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- PDB-3eqy: Crystal structure of human MDMX in complex with a 12-mer peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eqy
タイトルCrystal structure of human MDMX in complex with a 12-mer peptide inhibitor
要素
  • 12-mer peptide inhibitor
  • Mdm4 protein
キーワードONCOPROTEIN / MDM4 / MDMX / MDMX-peptide inhibitor complex / Metal-binding / Nucleus / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / cellular response to hypoxia / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / PHOSPHATE ION / Protein Mdm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Pazgier, M. / Lu, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis for high-affinity peptide inhibition of p53 interactions with MDM2 and MDMX.
著者: Pazgier, M. / Liu, M. / Zou, G. / Yuan, W. / Li, C. / Li, C. / Li, J. / Monbo, J. / Zella, D. / Tarasov, S.G. / Lu, W.
履歴
登録2008年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mdm4 protein
B: Mdm4 protein
C: 12-mer peptide inhibitor
D: 12-mer peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,50410
ポリマ－22,0064
非ポリマー4986
水4,684260
1
A: Mdm4 protein
C: 12-mer peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2525
ポリマ－11,0032
非ポリマー2493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5720 Å2
手法PISA
2
B: Mdm4 protein
D: 12-mer peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2525
ポリマ－11,0032
非ポリマー2493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.627, 75.627, 35.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Mdm4 protein / p53-binding protein Mdm4 / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / Double minute 4 protein


分子量: 9575.293 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues residues 24-108 / 変異: Q68A, Q69A, E70A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド 12-mer peptide inhibitor


分子量: 1427.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide identified by screening a duodecimal peptide library displayed on M13 phage
#3: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月27日 / 詳細: confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→65.51 Å / Num. all: 27997 / Num. obs: 27972 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 64.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 20.2 / Rsym value: 0.098 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Z5T

2z5t


解像度: 1.63→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16874 1401 5 %RANDOM
Rwork0.1548 ---
obs0.15551 26538 99.92 %-
all-27939 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 28 260 1816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7462.0012324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4825222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.05124.93375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6715309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.427156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.51019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56521644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4883678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9344.5661
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A685tight positional0.010.05
22B102tight positional0.210.05
11A685tight thermal0.110.5
22B102tight thermal0.180.5
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.674 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 82 -
Rwork0.193 1971 -
obs--99.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40550.5191-0.48441.1216-0.13890.95130.0140.0624-0.019-0.0381-0.01840.10680.0325-0.06210.00440.04620.003-0.00690.0429-0.01070.035-10.031318.29843.9288
20.746-0.1463-0.10591.8277-0.49340.9516-0.01770.0543-0.0983-0.04840.01570.0420.0767-0.00650.0020.0425-0.00050.00560.0484-0.01210.0342-20.953744.09439.915
310.59330.8319-0.16561.56991.10013.0812-0.1292-0.2119-0.03880.2035-0.05560.22630.1662-0.1840.18490.0437-0.01520.02060.0144-0.00730.0407-16.196317.828514
43.84954.4404-1.23419.96290.43913.2341-0.0766-0.2541-0.24650.2331-0.15060.0350.24620.04560.22720.04310.02090.02110.01550.0170.042-23.522838.525119.8481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B25 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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