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- PDB-5vni: Crystal structure of Sec23a/Sec24a/Sec22 complexed with a C-termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vni
タイトルCrystal structure of Sec23a/Sec24a/Sec22 complexed with a C-terminal FA sorting motif
要素
  • (Protein transport protein ...) x 2
  • C-terminal FA
  • Vesicle-trafficking protein SEC22b
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII / Trafficking / p24 / ER retention
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPI-coated vesicle / regulation of cholesterol transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPII-coated vesicle cargo loading / SNAP receptor activity / SNARE complex / COPII vesicle coat / negative regulation of autophagosome assembly ...Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPI-coated vesicle / regulation of cholesterol transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPII-coated vesicle cargo loading / SNAP receptor activity / SNARE complex / COPII vesicle coat / negative regulation of autophagosome assembly / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / syntaxin binding / ER-Phagosome pathway / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / SNARE binding / cholesterol homeostasis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / melanosome / synaptic vesicle / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain / Longin domain profile. / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal ...Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain / Longin domain profile. / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Gelsolin-like domain superfamily / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Longin-like domain superfamily / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor, type A domain / Beta-Lactamase / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicle-trafficking protein SEC22b / Protein transport protein Sec24A / Protein transport protein Sec23A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.788 Å
データ登録者Ma, W. / Goldberg, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
MSKCC 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: ER retention is imposed by COPII protein sorting and attenuated by 4-phenylbutyrate.
著者: Ma, W. / Goldberg, E. / Goldberg, J.
履歴
登録2017年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec23A
B: Protein transport protein Sec24A
C: Vesicle-trafficking protein SEC22b
D: C-terminal FA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,2016
ポリマ－189,0704
非ポリマー1312
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area65850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.606, 96.065, 129.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Protein transport protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec23A / SEC23-related protein A


分子量: 86178.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC23A / 細胞株 (発現宿主): Hi-5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15436
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec24A / SEC24-related protein A


分子量: 84336.820 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 346-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24A / 細胞株 (発現宿主): Hi-5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O95486

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Vesicle-trafficking protein SEC22b / ER-Golgi SNARE of 24 kDa / ERS24 / SEC22 vesicle-trafficking protein homolog B / SEC22 vesicle- ...ER-Golgi SNARE of 24 kDa / ERS24 / SEC22 vesicle-trafficking protein homolog B / SEC22 vesicle-trafficking protein-like 1 / mSec22b


分子量: 18031.645 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sec22b, Sec22l1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O08547
#4: タンパク質・ペプチド C-terminal FA


分子量: 523.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 47分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM HEPES PH 7.8, 0.5M NaAc and 12% PEG4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7876→48.803 Å / Num. obs: 40031 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.083 / Χ2: 2.57 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.7876→2.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3587 / CC1/2: 0.67 / Rpim(I) all: 0.427 / Χ2: 0.516 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NUT

