PDB-3e76: Crystal structure of Wild-type GroEL with bound Thallium ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+76

タイトル

Crystal structure of Wild-type GroEL with bound Thallium ions

要素

60 kDa chaperonin

キーワード

CHAPERONE / GroEL / HSP60 / chaperonin / thallium / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli UTI89 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.94 Å

データ登録者

Kiser, P.D. / Lorimer, G.H. / Palczewski, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Use of thallium to identify monovalent cation binding sites in GroEL.
著者: Kiser, P.D. / Lorimer, G.H. / Palczewski, K.

履歴

登録	2008年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e76.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e76.ent.gz	930.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xckS 1kp8 2nwc S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ynj-d 2yey-d 5w0s-d 4v43-2 1oel-1 6kfv-d 4hel-d 2nwc-d 1sx3-d 4wsc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (10) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 60 kDa chaperonin

B: 60 kDa chaperonin

C: 60 kDa chaperonin

D: 60 kDa chaperonin

E: 60 kDa chaperonin

F: 60 kDa chaperonin

G: 60 kDa chaperonin

H: 60 kDa chaperonin

I: 60 kDa chaperonin

J: 60 kDa chaperonin

K: 60 kDa chaperonin

L: 60 kDa chaperonin

M: 60 kDa chaperonin

N: 60 kDa chaperonin

ヘテロ分子

819 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.676, 260.954, 287.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	B	B	2 - 39	1 - 38
2	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	C	C	2 - 39	1 - 38
3	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	A	A	2 - 39	1 - 38
4	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	D	D	2 - 39	1 - 38
5	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	E	E	2 - 39	1 - 38
6	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	F	F	2 - 39	1 - 38
7	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	G	G	2 - 39	1 - 38
8	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	H	H	2 - 39	1 - 38
9	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	I	I	2 - 39	1 - 38
10	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	J	J	2 - 39	1 - 38
11	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	K	K	2 - 39	1 - 38
12	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	L	L	2 - 39	1 - 38
13	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	M	M	2 - 39	1 - 38
14	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	N	N	2 - 39	1 - 38
1	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	B	B	47 - 195	46 - 194
2	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	C	C	47 - 195	46 - 194
3	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	A	A	47 - 195	46 - 194
4	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	D	D	47 - 195	46 - 194
5	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	E	E	47 - 195	46 - 194
6	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	F	F	47 - 195	46 - 194
7	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	G	G	47 - 195	46 - 194
8	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	H	H	47 - 195	46 - 194
9	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	I	I	47 - 195	46 - 194
10	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	J	J	47 - 195	46 - 194
11	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	K	K	47 - 195	46 - 194
12	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	L	L	47 - 195	46 - 194
13	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	M	M	47 - 195	46 - 194
14	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	N	N	47 - 195	46 - 194
1	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	B	B	401 - 525	400 - 524
2	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	C	C	401 - 525	400 - 524
3	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	A	A	401 - 525	400 - 524
4	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	D	D	401 - 525	400 - 524
5	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	E	E	401 - 525	400 - 524
6	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	F	F	401 - 525	400 - 524
7	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	G	G	401 - 525	400 - 524
8	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	H	H	401 - 525	400 - 524
9	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	I	I	401 - 525	400 - 524
10	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	J	J	401 - 525	400 - 524
11	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	K	K	401 - 525	400 - 524
12	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	L	L	401 - 525	400 - 524
13	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	M	M	401 - 525	400 - 524
14	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	N	N	401 - 525	400 - 524
1	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	B	B	40 - 46	39 - 45
2	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	C	C	40 - 46	39 - 45
3	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	A	A	40 - 46	39 - 45
4	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	D	D	40 - 46	39 - 45
5	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	E	E	40 - 46	39 - 45
6	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	F	F	40 - 46	39 - 45
7	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	G	G	40 - 46	39 - 45
8	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	H	H	40 - 46	39 - 45
9	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	I	I	40 - 46	39 - 45
10	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	J	J	40 - 46	39 - 45
11	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	K	K	40 - 46	39 - 45
12	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	L	L	40 - 46	39 - 45
13	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	M	M	40 - 46	39 - 45
14	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	N	N	40 - 46	39 - 45
1	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	B	B	196 - 400	195 - 399
2	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	C	C	196 - 400	195 - 399
3	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	A	A	196 - 400	195 - 399
4	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	D	D	196 - 400	195 - 399
5	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	E	E	196 - 400	195 - 399
6	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	F	F	196 - 400	195 - 399
7	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	G	G	196 - 400	195 - 399
8	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	H	H	196 - 400	195 - 399
9	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	I	I	196 - 400	195 - 399
10	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	J	J	196 - 400	195 - 399
11	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	K	K	196 - 400	195 - 399
12	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	L	L	196 - 400	195 - 399
13	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	M	M	196 - 400	195 - 399
14	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	N	N	196 - 400	195 - 399
1	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	A	O	549
2	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	B	U	549
3	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	C	AA	549
4	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	D	FA	549
5	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	E	LA	549
6	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	F	QA	549
7	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	G	WA	549
8	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	H	BB	549
9	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	I	HB	549
10	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	J	MB	549
11	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	K	RB	549
12	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	L	WB	549
13	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	M	BC	549
14	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	N	GC	549

