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- PDB-3efg: Structure of SlyX protein from Xanthomonas campestris pv. campest... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efg
タイトルStructure of SlyX protein from Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913
要素Protein slyX homolog
キーワードstructural genomics / unknown function / Xanthomonas campestris pv. campestris / coiled-coil / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性SlyX / SlyX / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Protein SlyX homolog
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of SlyX protein from Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein slyX homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8942
ポリマ－8,8321
非ポリマー621
水43224
1
A: Protein slyX homolog
ヘテロ分子

A: Protein slyX homolog
ヘテロ分子

A: Protein slyX homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6826
ポリマ－26,4953
非ポリマー1863
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.945, 35.945, 81.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-81-

HOH

21A-94-

HOH

詳細likely a trimer: x,y,z, x-y,x,z+1/2, -y+1,x-y+1,z

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要素

#1: タンパク質 Protein slyX homolog


分子量: 8831.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: ATCC 33913 / 遺伝子: slyX, XCC1504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PAH9
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350, 4% Glycerol, 1/60 cymotrypsin, then soaked in Na Bromide for phasing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931, 0.91966, 0.91948
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年2月15日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年4月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.919661
30.919481
Reflection冗長度: 12.4 % / Av σ(I) over netI: 58.47 / 数: 58725 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.08 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 4751 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.685095.610.030.94112.2
3.724.6810010.0351.28812
3.253.7210010.0532.09812.3
2.953.2510010.0631.91512.3
2.742.9510010.0621.46912.5
2.582.7410010.0731.13512.6
2.452.5810010.0761.0312.4
2.342.4510010.0990.96912.6
2.252.3410010.1120.89612.5
2.172.2510010.1340.83512.5
2.112.1710010.1810.78912.5
2.052.1110010.2790.76912.4
1.992.0510010.3140.69312.4
1.941.9910010.450.67112.4
1.91.9410010.5330.59811.9
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 4751 / Num. obs: 4751 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 58.469
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Num. unique all: 298 / Χ2: 0.598 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.9 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.319 / FOM acentric: 0.325 / FOM centric: 0.056 / 反射: 4701 / Reflection acentric: 4593 / Reflection centric: 108
Phasing MAD set

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.33100004593108
20.990.974.24.60.160.114262102
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
19.13-202.2600.4000310
15.92-9.131.4210.20.2001034
14.37-5.921.110.20.1002276
13.47-4.370.9510.10.10038211
12.88-3.471.1810.100056917
12.46-2.882.251000080718
12.14-2.463.2710000107724
11.9-2.141.6210000139728
29.13-200.8305.700.960310
25.92-9.130.980.827.511.80.490.41034
24.37-5.920.970.9810.310.10.230.132266
23.47-4.370.990.998.910.20.160.0738211
22.88-3.470.990.995.24.10.150.1356917
22.46-2.880.9913.63.50.130.0880718
22.14-2.46112.92.30.080.06107724
21.9-2.14112.32.60.060.02106722
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Br32.55734-0.344-0.659-0.0590
2Br254.77559-0.328-0.31-0.0340
3Br169.20793-0.328-0.31-0.0340
4Br63.40574-0.784-0.233-0.0580
5Br65.8746-0.808-0.622-0.4570
6Br36.23496-0.346-0.659-0.059-0.009
7Br329.80746-0.336-0.315-0.035-0.06
8Br260.60501-0.336-0.315-0.035-0.06
9Br112.28146-0.336-0.315-0.035-0.06
10Br90.6346-0.783-0.235-0.058-0.06
11Br40.691-0.805-0.624-0.458-0.015
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.13-200.8010.801031310
5.92-9.130.6480.6540.5011071034
4.37-5.920.5770.5880.1412332276
3.47-4.370.5050.5180.06639338211
2.88-3.470.4560.4680.05258656917
2.46-2.880.4270.4350.04882580718
2.14-2.460.2750.2810.0221101107724
1.9-2.140.1060.1080.0051425139728
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 4701
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
3.97-10061.80.822501
3.17-3.9760.50.841503
2.77-3.17640.798507
2.52-2.7759.60.809507
2.34-2.5260.40.837501
2.2-2.3466.90.836502
2.09-2.2730.795502
2-2.0976.30.756509
1.9-280.10.706669

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→31.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.23 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.85 / SU B: 9.527 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / SU Rfree: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 191 4.7 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.204 4065 --
obs0.204 4065 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.78 Å2 / Biso mean: 38.483 Å2 / Biso min: 10.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20.81 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3----2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数404 0 4 24 432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3892.006572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9013712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.83554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.40124.425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.6431582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.087156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.881.5259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1551.5104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8722411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9393165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1674.5159
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 14 -
Rwork0.244 275 -
all-289 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.0591 Å / Origin y: 17.3655 Å / Origin z: 39.1731 Å
111213212223313233
T0.0021 Å2-0.0005 Å2-0.0019 Å2-0.0128 Å2-0.0021 Å2--0.0129 Å2
L0.6885 °2-0.0379 °2-1.8462 °2-0.3682 °20.2184 °2--9.2106 °2
S0.0325 Å °0.0169 Å °-0.0394 Å °0.0041 Å °-0.0677 Å °0.0158 Å °-0.0423 Å °-0.0937 Å °0.0352 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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