+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t8v | ||||||
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Title | Chaetomium thermophilum cohesin loader SCC2, C-terminal fragment | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / cohesin loader / heat repeats | ||||||
Function / homology | Function and homology information mitotic cohesin loading / regulation of gene expression / chromatin binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.798 Å | ||||||
Model details | This C-terminal fragment of SCC2 extends from residue 385 to 1840. | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Yu, H. / Kikuchi, S. / Ouyang, Z. / Borek, D. / Otwinowski, Z. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2016 Title: Crystal structure of the cohesin loader Scc2 and insight into cohesinopathy. Authors: Kikuchi, S. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Tomchick, D.R. / Yu, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5t8v.cif.gz | 759.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5t8v.ent.gz | 638 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5t8v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5t8v_validation.pdf.gz | 453.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5t8v_full_validation.pdf.gz | 461.3 KB | Display | |
Data in XML | 5t8v_validation.xml.gz | 42.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5t8v_validation.cif.gz | 57.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 162400.016 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SCC2 C-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0032310 / Plasmid: pFastBacHT / Cell (production host): insect / Cell line (production host): BTI-Tn-5B1-4 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: G0S557 |
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#2: Chemical | ChemComp-CIT / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.87 % / Mosaicity: 0.293 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: 9% (w/v) PEG 6,000, 150 mM sodium citrate pH 5.2, 5 mM TCEP, 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5, 15% ethylene glycol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97935 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2015 / Details: MONOCHROMATOR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→36.24 Å / Num. obs: 51321 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 44.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.934 / Net I/av σ(I): 15.196 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 229634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.798→36.24 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.36
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 211.44 Å2 / Biso mean: 58.3625 Å2 / Biso min: 8.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.798→36.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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