PDB-3e76: Crystal structure of Wild-type GroEL with bound Thallium ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+76

タイトル

Crystal structure of Wild-type GroEL with bound Thallium ions

要素

60 kDa chaperonin

キーワード

CHAPERONE / GroEL / HSP60 / chaperonin / thallium / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli UTI89 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.94 Å

データ登録者

Kiser, P.D. / Lorimer, G.H. / Palczewski, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Use of thallium to identify monovalent cation binding sites in GroEL.
著者: Kiser, P.D. / Lorimer, G.H. / Palczewski, K.

履歴

登録	2008年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e76.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e76.ent.gz	930.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e76_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e76_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	3e76_validation.xml.gz	211.6 KB	表示
CIF形式データ	3e76_validation.cif.gz	289.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xckS 1kp8 2nwc S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ynj-d 2yey-d 5w0s-d 4v43-2 1oel-1 6kfv-d 4hel-d 2nwc-d 1sx3-d 4wsc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (10) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 60 kDa chaperonin

B: 60 kDa chaperonin

C: 60 kDa chaperonin

D: 60 kDa chaperonin

E: 60 kDa chaperonin

F: 60 kDa chaperonin

G: 60 kDa chaperonin

H: 60 kDa chaperonin

I: 60 kDa chaperonin

J: 60 kDa chaperonin

K: 60 kDa chaperonin

L: 60 kDa chaperonin

M: 60 kDa chaperonin

N: 60 kDa chaperonin

ヘテロ分子

819 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.676, 260.954, 287.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	B	B	2 - 39	1 - 38
2	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	C	C	2 - 39	1 - 38
3	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	A	A	2 - 39	1 - 38
4	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	D	D	2 - 39	1 - 38
5	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	E	E	2 - 39	1 - 38
6	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	F	F	2 - 39	1 - 38
7	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	G	G	2 - 39	1 - 38
8	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	H	H	2 - 39	1 - 38
9	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	I	I	2 - 39	1 - 38
10	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	J	J	2 - 39	1 - 38
11	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	K	K	2 - 39	1 - 38
12	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	L	L	2 - 39	1 - 38
13	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	M	M	2 - 39	1 - 38
14	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	1	N	N	2 - 39	1 - 38
1	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	B	B	47 - 195	46 - 194
2	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	C	C	47 - 195	46 - 194
3	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	A	A	47 - 195	46 - 194
4	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	D	D	47 - 195	46 - 194
5	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	E	E	47 - 195	46 - 194
6	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	F	F	47 - 195	46 - 194
7	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	G	G	47 - 195	46 - 194
8	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	H	H	47 - 195	46 - 194
9	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	I	I	47 - 195	46 - 194
10	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	J	J	47 - 195	46 - 194
11	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	K	K	47 - 195	46 - 194
12	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	L	L	47 - 195	46 - 194
13	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	M	M	47 - 195	46 - 194
14	2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	N	N	47 - 195	46 - 194
1	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	B	B	401 - 525	400 - 524
2	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	C	C	401 - 525	400 - 524
3	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	A	A	401 - 525	400 - 524
4	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	D	D	401 - 525	400 - 524
5	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	E	E	401 - 525	400 - 524
6	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	F	F	401 - 525	400 - 524
7	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	G	G	401 - 525	400 - 524
8	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	H	H	401 - 525	400 - 524
9	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	I	I	401 - 525	400 - 524
10	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	J	J	401 - 525	400 - 524
11	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	K	K	401 - 525	400 - 524
12	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	L	L	401 - 525	400 - 524
13	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	M	M	401 - 525	400 - 524
14	3	1	HIS	HIS	PRO	PRO	1	N	N	401 - 525	400 - 524
1	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	B	B	40 - 46	39 - 45
2	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	C	C	40 - 46	39 - 45
3	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	A	A	40 - 46	39 - 45
4	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	D	D	40 - 46	39 - 45
5	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	E	E	40 - 46	39 - 45
6	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	F	F	40 - 46	39 - 45
7	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	G	G	40 - 46	39 - 45
8	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	H	H	40 - 46	39 - 45
9	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	I	I	40 - 46	39 - 45
10	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	J	J	40 - 46	39 - 45
11	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	K	K	40 - 46	39 - 45
12	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	L	L	40 - 46	39 - 45
13	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	M	M	40 - 46	39 - 45
14	4	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	N	N	40 - 46	39 - 45
1	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	B	B	196 - 400	195 - 399
2	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	C	C	196 - 400	195 - 399
3	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	A	A	196 - 400	195 - 399
4	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	D	D	196 - 400	195 - 399
5	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	E	E	196 - 400	195 - 399
6	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	F	F	196 - 400	195 - 399
7	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	G	G	196 - 400	195 - 399
8	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	H	H	196 - 400	195 - 399
9	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	I	I	196 - 400	195 - 399
10	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	J	J	196 - 400	195 - 399
11	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	K	K	196 - 400	195 - 399
12	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	L	L	196 - 400	195 - 399
13	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	M	M	196 - 400	195 - 399
14	5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	6	N	N	196 - 400	195 - 399
1	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	A	O	549
2	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	B	U	549
3	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	C	AA	549
4	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	D	FA	549
5	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	E	LA	549
6	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	F	QA	549
7	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	G	WA	549
8	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	H	BB	549
9	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	I	HB	549
10	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	J	MB	549
11	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	K	RB	549
12	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	L	WB	549
13	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	M	BC	549
14	1	2	AGS	AGS	AGS	AGS	1	N	GC	549

