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Yorodumi- PDB-4hp4: Crystal structure of PAS domain from the fruit-fly ELK potassium ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hp4 | ||||||
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Title | Crystal structure of PAS domain from the fruit-fly ELK potassium channel | ||||||
Components | Eag-like K[+] channel | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Potassium channel domain / PAS domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic cation channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Adaixo, R. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Structural properties of PAS domains from the KCNH potassium channels Authors: Adaixo, R. / Harley, C.A. / Castro-Rodrigues, A.F. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hp4.cif.gz | 122.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hp4.ent.gz | 96.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hp4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hp4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4hoiC 4hp9C 4hqaC 1bywS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological unit is most likely a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 15119.406 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: PAS domain of KCNH channel, UNP residues 11-136 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Dmel_CG5076, elk / Plasmid: pet15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21(DE3) References: UniProt: A1ZB14, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Phosphotransferases with a nitrogenous group as acceptor #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.81 Å3/Da / Density % sol: 74.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 30% PEG5000, 0.35M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.933 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 19, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→53.149 Å / Num. all: 39431 / Num. obs: 39431 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 1.4 / Redundancy: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 19.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1BYW Resolution: 2→53.141 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.1197 / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.66 / Stereochemistry target values: ML Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.219 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→53.141 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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