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- PDB-3els: Crystal Structure of Yeast Pml1p, Residues 51-204 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3els
タイトルCrystal Structure of Yeast Pml1p, Residues 51-204
要素Pre-mRNA leakage protein 1
キーワードSPLICING / Intrinsically unstructured domain / forkhead-associated domain (FHA) domain / pre-mRNA retention and splicing / protein phosphorylation / RES complex / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA leakage protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Trowitzsch, S. / Weber, G. / Luehrmann, R. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the Pml1p subunit of the yeast precursor mRNA retention and splicing complex.
著者: Trowitzsch, S. / Weber, G. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.
履歴
登録2008年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA leakage protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4787
ポリマ－18,0501
非ポリマー4286
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Pre-mRNA leakage protein 1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,87142
ポリマ－108,3026
非ポリマー2,56936
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area19520 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.613, 100.613, 102.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

MG

21A-205-

CL

31A-295-

HOH

41A-296-

HOH

51A-340-

HOH

61A-357-

HOH

71A-368-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA leakage protein 1


分子量: 18050.314 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51 to 204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PML1, YLR016C, L1591 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q07930
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, 200 mM Li2SO4, 21-24 % PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9802 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.7 Å / Num. obs: 16896 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 71.7 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2473 / Rsym value: 0.81 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.859 / SU ML: 0.089 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23611 949 5.1 %RANDOM
Rwork0.18898 ---
all0.19133 17744 --
obs0.19133 17665 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å2-0.84 Å20 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3---2.53 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1168 0 26 185 1379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.9841708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2885157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65323.90664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92515227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6721512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30821229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8593547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9174.5476
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 69 -
Rwork0.265 1258 -
obs--98.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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