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- PDB-3ejz: Structure of E203V mutant E.coli Cl-/H+ exchanger, CLC-ec1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ejz
タイトルStructure of E203V mutant E.coli Cl-/H+ exchanger, CLC-ec1
要素
  • Fab fragment, Heavy chain
  • Fab fragment, Light chain
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
キーワードIMMUNE SYSTEM/PROTON TRANSPORT / membrane protein / Cl-/H+ exchanger / Antiport / Cell inner membrane / Cell membrane / Chloride / Ion transport / Stress response / Transmembrane / Transport / IMMUNE SYSTEM-PROTON TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / B cell differentiation / chloride transmembrane transport / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Immunoglobulin kappa constant / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lim, H.-H. / Miller, C.
引用ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2009
タイトル: Intracellular proton-transfer mutants in a CLC Cl-/H+ exchanger.
著者: Lim, H.H. / Miller, C.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
C: Fab fragment, Heavy chain
D: Fab fragment, Light chain
E: Fab fragment, Heavy chain
F: Fab fragment, Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,60510
ポリマ－194,2866
非ポリマー3204
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0406
ポリマ－100,7212
非ポリマー3204
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area30750 Å2
手法PISA
3
C: Fab fragment, Heavy chain
D: Fab fragment, Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7822
ポリマ－46,7822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
4
E: Fab fragment, Heavy chain
F: Fab fragment, Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7822
ポリマ－46,7822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.259, 96.415, 170.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA / CLC-ec1 H(+)/Cl(-) exchange / ClC-ec1


分子量: 50360.418 Da / 分子数: 2 / 変異: E203V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ, b0155, JW5012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab fragment, Heavy chain


分子量: 23693.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma
#3: 抗体 Fab fragment, Light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 36% (w/v) PEG 300, 20 mM NaBr, 50 mM tris-SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→60 Å / Num. all: 61705 / Num. obs: 58605 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 88.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 9005 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ots as a starting model

1ots


解像度: 2.9→58.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 1.133 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28087 3094 5 %RANDOM
Rwork0.25191 ---
all0.253381 61705 --
obs0.25338 58605 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.464 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0.5 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→58.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13219 0 4 0 13223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02213547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.96218448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.67251743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52422.956477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.193152143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7841567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.4951.58655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.769213910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48634892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5774.54538
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1700medium positional0.030.5
1464loose positional0.035
1700medium thermal7.922
1464loose thermal8.0210
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 220 -
Rwork0.357 4325 -
obs-4325 99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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