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- PDB-3l50: The crystal structure of human Glia Maturation Factor, Gamma (GMFG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l50
タイトルThe crystal structure of human Glia Maturation Factor, Gamma (GMFG)
要素Glia maturation factor gamma
キーワードHORMONE / GMFG / human / Glia Maturation Factor / Gamma / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Growth factor
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament debranching / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cortical actin cytoskeleton / protein kinase inhibitor activity / growth factor activity / enzyme activator activity / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...actin filament debranching / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cortical actin cytoskeleton / protein kinase inhibitor activity / growth factor activity / enzyme activator activity / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / protein phosphorylation / Neutrophil degranulation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glia maturation factor / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glia maturation factor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Krysztofinska, E. / Hapka, E. / Krojer, T. / Muniz, J. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. ...Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Krysztofinska, E. / Hapka, E. / Krojer, T. / Muniz, J. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human Glia Maturation Factor, Gamma (GMFG)
著者: Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Krysztofinska, E. / Hapka, E. / Krojer, T. / Muniz, J. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glia maturation factor gamma
B: Glia maturation factor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2804
ポリマ－32,2092
非ポリマー712
水2,828157
1
A: Glia maturation factor gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1041
ポリマ－16,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glia maturation factor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1753
ポリマ－16,1041
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.870, 78.150, 57.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1-

CL

21B-208-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glia maturation factor gamma / GMFG / GMF-gamma


分子量: 16104.489 Da / 分子数: 2 / 断片: ADF-H domain, residues 7-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMFG / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: O60234
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M NaCl, 10% PEG 6000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.21 Å / Num. obs: 22857 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 114339
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.865 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 16823 / Rsym value: 0.865 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VKK

1vkk


解像度: 1.9→46.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.374 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25493 1172 5.1 %RANDOM
Rwork0.18941 ---
all0.19271 21685 --
obs0.19271 21685 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2217 0 2 157 2376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9763110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85933942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3115282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39124.386114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6215433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4221517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5351386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9485540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.68172266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.2019912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.38811838
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 89 -
Rwork0.288 1572 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.82591.24940.06664.62220.40642.67310.0293-0.1274-0.14950.14680.0149-0.15620.18570.1433-0.04420.03150.0277-0.0040.0669-0.01460.020622.84179.468610.8783
23.25160.7147-0.17494.2654-0.03112.1078-0.0158-0.0262-0.01960.1080.01420.0322-0.12720.01660.00150.02570.0172-0.00950.0215-0.01030.01384.736927.485612.6235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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