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万見
- PDB-4mz3: Crystal structure of the voltage-gated sodium channel beta 4 subu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mz3
タイトルCrystal structure of the voltage-gated sodium channel beta 4 subunit extracellular domain, C131W mutant
要素Sodium channel subunit beta-4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion conductance / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity ...AV node cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / sodium ion transmembrane transport / neuronal action potential / sodium channel regulator activity / cardiac muscle contraction / establishment of localization in cell / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / transmembrane transporter binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel subunit beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.741 Å
データ登録者Das, S. / Van Petegem, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystallographic insights into sodium-channel modulation by the beta 4 subunit.
著者: Gilchrist, J. / Das, S. / Van Petegem, F. / Bosmans, F.
履歴
登録2013年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel subunit beta-4
B: Sodium channel subunit beta-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5292
ポリマ－29,5292
非ポリマー00
水4,900272
1
A: Sodium channel subunit beta-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7651
ポリマ－14,7651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sodium channel subunit beta-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7651
ポリマ－14,7651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.574, 42.521, 89.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sodium channel subunit beta-4


分子量: 14764.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-157 / 変異: C131W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN4B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IWT1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG formate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9749 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→29 Å / Num. obs: 24173 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 1.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MZ2

4mz2


解像度: 1.741→26.082 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 1232 5.1 %
Rwork0.1746 --
obs0.1769 24173 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.741→26.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1922 0 0 272 2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1722736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.245734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.741-1.8110.30221330.24532442X-RAY DIFFRACTION96
1.811-1.89340.25431390.20862562X-RAY DIFFRACTION100
1.8934-1.99320.25731360.19462559X-RAY DIFFRACTION100
1.9932-2.1180.22171400.18332578X-RAY DIFFRACTION100
2.118-2.28150.24321560.17172509X-RAY DIFFRACTION99
2.2815-2.51090.22291300.17562575X-RAY DIFFRACTION100
2.5109-2.87380.22121270.18492585X-RAY DIFFRACTION99
2.8738-3.61920.19611390.16442548X-RAY DIFFRACTION99
3.6192-26.08480.20051320.1572583X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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