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- PDB-3epx: Crystal structure of Trypanosoma vivax nucleoside hydrolase in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3epx
タイトルCrystal structure of Trypanosoma vivax nucleoside hydrolase in complex with the inhibitor (2R,3R,4S)-2-(hydroxymethyl)-1-(quinolin-8-ylmethyl)pyrrolidin-3,4-diol
要素IAG-nucleoside hydrolase
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold / active site loops / aromatic stacking
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IMQ / IAG-nucleoside hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma vivax (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Versees, W. / Goeminne, A. / Berg, M. / Vandemeulebroucke, A. / Haemers, A. / Augustyns, K. / Steyaert, J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of T. vivax nucleoside hydrolase in complex with new potent and specific inhibitors.
著者: Versees, W. / Goeminne, A. / Berg, M. / Vandemeulebroucke, A. / Haemers, A. / Augustyns, K. / Steyaert, J.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IAG-nucleoside hydrolase
B: IAG-nucleoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9657
ポリマ－75,2442
非ポリマー7215
水12,160675
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.422, 74.198, 73.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 IAG-nucleoside hydrolase


分子量: 37621.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma vivax (トリパノソーマ)
プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 / 参照: UniProt: Q9GPQ4, purine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-IMQ / (2R,3R,4S)-2-(hydroxymethyl)-1-(quinolin-8-ylmethyl)pyrrolidine-3,4-diol / (3S)-1-[(8-キノリル)メチル]-5β-(ヒドロキシメチル)ピロリジン-3α,4α-ジオ-ル


分子量: 274.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N2O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8152 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月18日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8152 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→72.74 Å / Num. all: 49440 / Num. obs: 49440 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.41
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HOZ (with flexible parts removed)

1hoz


解像度: 1.85→23.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.21 2504 RANDOM (same set of reflections as for PDB entry 1HOZ)
Rwork0.16 --
all0.16 46935 -
obs0.16 46935 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→23.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4973 0 48 675 5696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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