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万見
- PDB-3epf: CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3epf
タイトルCryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2
要素
  • Poliovirus receptor
  • Protein VP1
  • Protein VP2
  • Protein VP3
  • Protein VP4
キーワードVIRUS / CD155 structure Immunoglobulin Superfamily / poliovirus capsid jelly role / Cell adhesion / Cell membrane / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immunoglobulin domain / Membrane / Receptor / Secreted / Transmembrane / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / Nectin/Necl trans heterodimerization / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / natural killer cell mediated cytotoxicity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity ...susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / Nectin/Necl trans heterodimerization / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / natural killer cell mediated cytotoxicity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / cell adhesion molecule binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / adherens junction / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / virus receptor activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / receptor ligand activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / focal adhesion / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / proteolysis / extracellular space / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Immunoglobulin V-Type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Immunoglobulin V-set domain / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Chem-SC4 / Genome polyprotein / Poliovirus receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Poliovirus type 2 (ポリオウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Zhang, P. / Mueller, S. / Morais, M.C. / Bator, C.M. / Bowman, V.D. / Hafenstein, S. / Wimmer, E. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of CD155 and electron microscopic studies of its complexes with polioviruses.
著者: Ping Zhang / Steffen Mueller / Marc C Morais / Carol M Bator / Valorie D Bowman / Susan Hafenstein / Eckard Wimmer / Michael G Rossmann /
要旨: When poliovirus (PV) recognizes its receptor, CD155, the virus changes from a 160S to a 135S particle before releasing its genome into the cytoplasm. CD155 is a transmembrane protein with 3 Ig-like ...When poliovirus (PV) recognizes its receptor, CD155, the virus changes from a 160S to a 135S particle before releasing its genome into the cytoplasm. CD155 is a transmembrane protein with 3 Ig-like extracellular domains, D1-D3, where D1 is recognized by the virus. The crystal structure of D1D2 has been determined to 3.5-A resolution and fitted into approximately 8.5-A resolution cryoelectron microscopy reconstructions of the virus-receptor complexes for the 3 PV serotypes. These structures show that, compared with human rhinoviruses, the virus-receptor interactions for PVs have a greater dependence on hydrophobic interactions, as might be required for a virus that can inhabit environments of different pH. The pocket factor was shown to remain in the virus during the first recognition stage. The present structures, when combined with earlier mutational investigations, show that in the subsequent entry stage the receptor moves further into the canyon when at a physiological temperature, thereby expelling the pocket factor and separating the viral subunits to form 135S particles. These results provide a detailed analysis of how a nonenveloped virus can enter its host cell.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年5月11日Group: Derived calculations
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.name
改定 1.42018年10月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn / struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月17日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1563
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2267
ポリマ－116,5745
非ポリマー6522
水4,882271
1
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,033,546420
ポリマ－6,994,420300
非ポリマー39,125120
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 586 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)586,12935
ポリマ－582,86825
非ポリマー3,26010
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: Poliovirus receptor
1: Protein VP1
2: Protein VP2
4: Protein VP4
3: Protein VP3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 703 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)703,35542
ポリマ－699,44230
非ポリマー3,91312
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 R1243

#1: タンパク質 Poliovirus receptor / Nectin-like protein 5 / Necl-5


分子量: 23330.514 Da / 分子数: 1 / 断片: Poliovirus receptor CD155 D1D2 / 変異: N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVR, PVS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15151
#2: タンパク質 Protein VP1


分子量: 30734.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 2 (ポリオウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06210
#3: タンパク質 Protein VP2


分子量: 29045.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 2 (ポリオウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06210
#4: タンパク質 Protein VP4


分子量: 7346.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 2 (ポリオウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06210
#5: タンパク質 Protein VP3


分子量: 26115.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 2 (ポリオウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06210

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非ポリマー , 3種, 273分子

#6: 化合物 ChemComp-SC4 / 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE / Sch-48973


分子量: 423.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17Cl3O3
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2COMPLEX0
2poliovirus receptorCOMPLEX1
3poliovirus type 2VIRUS1
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 20mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2745 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1236 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア名称: EMfit / カテゴリ: モデルフィッティング
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 9 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 2.69 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.66 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8152 0 38 271 8461

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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