metabolic process / response to ionizing radiation / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / DNA replication initiation / chromosome organization / protein serine/threonine kinase activator activity / condensed nuclear chromosome / DNA damage checkpoint signaling / male germ cell nucleus / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / spindle pole / actin cytoskeleton / chromosome / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / DNA repair / centrosome / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and Function of the Rad9-Binding Region of the DNA-Damage Checkpoint Adaptor Topbp1. Authors: Rappas, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 50.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2xnhSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34313.457 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 0.52 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2009 / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.47→55.91 Å / Num. obs: 40485 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.63 % / Biso Wilson estimate: 45.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.96 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.74 Å / Redundancy: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 98.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2XNH Resolution: 2.6→51.347 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 0.98 / Phase error: 29.4 / Stereochemistry target values: ML Details: DURING REFINEMENT UNMERGED REFLECTIONS (APPROXIMATELY DOUBLE THE NUMBER OF THE MERGED REFLECTIONS) IN ORDE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF THE SEMET AT THE WAVELENGTH AT ...Details: DURING REFINEMENT UNMERGED REFLECTIONS (APPROXIMATELY DOUBLE THE NUMBER OF THE MERGED REFLECTIONS) IN ORDE TO TAKE INTO ACCOUNT THE ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF THE SEMET AT THE WAVELENGTH AT WHICH THE DATA SET WAS COLLECTED (WHICH HAPPENS TO BE THE INFLECTION POINT OF THE SE ANOMALOUS PEAK)
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.145 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.5 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→51.347 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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