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- PDB-6l9u: Crystal structure of mouse TIFA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l9u
タイトルCrystal structure of mouse TIFA
要素TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
キーワードSIGNALING PROTEIN / FHA domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein homooligomerization / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Nakamura, T. / Yamagata, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of TIFA: Insight into TIFA-dependent signal transduction in innate immunity.
著者: Nakamura, T. / Hashikawa, C. / Okabe, K. / Yokote, Y. / Chirifu, M. / Toma-Fukai, S. / Nakamura, N. / Matsuo, M. / Kamikariya, M. / Okamoto, Y. / Gohda, J. / Akiyama, T. / Semba, K. / ...著者: Nakamura, T. / Hashikawa, C. / Okabe, K. / Yokote, Y. / Chirifu, M. / Toma-Fukai, S. / Nakamura, N. / Matsuo, M. / Kamikariya, M. / Okamoto, Y. / Gohda, J. / Akiyama, T. / Semba, K. / Ikemizu, S. / Otsuka, M. / Inoue, J.I. / Yamagata, Y.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of mouse TIFA
著者: Nakamura, T. / Inoue, J. / Yamagata, Y.
履歴
登録2019年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6511
ポリマ－22,6511
非ポリマー00
水1629
1
A: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A

A: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3032
ポリマ－45,3032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area2090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.527, 79.007, 93.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A / TRAF2-binding protein


分子量: 22651.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tifa, T2bp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q793I8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: MES pH 6.4, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.43 Å / Num. obs: 6561 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 48.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.636 / Num. unique obs: 331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.601→45.429 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 354 5.6 %
Rwork0.2244 --
obs0.2268 6327 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.77 Å2 / Biso mean: 81.6295 Å2 / Biso min: 38.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.601→45.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1151 0 0 9 1160
Biso mean---59.99 -
残基数----140
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6014-2.60.36651100.3247183791
2.9778-3.75150.32121150.2567202398
3.7515-45.4290.23591290.1969211399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.8152 Å / Origin y: 14.9041 Å / Origin z: 50.6647 Å
111213212223313233
T0.5347 Å20.0057 Å20.0521 Å2-0.5675 Å2-0.0428 Å2--0.6883 Å2
L5.5227 °2-1.1912 °2-0.2096 °2-2.8747 °2-0.8378 °2--2.6035 °2
S0.1226 Å °-0.2113 Å °0.9395 Å °0.2043 Å °0.0449 Å °0.2873 Å °-0.4342 Å °-0.2809 Å °-0.1507 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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