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	60 kDa chaperonin / Protein Cpn60 / groEL protein 分子量: 57260.504 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli UTI89 (大腸菌) / 遺伝子: groL, groEL, UTI89_C4741 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R3B6, EC: 3.6.4.9
#2: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE 分子量: 523.247 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	... ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION 分子量: 204.383 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月9日
放射	モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.94→50 Å / Num. obs: 90513 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 3.94→4.08 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1XCK

1xck

解像度: 3.94→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 129.239 / SU ML: 0.842 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Overall temperature factor/TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.952 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.293	4456	5 %	RANDOM
R_work	0.261	-	-	-
obs	0.262	84364	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 125.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.94→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	53970	0	494	0	54464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	54824
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.919	1.998	74130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.16	5	7322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.542	26.067	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.526	15	10080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.587	15	308
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	9030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	39648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	23119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.285	0.2	37743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.181	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.322	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.231	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	2308	tight positional	0.02	0.05
1	2	C	2308	tight positional	0.04	0.05
1	3	A	2308	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	2308	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	2308	tight positional	0.03	0.05
1	6	F	2308	tight positional	0.02	0.05
1	7	G	2308	tight positional	0.03	0.05
1	8	H	2308	tight positional	0.02	0.05
1	9	I	2308	tight positional	0.04	0.05
1	10	J	2308	tight positional	0.05	0.05
1	11	K	2308	tight positional	0.04	0.05
1	12	L	2308	tight positional	0.02	0.05
1	13	M	2308	tight positional	0.05	0.05
1	14	N	2308	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	31	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	31	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	31	tight positional	0.02	0.05
2	4	D	31	tight positional	0.02	0.05
2	5	E	31	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	31	tight positional	0.02	0.05
2	7	G	31	tight positional	0.02	0.05
2	8	H	31	tight positional	0.02	0.05
2	9	I	31	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	31	tight positional	0.02	0.05
2	11	K	31	tight positional	0.02	0.05
2	12	L	31	tight positional	0.02	0.05
2	13	M	31	tight positional	0.11	0.05
2	14	N	31	tight positional	0.02	0.05
1	1	B	1547	loose positional	1.11	5
1	2	C	1547	loose positional	1	5
1	3	A	1547	loose positional	0.95	5
1	4	D	1547	loose positional	1.04	5
1	5	E	1547	loose positional	1.04	5
1	6	F	1547	loose positional	1.21	5
1	7	G	1547	loose positional	0.79	5
1	8	H	1547	loose positional	1.09	5
1	9	I	1547	loose positional	0.89	5
1	10	J	1547	loose positional	1.06	5
1	11	K	1547	loose positional	1.12	5
1	12	L	1547	loose positional	0.96	5
1	13	M	1547	loose positional	1.34	5
1	14	N	1547	loose positional	1.63	5

