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万見
- PDB-3egd: Crystal structure of the mammalian COPII-coat protein Sec23a/24a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3egd
タイトルCrystal structure of the mammalian COPII-coat protein Sec23a/24a complexed with the SNARE protein Sec22 and bound to the transport signal sequence of vesicular stomatitis virus glycoprotein
要素
  • (Protein transport protein ...) x 2
  • 10 residue peptide from VSV glycoprotein
  • Vesicle-trafficking protein SEC22b
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII coat / transport signal sequence / vesicle / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Membrane / Transport / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cholesterol transport / COPII-coated vesicle cargo loading / SNAP receptor activity / COPII vesicle coat / negative regulation of autophagosome assembly / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...regulation of cholesterol transport / COPII-coated vesicle cargo loading / SNAP receptor activity / COPII vesicle coat / negative regulation of autophagosome assembly / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum exit site / host cell membrane / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / SNARE binding / cholesterol homeostasis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / melanosome / protein transport / ER-Phagosome pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Golgi membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain / Longin domain profile. / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Longin domain / : / Regulated-SNARE-like domain / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Regulated-SNARE-like domain ...Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain / Longin domain profile. / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Longin domain / : / Regulated-SNARE-like domain / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Regulated-SNARE-like domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Gelsolin-like domain superfamily / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Longin-like domain superfamily / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor, type A domain / Beta-Lactamase / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicle-trafficking protein SEC22b / Protein transport protein Sec24A / Glycoprotein / Protein transport protein Sec23A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Goldberg, J. / Mancias, J.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of cargo membrane protein discrimination by the human COPII coat machinery.
著者: Mancias, J.D. / Goldberg, J.
履歴
登録2008年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec23A
B: Protein transport protein Sec24A
C: Vesicle-trafficking protein SEC22b
D: 10 residue peptide from VSV glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,9616
ポリマ－189,8304
非ポリマー1312
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area66680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.750, 97.630, 129.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Protein transport protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec23A / SEC23-related protein A


分子量: 86178.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC23A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15436
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec24A / SEC24-related protein A


分子量: 84336.820 Da / 分子数: 1 / Fragment: conserved core, UNP residues 346-1093 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O95486

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Vesicle-trafficking protein SEC22b / SEC22 vesicle-trafficking protein homolog B / SEC22 vesicle-trafficking protein-like 1 / ERS24 / ERS-24


分子量: 18031.645 Da / 分子数: 1 / Fragment: cytoplasmic domain, UNP residues 1-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC22B, SEC22L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75396
#4: タンパク質・ペプチド 10 residue peptide from VSV glycoprotein


分子量: 1283.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic 10-residue peptide / 参照: UniProt: P03522*PLUS

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非ポリマー , 2種, 165分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 10% (w/v) PEG 4000, 0.1 M NaCl, 0.5 M sodium acetate, 50 mM Tris buffer, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 46345 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.274 2317 random
Rwork0.206 --
all-999 -
obs-46345 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12589 0 2 163 12754

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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