PDB-3em3: Crystal structure of amprenavir (APV) in complex with a drug resi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3em3

タイトル

Crystal structure of amprenavir (APV) in complex with a drug resistant HIV-1 protease variant (I50L/A71V).

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / protease inhibitor / hyper susceptibility / drug resistance / hiv / amprenavir / AIDS / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Prabu-Jeyabalan, M. / King, N. / Royer, C. / Schiffer, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Kinetic and Structural Studies on Atazanavir-specific I50L Drug-Resistant HIV-1 Protease Mutant
著者: Prabu-Jeyabalan, M. / King, N. / Bandaranayake, R. / Nalivaika, E. / Schiffer, C.

履歴

登録	2008年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3em3.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3em3_validation.pdf.gz	781.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3em3_full_validation.pdf.gz	784.6 KB	表示
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CIF形式データ	3em3_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3em3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3em3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1f7aS 3ekp 3ekq 3ekt 3ekv 3ekw 3ekx 3eky 3el0 3el1 3el4 3el5 3em4 3em6 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oxw-1 6oxp-d 6oy0-d 1mt9-d 1t7i-d 3saa-d 2qi1-d 3oxv-2 1kjg-d 6oxu-d 5kr1-d 6dh0-d 4ep2-d 4dqc-d 6oy2-d 6pjo-d 4dqh-d 3ekt-1 1qbt-d 3oxx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.160, 57.907, 61.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10843.844 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 491-589 / 変異: Q7K,I50L,V64I,A71V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, HIV-1 subtype B / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-478 / {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER / Amprenavir / アンプレナビル分子量: 505.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₅N₃O₆S / コメント: プロテアーゼ阻害剤, 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月17日 / 詳細: Yale Mirrors

放射

モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 9644 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 12.95

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.28	0.439	910	0.906	1	95.2
2.28-2.37	0.411	918	0.915	1	98.1
2.37-2.48	0.366	958	0.917	1	99.7
2.48-2.61	0.307	954	0.928	1	99.8
2.61-2.77	0.236	957	0.998	1	99.7
2.77-2.99	0.186	960	1.011	1	99.9
2.99-3.29	0.126	963	1.079	1	99.9
3.29-3.76	0.092	977	1.235	1	99.8
3.76-4.74	0.07	1001	1.355	1	99.8
4.74-50	0.06	1046	1.042	1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

開始モデル: 1F7A

1f7a

解像度: 2.2→41.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 14.292 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	439	4.7 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.188	9283	95.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.53 Å² / B_iso mean: 36.111 Å² / B_iso min: 13.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1458	0	51	86	1595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	2.012	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.69	3	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.564	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.911	24.902	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.074	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.489	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	961
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.206	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.351	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.765	1.5	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.178	1.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.945	2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.614	3	628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.287	4.5	524