LS精密化シェル

解像度: 3.94→4.04 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	287	-
R_work	0.334	5357	-
obs	-	-	85.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2251	-2.5856	-1.1985	6.461	0.5261	1.1105	0.1576	0.2223	-0.0884	0.215	-0.0477	-0.2035	-0.2537	-0.0144	-0.1099	-0.8297	-0.0296	-0.1095	-0.8776	-0.0624	-0.6398	-4.6044	45.9269	62.2561
2	4.4455	4.1434	-2.1796	6.2984	-4.5467	13.7894	0.1299	-0.1033	0.5198	-0.4744	0.0412	1.1534	0.8742	-0.5934	-0.171	-0.0846	0.116	-0.0829	-0.8115	0.0338	-0.0712	-23.4573	47.9222	86.5107
3	8.3797	0.4202	0.3898	8.8386	1.566	3.9325	-0.1189	-0.4511	-0.2848	0.3757	0.1849	-0.2247	0.2246	0.3547	-0.066	-0.1762	0.0633	-0.1537	-0.694	0.1457	-0.3619	-1.4696	43.8057	101.5075
4	9.615	1.5484	-0.1303	4.7183	0.9521	1.1157	0.0554	0.0507	0.0855	0.0103	0.0535	-0.4101	0.0361	-0.4542	-0.1089	-0.8376	-0.0052	-0.0801	-0.8038	-0.0597	-0.4885	-29.632	14.9709	61.6097
5	0.7324	-1.377	2.6191	6.7618	-6.5757	11.7534	0.0511	-0.3221	-0.872	-0.0756	0.1335	1.1807	0.9008	-0.0316	-0.1846	-0.1125	0.0562	-0.0974	0.1445	-0.0583	0.1093	-43.4182	1.7512	85.7884
6	10.2983	0.4158	-0.6656	5.8698	-0.2121	5.0964	0.4998	-0.6072	-0.1617	0.9872	-0.628	-0.951	-0.0653	-0.1629	0.1283	0.388	-0.1827	-0.2689	-0.4851	0.0901	0.1326	-27.1175	16.9516	100.8691
7	5.2018	1.0529	0.6989	9.8003	-0.376	1.3496	0.0451	-0.3813	-0.0077	0.0828	0.0789	0.1998	0.1837	-0.3603	-0.1241	-0.77	-0.015	0.0018	-0.7126	-0.0348	-0.5449	-21.1754	-23.9668	61.7482
8	13.8182	-5.1611	4.1208	2.3613	-3.4286	9.4611	0.2451	1.296	-0.7921	0.1225	0.3404	0.0049	0.8487	0.2404	-0.5855	0.505	-0.3068	0.0061	-0.1526	-0.1253	0.3623	-19.7285	-42.3538	86.3652
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10	6.3509	-1.9152	0.9412	7.7613	-0.6994	1.6228	0.2296	-0.159	0.3127	0.1002	-0.0092	0.1945	0.266	-0.1819	-0.2204	-0.7357	-0.0864	0.0307	-0.8308	0.0094	-0.826	14.7232	-41.5164	62.269
11	7.1664	4.5257	6.155	3.0928	2.5806	12.5564	0.0121	-0.5634	-0.0775	0.0351	0.4906	-1.0171	-0.6826	0.8752	-0.5026	-0.1062	-0.0396	0.0128	-0.6215	-0.2273	-0.138	29.9087	-51.2756	87.0989
12	12.822	0.2116	-1.543	7.2163	-0.4908	3.5506	0.1849	-0.5409	1.1573	0.3493	-0.1285	0.0659	-0.529	-0.3753	-0.0564	0.1356	-0.1485	0.1426	-0.6199	-0.0829	-0.3337	11.1403	-37.6563	100.7731
13	9.8402	-0.1494	0.0862	5.0238	-0.3226	2.0482	0.2572	-0.1641	0.2349	0.1421	0.1677	-0.0874	0.3471	0.4509	-0.4249	-0.7782	-0.0118	-0.0309	-0.7151	-0.0056	-0.697	50.7812	-24.4415	63.1923
14	0.0876	0.9244	0.8682	14.0883	9.6573	8.6615	0.2809	0.4316	1.1459	-0.8962	0.6414	-1.5647	-0.0379	0.8243	-0.9223	0.13	0.1828	-0.041	0.8002	-0.1088	0.1751	67.7545	-18.3603	88.2125
15	14.0094	-3.439	-1.659	7.691	-2.086	3.9932	0.5246	-1.5059	0.9246	0.5336	-0.398	0.2317	0.0835	0.2761	-0.1265	0.2802	-0.5121	0.0465	0.0153	-0.381	-0.2396	45.5602	-24.9212	101.8886