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	60 kDa chaperonin / Protein Cpn60 / groEL protein 分子量: 57260.504 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli UTI89 (大腸菌) / 遺伝子: groL, groEL, UTI89_C4741 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R3B6, EC: 3.6.4.9
#2: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	... ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION 分子量: 204.383 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月9日
放射	モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.94→50 Å / Num. obs: 90513 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 3.94→4.08 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1XCK

1xck

解像度: 3.94→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 129.239 / SU ML: 0.842 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Overall temperature factor/TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.952 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.293	4456	5 %	RANDOM
R_work	0.261	-	-	-
obs	0.262	84364	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 125.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.94→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	53970	0	494	0	54464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	54824
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.919	1.998	74130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.16	5	7322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.542	26.067	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.526	15	10080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.587	15	308
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	9030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	39648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	23119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.285	0.2	37743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.181	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.322	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.231	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	2308	tight positional	0.02	0.05
1	2	C	2308	tight positional	0.04	0.05
1	3	A	2308	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	2308	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	2308	tight positional	0.03	0.05
1	6	F	2308	tight positional	0.02	0.05
1	7	G	2308	tight positional	0.03	0.05
1	8	H	2308	tight positional	0.02	0.05
1	9	I	2308	tight positional	0.04	0.05
1	10	J	2308	tight positional	0.05	0.05
1	11	K	2308	tight positional	0.04	0.05
1	12	L	2308	tight positional	0.02	0.05
1	13	M	2308	tight positional	0.05	0.05
1	14	N	2308	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	31	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	31	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	31	tight positional	0.02	0.05
2	4	D	31	tight positional	0.02	0.05
2	5	E	31	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	31	tight positional	0.02	0.05
2	7	G	31	tight positional	0.02	0.05
2	8	H	31	tight positional	0.02	0.05
2	9	I	31	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	31	tight positional	0.02	0.05
2	11	K	31	tight positional	0.02	0.05
2	12	L	31	tight positional	0.02	0.05
2	13	M	31	tight positional	0.11	0.05
2	14	N	31	tight positional	0.02	0.05
1	1	B	1547	loose positional	1.11	5
1	2	C	1547	loose positional	1	5
1	3	A	1547	loose positional	0.95	5
1	4	D	1547	loose positional	1.04	5
1	5	E	1547	loose positional	1.04	5
1	6	F	1547	loose positional	1.21	5
1	7	G	1547	loose positional	0.79	5
1	8	H	1547	loose positional	1.09	5
1	9	I	1547	loose positional	0.89	5
1	10	J	1547	loose positional	1.06	5
1	11	K	1547	loose positional	1.12	5
1	12	L	1547	loose positional	0.96	5
1	13	M	1547	loose positional	1.34	5
1	14	N	1547	loose positional	1.63	5

LS精密化シェル

解像度: 3.94→4.04 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	287	-
R_work	0.334	5357	-
obs	-	-	85.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	136 - 190
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	375 - 409
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	191 - 374
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 135
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	410 - 525
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	136 - 190
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	375 - 409
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	191 - 374
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 135
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	410 - 525
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	136 - 190
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	375 - 409
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	191 - 374
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	2 - 135
22	X-RAY DIFFRACTION	13	E	410 - 525
23	X-RAY DIFFRACTION	14	E	136 - 190
24	X-RAY DIFFRACTION	14	E	375 - 409
25	X-RAY DIFFRACTION	15	E	191 - 374
26	X-RAY DIFFRACTION	16	F	2 - 135
27	X-RAY DIFFRACTION	16	F	410 - 525
28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	136 - 190
29	X-RAY DIFFRACTION	17	F	375 - 409
30	X-RAY DIFFRACTION	18	F	191 - 374
31	X-RAY DIFFRACTION	19	G	2 - 135
32	X-RAY DIFFRACTION	19	G	410 - 525
33	X-RAY DIFFRACTION	20	G	136 - 190
34	X-RAY DIFFRACTION	20	G	375 - 409
35	X-RAY DIFFRACTION	21	G	191 - 374
36	X-RAY DIFFRACTION	22	H	2 - 135
37	X-RAY DIFFRACTION	22	H	410 - 525
38	X-RAY DIFFRACTION	23	H	136 - 190
39	X-RAY DIFFRACTION	23	H	375 - 409
40	X-RAY DIFFRACTION	24	H	191 - 374
41	X-RAY DIFFRACTION	25	I	2 - 135
42	X-RAY DIFFRACTION	25	I	410 - 525
43	X-RAY DIFFRACTION	26	I	136 - 190
44	X-RAY DIFFRACTION	26	I	375 - 409
45	X-RAY DIFFRACTION	27	I	191 - 374
46	X-RAY DIFFRACTION	28	J	2 - 135
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66	X-RAY DIFFRACTION	40	N	2 - 135
67	X-RAY DIFFRACTION	40	N	410 - 525
68	X-RAY DIFFRACTION	41	N	136 - 190
69	X-RAY DIFFRACTION	41	N	375 - 409
70	X-RAY DIFFRACTION	42	N	191 - 374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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