2nut


解像度: 2.788→48.803 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 2001 5 %
Rwork0.2119 --
obs0.2147 40031 87.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.788→48.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12468 0 2 45 12515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48117277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6097763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7876-2.85730.3635970.30641749X-RAY DIFFRACTION57
2.8573-2.93450.36051280.31072585X-RAY DIFFRACTION84
2.9345-3.02090.3531480.30112708X-RAY DIFFRACTION88
3.0209-3.11840.34041510.2812757X-RAY DIFFRACTION90
3.1184-3.22980.32621480.26462833X-RAY DIFFRACTION92
3.2298-3.35910.3321530.25312800X-RAY DIFFRACTION92
3.3591-3.51190.30431450.24162798X-RAY DIFFRACTION90
3.5119-3.6970.29761540.22952887X-RAY DIFFRACTION95
3.697-3.92860.28381590.21462921X-RAY DIFFRACTION94
3.9286-4.23170.24411480.18862838X-RAY DIFFRACTION92
4.2317-4.65730.22411410.17842761X-RAY DIFFRACTION89
4.6573-5.33050.23131490.18362836X-RAY DIFFRACTION92
5.3305-6.71310.28131420.21042786X-RAY DIFFRACTION89
6.7131-48.81080.23421380.18572771X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.85641.8286-1.69082.0323-0.38444.67510.10760.4475-0.02750.17690.1021-0.04260.14680.6523-0.03290.59510.10990.03170.7341-0.09040.562731.9301-108.6469-2.5247
24.78762.0341-2.28237.2583-1.37555.2055-0.49630.7061-0.2755-0.6592-0.0489-0.95420.28430.1390.41190.89080.00470.24820.7415-0.09050.996642.196-94.8769-13.2954
33.9973-0.3071-1.68923.56981.94122.83940.1966-0.18670.63960.00570.0050.2337-0.08330.0391-0.21640.37980.0819-0.01620.52060.00150.512114.5902-82.817925.5503
41.0015-0.3936-0.65092.2850.31642.6722-0.0871-0.0281-0.1777-0.11230.03140.20980.1161-0.06530.07070.57540.04260.05670.7224-0.06160.826812.1531-96.528315.7946
52.37711.78130.85447.23070.76542.20810.0540.26440.1347-1.07930.0350.36430.09720.1286-0.12770.61690.0699-0.01790.6086-0.04140.536721.8622-109.4085-1.7443
61.7003-0.57740.39052.37711.23892.7234-0.0585-0.0102-0.16740.1427-0.00870.3460.43310.14120.05050.7007-0.01050.21390.5321-0.04040.835920.4332-123.508313.9755
72.7275-0.14960.46254.35010.86134.26280.1173-0.81840.05360.8144-0.2357-0.15880.378-0.19990.15350.5912-0.0480.1580.71590.01460.955223.469-123.883128.4922
82.2266-0.5553-0.22861.8644-0.00171.2304-0.1274-0.1202-0.30030.0518-0.0333-0.02390.13440.05290.18270.4560.05840.0440.44360.04580.6414-15.1344-54.154842.6975
92.0857-1.48570.43153.295-0.88611.306-0.08320.0568-0.04150.01110.11050.4381-0.1607-0.3053-0.03050.43870.07550.02210.59240.03040.6914-30.8454-44.307442.5425
104.16590.52321.64690.55660.44872.6174-0.17210.21110.6177-0.19750.0858-0.0936-0.29460.25250.09140.61370.02460.05710.60750.10140.7845-10.4968-26.967943.154
113.67160.16612.24391.939-0.6932.8721-0.170.3820.4813-0.4348-0.104-0.3068-0.03880.34030.21790.66580.02350.03980.67070.04890.6008-7.9965-26.609741.2515
126.2379-0.94660.1452.48711.56862.5835-0.91731.21250.7155-0.6297-0.2801-0.30230.15820.22160.60381.0926-0.07580.64920.94440.30771.0685-16.9494-84.445952.1772
130.6133-0.03580.88585.03452.05412.1101-0.2103-0.15740.02020.62070.26540.12091.16020.2434-0.06860.90490.29820.32940.70.2121.063-18.9149-79.258952.2435
142.0297-1.11231.56242.03111.06825.50710.20660.65680.773-0.1882-0.37220.3533-0.4099-1.05650.27091.04330.15720.39291.02630.2841.3121-27.2301-86.043354.6237
156.9333.4064-6.41338.5559-3.59615.9552-0.32071.48-1.9884-0.33660.3921-0.52821.4366-1.7465-0.12981.4767-0.44360.61421.0439-0.41371.7103-22.9109-95.778150.7206
168.4773-0.05640.61217.4804-0.09694.8279-0.31750.0549-1.6877-1.273-0.0969-0.8504-0.18310.640.36370.94520.15270.34860.68070.08591.1184-14.1347-90.135856.2065
174.22581.46460.43383.72094.50697.64270.6726-0.41030.23390.7664-0.5692-0.4057-0.72210.0784-0.05990.99340.00520.25920.79560.24291.2438-17.1907-74.85565.6462
185.5287-0.0463-1.45963.06421.48626.982-0.995-0.0199-0.8698-0.98831.7041-0.83960.54370.5636-0.71711.06360.13760.3920.94640.15731.3513-7.2928-85.562151.4322
195.4208-5.5701-4.79345.77415.01154.4093-0.53811.2249-2.1436-0.89170.73550.01251.4906-3.0531-0.06241.4968-0.54170.29062.3086-0.081.4238-30.7524-94.543650.4936
200.11350.2432-0.04950.6816-0.14410.0296-0.05230.17810.1319-0.37560.0195-0.3271-0.20060.03780.01522.0634-0.1292-0.08370.97590.3591.5778-31.0911-65.598449.6397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 115 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 116 through 263 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 264 through 430 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 431 through 557 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 558 through 646 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 647 through 764 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 348 through 763 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 764 through 881 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 882 through 1016 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1017 through 1093 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 9 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 10 through 29 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 30 through 50 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 51 through 58 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 59 through 99 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 100 through 112 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 113 through 149 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 150 through 157 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 101 through 103 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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