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- PDB-3dzd: Crystal structure of sigma54 activator NTRC4 in the inactive state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dzd
タイトルCrystal structure of sigma54 activator NTRC4 in the inactive state
要素Transcriptional regulator (NtrC family)
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Sigma43 activator / AAA+ ATPase / response regulator / transcriptional activator / ATP-binding / Nucleotide-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Batchelor, J.D. / Doucleff, M. / Lee, C.-J. / Matsubara, K. / De Carlo, S. / Heideker, J. / Lamers, M.M. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure and regulatory mechanism of Aquifex aeolicus NtrC4: variability and evolution in bacterial transcriptional regulation.
著者: Batchelor, J.D. / Doucleff, M. / Lee, C.J. / Matsubara, K. / De Carlo, S. / Heideker, J. / Lamers, M.H. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2008年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (NtrC family)
B: Transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7735
ポリマ－83,8962
非ポリマー8773
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area34810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.897, 93.105, 114.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量: 41948.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2 to 369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_164, ntrC4 / プラスミド: PSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66551
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 5% PEG 4000, 150mM NaCl, 50mM Citric Acid, 5% Glycerol, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.28237 / 波長: 1.28237 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月3日 / 詳細: OPTICS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→68.52 Å / Num. all: 38157 / Num. obs: 37966 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.36 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.496 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1ny5

1ny5


解像度: 2.4→35.04 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.51 / SU ML: 0.4 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1579 4.16 %
Rwork0.214 --
obs0.216 37966 99.5 %
all-38141 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.69 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.542 Å20 Å20 Å2
2---1.028 Å2-0 Å2
3---2.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5898 0 55 250 6203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9618160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3982322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4770.3111410.2613251X-RAY DIFFRACTION100
2.477-2.5660.3231420.2453269X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.6690.2831420.2553271X-RAY DIFFRACTION100
2.669-2.790.3581410.2543274X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.9370.3071430.2553274X-RAY DIFFRACTION100
2.937-3.1210.331430.2483290X-RAY DIFFRACTION100
3.121-3.3620.31430.243303X-RAY DIFFRACTION100
3.362-3.70.2591440.2093319X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.2340.2321440.1883332X-RAY DIFFRACTION100
4.234-5.3320.2041460.1593357X-RAY DIFFRACTION100
5.332-35.0480.2261500.1993447X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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