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- PDB-3e7l: Crystal structure of sigma54 activator NtrC4's DNA binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e7l
タイトルCrystal structure of sigma54 activator NtrC4's DNA binding domain
要素Transcriptional regulator (NtrC family)
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Sigma43 activator / AAA+ ATPase / response regulator / transcriptional activator / ATP-binding / Nucleotide-binding / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Batchelor, J.D. / Doucleff, M. / Lee, C.-J. / Matsubara, K. / De Carlo, S. / Heideker, J. / Lamers, M.M. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure and regulatory mechanism of Aquifex aeolicus NtrC4: variability and evolution in bacterial transcriptional regulation.
著者: Batchelor, J.D. / Doucleff, M. / Lee, C.J. / Matsubara, K. / De Carlo, S. / Heideker, J. / Lamers, M.H. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (NtrC family)
B: Transcriptional regulator (NtrC family)
C: Transcriptional regulator (NtrC family)
D: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9338
ポリマ－30,6724
非ポリマー2624
水27015
1
A: Transcriptional regulator (NtrC family)
B: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5325
ポリマ－15,3362
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7600 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator (NtrC family)
D: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4013
ポリマ－15,3362
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.239, 55.866, 62.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量: 7667.939 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 380 to 442 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: ntrC4, aq_164 / プラスミド: PSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66551
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10mM CdSO4, 20% PEG 550 MME, and 100mM MES pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.28237 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月1日 / 詳細: optics
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→41.17 Å / Num. all: 13545 / Num. obs: 13286 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 47.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 13545 / Rsym value: 0.062 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.252→41.167 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.792 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 681 5.13 %random
Rwork0.203 ---
all0.211 13545 --
obs0.205 13286 98.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 87.086 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 181 Å2 / Biso mean: 75.171 Å2 / Biso min: 29.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.723 Å20 Å2-16.213 Å2
2---4.293 Å2-0 Å2
3---12.016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.252→41.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 4 15 2046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7012720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.839826
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.252-2.4260.2971310.2272470260196
2.426-2.670.2431350.225332668100
2.67-3.0560.2441330.20125522685100
3.056-3.850.2441430.18825622705100
3.85-41.1740.2321390.2072488262795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.79851.08510.25522.8287-0.50840.35580.08780.6883-0.2751-0.17650.039-0.4494-0.27430.2880.01230.53040.0921-0.03310.4921-0.11890.390119.459218.11386.5693
20.9302-0.4933-0.44031.23980.94855.2201-0.09890.3985-0.4224-0.1117-0.43380.8609-0.2624-2.06060.57210.52610.0943-0.1511.2563-0.37070.59762.379912.3506-1.7524
33.26212.7725-2.53422.4084-1.29154.37040.16890.15190.34440.03570.08660.8213-0.0912-0.4743-0.2170.2432-0.0160.04670.27110.04530.448520.647813.0131.7135
42.81861.8135-0.36282.4526-0.85840.9313-0.02220.0384-0.0909-0.0519-0.1536-0.4886-0.03380.1910.14610.3274-0.0344-0.02380.31330.07870.446238.280720.783628.4053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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