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	28	-
R_work	0.219	596	-
all	-	624	-
obs	-	-	87.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2806	-0.1905	2.7819	7.4065	-0.0826	3.3963	-0.1597	0.2779	0.2764	-0.4986	0.0286	0.3381	-0.1342	0.0519	0.1311	-0.0569	-0.0193	-0.0191	-0.0645	0.035	-0.1768	20.3768	8.613	2.4038
2	31.7602	-4.2034	12.0893	4.0094	5.936	21.0477	0.6398	0.0321	-1.3017	0.1648	0.1994	0.2761	1.6827	-0.5944	-0.8392	0.0423	-0.0804	0.0038	-0.0887	-0.0264	-0.1105	20.8297	-4.4596	2.9515
3	19.4725	5.4115	7.2666	9.9834	0.9224	2.8848	0.378	-0.3568	-0.0452	1.0519	-0.262	0.8407	-0.4017	-0.3171	-0.116	0.0058	0.0287	0.0421	-0.1545	-0.0117	-0.0972	19.4609	12.1563	14.9108
4	30.4445	4.2238	15.0125	7.549	3.7443	15.8522	0.0219	-0.0658	-0.4737	-0.3266	0.3423	-0.8522	-0.1726	0.5961	-0.3642	-0.0251	-0.0254	0.0936	-0.0953	0.0201	-0.0943	38.7622	-2.1164	6.9587
5	18.1509	-8.2538	0.8154	5.1942	-1.4633	0.865	0.1034	0.157	-0.4538	-0.1114	-0.1513	0.326	0.12	0.0118	0.048	-0.0665	-0.0456	0.0098	-0.1046	0.0202	-0.1148	26.6353	1.2602	12.1785
6	9.9772	-5.1768	3.5335	10.5739	6.7211	11.9042	0.5805	0.1593	-0.0503	0.2931	0.1089	-0.728	0.2479	0.703	-0.6894	-0.1099	-0.041	0.0261	-0.092	0.0974	-0.0843	40.0363	-1.9521	20.1092
7	52.5187	18.69	-9.4488	8.1701	1.2776	15.8763	0.978	-2.0764	3.112	0.2711	-0.3742	0.8879	-0.1495	-0.6915	-0.6038	-0.1596	0.0337	-0.0331	-0.0928	0.0123	0.2993	2.5345	7.0814	14.2197
8	15.3505	-0.2952	-5.9291	0.0233	-0.1612	6.5904	0.0298	-0.0358	0.4602	-0.1125	0.1193	0.2397	0.0189	0.2056	-0.149	-0.129	-0.0083	-0.0348	-0.1198	0.0072	-0.0258	14.0394	1.4956	12.1857
9	20.6236	-2.4708	1.7672	0.3057	-0.3508	2.1397	0.2054	-0.9574	0.2765	-0.193	0.1149	0.1702	-0.5736	-1.2351	-0.3202	0.0053	0.0206	0.0602	0.0475	0.1068	0.1796	0.4278	-5.3832	17.2953
10	38.9284	6.3933	10.066	1.1347	2.3489	8.3187	0.3404	-1.6155	0.5798	0.3949	-0.4003	0.2698	0.6428	-0.5336	0.0598	-0.0112	-0.0444	0.0136	-0.0955	0.0163	-0.1979	26.5056	-1.8043	26.2419
11	28.9243	8.2092	11.3596	22.1263	3.3885	5.1335	0.1356	-0.3878	-0.5708	0.1445	0.1857	0.042	-0.1522	0.1265	-0.3213	-0.0932	0.0081	0.0118	-0.1342	0.0044	-0.2182	14.5633	-10.0876	19.6388
12	11.4785	3.9255	-6.3879	4.031	-9.0551	21.1129	0.1593	-0.6152	0.2024	0.4613	-0.221	-0.6719	0.145	0.465	0.0617	-0.0963	-0.0141	-0.0696	-0.0394	-0.0066	-0.1069	39.1522	3.937	20.8127
13	34.519	13.7426	6.7731	15.03	-0.1068	4.166	0.05	1.195	-0.4675	-0.4543	-0.0299	-0.5214	-0.6497	0.3858	-0.0202	-0.094	0.0556	0.1435	-0.0771	-0.0329	-0.0904	37.4076	4.6814	6.5793
14	5.1582	-1.4476	1.4278	1.666	-1.1269	0.9394	-0.0802	-0.1791	0.4418	-0.2705	0.0165	0.033	0.31	0.3244	0.0637	-0.046	-0.0584	-0.0425	-0.1244	0.0047	-0.0867	36.2397	7.0833	12.6646
15	9.8008	-9.3771	8.699	23.0263	-13.8268	24.5452	0.0757	0.0699	-0.594	0.1281	0.0416	-0.0159	-0.0138	-0.3953	-0.1173	-0.1976	-0.0952	-0.0044	-0.1222	0.0343	0.0033	1.7885	-7.5719	12.6086
16	3.7715	13.0514	-5.7027	48.2856	-18.4206	9.1766	0.1213	0.1382	0.462	0.0348	-0.1875	1.0205	-0.4117	0.249	0.0662	-0.1149	-0.0163	-0.1287	-0.0211	0.1385	0.3141	3.1394	5.8241	7.2525
17	8.2791	6.5977	1.6754	5.4741	2.6282	8.0672	-0.0246	0.8219	-0.0236	-0.6472	0.5389	0.7392	0.3209	0.1276	-0.5143	-0.1775	-0.0138	-0.0194	0.0299	0.0009	0.0333	4.4478	-0.7272	6.9704
18	1.5702	1.7321	-1.4786	6.7932	-0.5026	15.3637	-0.0921	0.0065	-0.0369	0.264	0.276	0.1742	0.6559	-0.4785	-0.1839	-0.0873	0.0241	-0.027	-0.0665	0.0683	-0.1306	29.6081	-3.9742	16.0932
19	14.3654	6.8359	-14.3815	11.9388	-5.7947	14.5243	0.7804	-0.1645	0.9002	0.8185	0.5632	0.619	-0.9465	-0.4755	-1.3435	-0.0893	-0.031	0.0801	-0.0432	0.0957	-0.037	10.8089	-0.1538	18.7076
20	10.6156	-3.3181	-4.8844	3.725	1.7947	8.902	0.0339	0.2776	0.0821	0.1427	0.0157	0.1576	0.5288	-0.0203	-0.0496	-0.0441	-0.0336	-0.0211	-0.1296	-0.0249	-0.1383	29.0651	9.2004	11.0001
21	1.3807	-1.6759	3.0879	2.0342	-3.7481	6.9061	0.0955	0.188	-0.2856	-0.049	-0.061	0.6009	0.0968	-0.2553	-0.0345	-0.0693	-0.0976	-0.0873	-0.0181	0.0489	0.0109	11.6107	0.4039	4.4855
22	0.1761	1.8931	0.9731	22.1213	7.7857	9.4302	0.5673	0.2751	0.2251	0.7145	0.3208	-0.0828	0.696	0.1773	-0.8881	0.0024	-0.029	-0.0197	0.0219	0.0076	0.0007	20.0592	-1.4272	16.7728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	11 - 20
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	21 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	6	A	33 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	21 - 32
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	10	A	44 - 56
14	X-RAY DIFFRACTION	11	B	44 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	12	A	57 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	13	A	63 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	14	A	69 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	15	B	57 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	16	B	63 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	17	B	69 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	18	A	77 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	19	B	77 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	20	A	86 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	21	B	86 - 93
25	X-RAY DIFFRACTION	22	B	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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