PDB-3ec3: Crystal structure of the bb fragment of ERp72

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ec3

タイトル

Crystal structure of the bb fragment of ERp72

要素

Protein disulfide-isomerase A4

キーワード

ISOMERASE / THIOREDOXIN-LIKE FOLD / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Redox-active center

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein folding / protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex / blood coagulation, fibrin clot formation / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / smooth endoplasmic reticulum / : / response to endoplasmic reticulum stress / platelet aggregation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of the Noncatalytic Domains and Global Fold of the Protein Disulfide Isomerase ERp72.
著者: Kozlov, G. / Maattanen, P. / Schrag, J.D. / Hura, G.L. / Gabrielli, L. / Cygler, M. / Thomas, D.Y. / Gehring, K.

履歴

登録	2008年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ec3.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ec3.ent.gz	87.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ec3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ec3_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ec3_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	3ec3_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	3ec3_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2y5c-d 4g50-1 1p2f-d 1gzw-d 3wuc-d 4kd5-3 4ggq-2 6b4p-d 3eul-6 2h56-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein disulfide-isomerase A4

B: Protein disulfide-isomerase A4

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein disulfide-isomerase A4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein disulfide-isomerase A4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.171, 62.171, 135.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Protein disulfide-isomerase A4 / Protein ERp-72 / ERp72 / Calcium-binding protein 2 / CaBP2 分子量: 28304.332 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 283-523 / 変異: E470G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pdia4, Cabp2, Erp70 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38659, protein disulfide-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	GLN497 TO ARG CONFLICT IN UNP ENTRY P38659

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18% PEG MME 2000, 25% glycerol, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X8C / 波長: 0.9799, 0.9796, 0.9646

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月22日

放射

モノクロメーター: SI (111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9799	1
2	0.9796	1
3	0.9646	1

反射

解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 42416 / Num. obs: 42162 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 20.6

反射シェル

解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3075 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.92→19.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 6.417 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23613	2238	5 %	RANDOM
R_work	0.18757	-	-	-
obs	0.19011	42162	99.83 %	-
all	-	42233	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.919 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→19.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3689	0	0	388	4077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.556	1.967	5089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.557	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.411	24.667	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.667	15	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.628	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.141	1.5	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.664	2	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.61	3	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.968	4.5	1391

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.971 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	164	-
R_work	0.206	3075	-
obs	-	-	99.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7476	1.2981	-0.9988	1.5736	0.1958	3.6812	0.2026	-0.3163	0.0367	0.1109	-0.1287	0.062	0.0762	0.0628	-0.0739	0.074	-0.0488	-0.0131	0.0666	-0.006	0.0444	-19.4418	22.2048	37.5958
2	4.2028	1.7428	1.7468	1.899	1.1072	1.352	0.0157	0.3537	-0.1893	-0.0631	0.0277	-0.0351	0.0348	0.0698	-0.0434	0.0577	-0.0192	0.0057	0.0575	-0.0177	0.0052	-14.7213	20.7496	29.6015
3	2.0452	-0.4867	-1.3128	1.2457	0.8337	3.5982	-0.0131	-0.0468	-0.1439	0.0251	0.0425	-0.1024	0.2662	0.2402	-0.0295	0.0267	-0.0079	-0.0101	0.0521	0.0125	0.0698	2.9089	24.3195	43.0266
4	3.7354	0.0284	-1.8444	3.4479	0.9093	6.4571	-0.116	-0.5938	-0.0296	0.2427	0.3187	-0.42	0.5941	1.5733	-0.2027	-0.1151	0.1724	-0.1033	0.2892	-0.0349	0.0133	15.9865	20.7569	45.5493
5	1.0095	-0.741	-0.411	4.7821	-0.8253	3.0769	-0.003	-0.0048	-0.1042	-0.2336	0.0916	0.1365	-0.0207	-0.0967	-0.0886	0.1023	-0.0281	-0.0043	0.0508	0.0189	0.0662	26.9939	-7.5935	22.1079
6	0.8356	-0.0479	-0.2451	4.7874	-1.8873	1.6805	-0.078	-0.1092	-0.0555	0.2792	0.073	0.1322	0.0183	-0.0434	0.0049	0.0741	-0.0173	0.0048	0.0266	-0.0009	0.0098	25.8945	-0.4782	25.6431
7	1.9043	-0.6147	-1.371	1.5762	0.7369	3.6996	0.0451	0.0535	0.0136	-0.0311	-0.0162	0.1839	-0.1065	-0.3606	-0.0289	0.0431	0.0072	-0.0154	0.0256	0.0038	0.0667	19.6125	14.6738	13.0481
8	4.0232	-0.2491	-1.3663	3.7858	1.0847	6.4861	0.3344	0.4948	0.381	-0.3137	-0.0906	0.1599	-1.0687	-1.2177	-0.2438	0.0556	0.2591	-0.0127	0.1303	0.1061	0.0139	10.3241	24.2641	10.5446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	282 - 311	5 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	312 - 388	35 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	389 - 452	112 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	453 - 512	176 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	282 - 325	5 - 48
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	326 - 388	49 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	389 - 452	112 - 175
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	453 - 510	176 - 233

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