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- PDB-3euj: Crystal structure of MukE-MukF(residues 292-443)-MukB(head domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3euj
タイトルCrystal structure of MukE-MukF(residues 292-443)-MukB(head domain)-ATPgammaS complex, symmetric dimer
要素
  • Chromosome partition protein mukB, Linker
  • Chromosome partition protein mukF
キーワードCELL CYCLE / MukB / MukE / MukF / Chromosome condensation / condensin / SMC / non-SMC subunit / ABC-type ATPase / WHD / ATP-binding / Cell division / Chromosome partition / DNA condensation / DNA-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / chromosome condensation / chromosome segregation / DNA replication / cell division / calcium ion binding / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MukF, C-terminal domain / N-terminal domain of mukB / N-terminal domain of mukB - #10 / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukB N-terminal / MukB hinge domain ...MukF, C-terminal domain / N-terminal domain of mukB / N-terminal domain of mukB - #10 / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukB N-terminal / MukB hinge domain / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / NK-Lysin / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukB
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus ducreyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Woo, J.S. / Lim, J.H. / Shin, H.C. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structural studies of a bacterial condensin complex reveal ATP-dependent disruption of intersubunit interactions.
著者: Woo, J.S. / Lim, J.H. / Shin, H.C. / Suh, M.K. / Ku, B. / Lee, K.H. / Joo, K. / Robinson, H. / Lee, J. / Park, S.Y. / Ha, N.C. / Oh, B.H.
履歴
登録2008年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.72025年6月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein mukB, Linker
B: Chromosome partition protein mukF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9854
ポリマ－71,4372
非ポリマー5482
水54030
1
A: Chromosome partition protein mukB, Linker
B: Chromosome partition protein mukF
ヘテロ分子

A: Chromosome partition protein mukB, Linker
B: Chromosome partition protein mukF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,9708
ポリマ－142,8754
非ポリマー1,0954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area11120 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area45500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.522, 180.203, 138.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein mukB, Linker / Structural maintenance of chromosome-related protein


分子量: 54102.809 Da / 分子数: 1 / 断片: Head domain / 変異: E1435Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (strain 35000HP / ATCC 700724) (バクテリア)
遺伝子: mukB, HD_1582 / プラスミド: pPROEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7VL96
#2: タンパク質 Chromosome partition protein mukF


分子量: 17334.508 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 292-443 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (バクテリア)
遺伝子: mukF, HD_1585 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7VL94
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細THESE RESIDUES ARE NATURAL GENETIC VARIANTS, POLYMORPHISMS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
解説: The crystal contains MukE molecules, but the model of MukE was not built in this structure because the protein exhibited only blobs of electron densities.
Mosaicity: 0.662 °
結晶化温度: 296 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Succinate, pH 7.0, hanging drop, temperature 296K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A11
シンクロトロンPAL/PLS 4A21.0064
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年11月2日
ADSC QUANTUM 2102CCD2007年11月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.00641
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 20.75 / 数: 175609 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 3.68 / D res high: 3.17 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 24252 / % possible obs: 91.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.82509910.0787.94810.7
5.426.8299.110.1333.6749.2
4.735.4298.310.1232.9859.4
4.34.7398.210.1412.6388.9
3.994.395.710.162.1447.2
3.763.9995.710.2262.0346.4
3.573.769810.2752.4688.2
3.413.5788.810.3082.1543.8
3.283.418110.3693.2762.9
3.173.2859.810.3953.0282.2
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 24721 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.391 / Net I/σ(I): 20.751
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.212.80.16319700.9281,273.3
3.21-3.343.40.15521670.9941,280.4
3.34-3.494.10.14523291.1171,286.5
3.49-3.6750.1224691.1631,291.3
3.67-3.960.10324961.2441,292.2
3.9-4.217.10.08125101.4151,292.3
4.21-4.638.50.07525601.5241,294.7
4.63-5.299.20.06626411.5041,295.6
5.29-6.668.90.06626961.431,296.9
6.66-309.60.04328831.5371,297.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.806 / σ(F): 0
詳細: the mattews coeffincient and solvent content have been calculated with the total molecular weight of all molecules in the asymmetric unit of the crystal, including two MukE molecules and all ...詳細: the mattews coeffincient and solvent content have been calculated with the total molecular weight of all molecules in the asymmetric unit of the crystal, including two MukE molecules and all missing residues of MukF and MukB.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1204 4.4 %
Rwork0.259 --
obs-24409 89 %
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso max: 133.31 Å2 / Biso mean: 53.833 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.068 Å20 Å20 Å2
2---35.047 Å20 Å2
3---14.979 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 0 32 30 4224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5611.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7792
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9862.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ATG.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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