PDB-3elo: Crystal Structure of Human Pancreatic Prophospholipase A2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3elo

タイトル

Crystal Structure of Human Pancreatic Prophospholipase A2

要素

Phospholipase A2

キーワード

HYDROLASE / Human Pancreatic Prophospholipase A2 / Trimeric / Lipid degradation / Metal-binding / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

Acyl chain remodelling of PG / regulation of D-glucose import / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / positive regulation of podocyte apoptotic process / Synthesis of PA / phosphatidylglycerol metabolic process / phospholipase A2 activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Xu, W. / Yi, L. / Feng, Y. / Chen, L. / Liu, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural insight into the activation mechanism of human pancreatic prophospholipase A2
著者: Xu, W. / Yi, L. / Feng, Y. / Chen, L. / Liu, J.

履歴

登録	2008年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3elo.cif.gz	45 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3elo.ent.gz	31.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3elo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3elo_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3elo_full_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示
XML形式データ	3elo_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	3elo_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3aqz-1 5jk2-6 2i0u-2 3l50-1 1oj6-1 5hdy-d 2wob-3 3aqz-2 3pru-4 6rr0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (16) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase A2

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Phospholipase A2

ヘテロ分子

A: Phospholipase A2

ヘテロ分子

A: Phospholipase A2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.549, 56.549, 60.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-127- SO4
2	1	A-127- SO4

#1: タンパク質	Phospholipase A2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / Group IB phospholipase A2 分子量: 14870.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G1B / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P04054, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4 詳細: 0.1M Tris, 0.2M lithium sulfate, 33% PEG 4000, pH 8.4, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCED ULTRA / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→18.683 Å / Num. obs: 16060 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.879

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.55-1.63	3.8	0.513	1.4	8749	2323	0.513	100
1.63-1.73	4.1	0.386	2	9079	2219	0.386	100
1.73-1.85	4.2	0.351	1.7	8792	2079	0.351	100
1.85-2	4.9	0.174	1.6	9382	1931	0.174	100
2-2.19	5.2	0.107	6.9	9321	1778	0.107	100
2.19-2.45	5.7	0.074	9.9	9311	1626	0.074	100
2.45-2.83	6.5	0.056	13.1	9277	1433	0.056	100
2.83-3.47	7	0.038	18	8434	1199	0.038	100
3.47-4.9	8.5	0.03	21.8	8015	947	0.03	100
4.9-19.05	7.5	0.027	24.8	3949	525	0.027	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrysalisPro		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→18.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 3.326 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.183	810	5 %	RANDOM
R_work	0.145	-	-	-
obs	0.147	16042	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 36.78 Å² / B_iso mean: 8.896 Å² / B_iso min: 2.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→18.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1033	0	5	164	1202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.955	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.936	3.015	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.789	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.676	25.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.998	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.309	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.524	1.5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.151	1.5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.915	2	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.611	3	415
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.571	4.5	390

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	63	-
R_work	0.243	1111	-
all	-	1174	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9297	0.0801	1.9794	7.198	-5.1975	5.3118	-0.0948	1.1781	-0.4957	-0.6798	-0.1368	-0.6038	0.6216	0.5193	0.2315	0.0907	0.0101	0.0533	0.2091	-0.0765	0.0889	-7.7451	-28.8047	-6.1866
2	0.6998	-0.5508	-1.2868	1.2357	0.8899	2.3938	-0.007	-0.0765	0.0154	0.0687	0.0183	-0.0912	0.0203	0.1337	-0.0112	0.0413	-0.004	-0.0007	0.0603	-0.0032	0.0479	-7.1289	-25.2248	5.8264
3	1.6096	0.8233	0.0214	1.6519	2.4793	5.032	-0.0352	-0.1563	-0.1636	0.1973	-0.05	-0.0173	0.4102	0.0563	0.0852	0.0494	0.0172	0.0218	0.0406	0.0145	0.0477	-13.3385	-31.1879	8.1476
4	0.6379	-0.2426	1.1853	1.0738	-0.4842	3.9264	-0.0078	0.0835	-0.0196	-0.0091	0.0036	-0.0114	-0.0371	0.047	0.0042	0.032	-0.0064	0.0064	0.0475	-0.0033	0.0477	-18.4974	-30.726	-6.9702
5	1.6069	0.8899	-0.1964	1.5001	0.3324	0.7535	-0.0224	0.1193	0.0765	-0.0653	0.0248	0.0607	-0.0381	-0.0706	-0.0024	0.0384	0.0132	-0.0066	0.0692	0.0013	0.0482	-19.5381	-23.37	-4.584
6	11.1237	-1.0881	-0.9397	3.088	0.1906	4.6658	-0.044	0.6268	0.2746	-0.3428	0.1343	0.0877	-0.2595	-0.1192	-0.0904	0.0811	-0.0055	0.012	0.065	0.0222	0.0682	-5.9748	-12.7195	-10.136
7	0.2376	0.6356	0.1853	4.1104	-1.7357	2.2133	-0.027	0.0112	-0.0244	-0.0995	-0.0099	-0.1327	-0.0079	0.0389	0.037	0.0207	0.0135	0.0234	0.0436	0.0047	0.0604	-0.9074	-21.8424	-5.9617
8	2.969	0.2947	-1.955	1.9497	-0.4043	5.0889	0.0309	-0.0036	0.0829	0.0107	-0.0643	-0.0908	-0.4321	0.0902	0.0334	0.0601	0.0053	-0.0112	0.0362	-0.0037	0.0267	-8.4008	-14.408	9.8012
9	2.5327	1.4304	-0.5277	2.2199	-0.4444	1.2942	0.0359	-0.0012	0.1115	0.0131	-0.0381	-0.0232	-0.0753	0.023	0.0022	0.0494	0.0179	-0.0004	0.0521	-0.0046	0.0561	-11.7229	-15.8648	2.1135
10	3.322	-1.797	-1.3007	2.3671	2.3224	3.0406	0.0172	-0.069	-0.051	0.0232	-0.0086	-0.0241	0.0814	-0.0794	-0.0086	0.0374	-0.0153	0.014	0.0489	0.0058	0.053	-22.8784	-34.6483	1.7245
11	1.9358	-1.6425	2.165	7.9472	-5.5485	8.7661	0.1565	0.04	-0.264	-0.1998	-0.0983	0.1431	0.4825	0.067	-0.0582	0.0483	0.002	-0.0042	0.0548	-0.01	0.047	-23.9169	-37.1271	-13.5962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-6 - 0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	11 - 22
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	23 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	37 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	55 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	61 - 71
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	72 - 87
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	88 - 107
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	108 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	119 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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