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万見
- PDB-3e9f: Crystal structure short-form (residue1-113) of Eaf3 chromo domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e9f
タイトルCrystal structure short-form (residue1-113) of Eaf3 chromo domain
要素Chromatin modification-related protein EAF3
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin remodeling / Eaf3 / chromo domain / transcription factor / transcription regulation / Chromatin regulator / DNA damage / DNA repair / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / : ...nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / : / histone reader activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome assembly / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain ...: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin modification-related protein EAF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sun, B. / Hong, J. / Zhang, P. / Lin, D. / Ding, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Molecular Basis of the Interaction of Saccharomyces cerevisiae Eaf3 Chromo Domain with Methylated H3K36
著者: Sun, B. / Hong, J. / Zhang, P. / Dong, X. / Shen, X. / Lin, D. / Ding, J.
履歴
登録2008年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin modification-related protein EAF3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2992
ポリマ－14,1041
非ポリマー1951
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.621, 130.335, 56.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Chromatin modification-related protein EAF3 / ESA1-associated factor 3


分子量: 14103.966 Da / 分子数: 1 / 断片: Eaf3, UNP residues 1-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12432
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / Mosaicity: 0.75 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% polyethylene glycol 6000, 0.1M MES, pH 6.0, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 12156 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.064
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.865.80.24811700.34696.8
1.86-1.946.30.2112020.4699
1.94-2.036.70.17411820.51499.7
2.03-2.136.70.1512080.69199.9
2.13-2.276.70.14111910.866100
2.27-2.446.70.13412261.04100
2.44-2.696.70.1312111.27299.9
2.69-3.086.60.11712191.555100
3.08-3.886.40.10112501.836100
3.88-506.30.09412971.88898.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F5K

2f5k


解像度: 1.8→25.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.185 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 610 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 12141 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.46 Å2 / Biso mean: 26.1 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3---2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数818 0 12 123 953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.9591145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.288597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1321.5491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0352786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3643361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6814.5359
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.3272852
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.3352123
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.7492830
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 39
Rwork0.194 795
all-834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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