16	6.6888	1.3804	-0.4699	6.7144	0.8065	2.1889	-0.063	0.0404	0.1933	0.1429	0.3351	-0.126	0.0423	0.2609	-0.2721	-0.8438	-0.0048	-0.0574	-0.7166	0.0877	-0.6894	59.8278	14.2524	63.4272
17	6.623	-1.3825	3.8175	4.9731	4.1438	7.4113	0.2571	0.6201	1.2793	-0.4423	-0.029	-0.8322	-0.4298	0.0777	-0.2281	-0.0197	-0.2142	0.2136	0.5851	0.0162	0.0504	65.3712	31.7639	88.178
18	13.6361	-2.2438	0.5313	8.6983	-0.2799	3.188	0.0419	-0.3184	-0.8436	0.2428	0.1164	-0.0293	0.6245	0.4232	-0.1582	0.0318	-0.0021	-0.0235	-0.0919	-0.1179	-0.7709	55.5926	10.7277	102.319
19	4.952	0.7514	-0.3209	9.0999	-0.0595	1.8568	0.2271	-0.1774	0.1461	0.0338	-0.0857	-0.1052	-0.4323	0.2366	-0.1414	-0.8088	-0.0171	-0.0527	-0.7089	0.0429	-0.5517	35.2855	45.7097	63.0117
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38	2.984	-3.3462	-3.7723	8.3574	2.1378	5.7197	0.2153	0.9386	0.9231	0.5693	0.0277	-0.7404	-0.3457	0.3746	-0.243	1.0706	-0.117	0.2055	0.6643	0.1104	0.9198	35.9129	59.2202	5.0111
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40	8.6608	1.0718	0.896	6.6405	1.1947	2.0706	0.1072	0.1994	0.3751	-0.5249	-0.1123	0.2183	-0.2937	0.3958	0.0051	-0.6888	-0.0412	-0.0106	-0.5819	0.1236	-0.5451	53.5534	30.4579	30.0582
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42	6.652	-1.4465	-1.5064	3.9327	-0.9628	0.8013	1.2545	1.6381	-0.3378	-0.3488	-0.7369	0.4878	-0.574	-0.4169	-0.5176	1.7661	0.4339	-0.1286	1.2362	0.0036	0.2623	48.8699	30.9828	-8.6739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	410 - 525
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	375 - 409
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	191 - 374
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	410 - 525
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	136 - 190
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	375 - 409
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	191 - 374
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 135
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	410 - 525
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	136 - 190
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	375 - 409
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	191 - 374
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 135
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	410 - 525
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	136 - 190
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	375 - 409
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	191 - 374
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	2 - 135
22	X-RAY DIFFRACTION	13	E	410 - 525
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25	X-RAY DIFFRACTION	15	E	191 - 374
26	X-RAY DIFFRACTION	16	F	2 - 135
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28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	136 - 190
29	X-RAY DIFFRACTION	17	F	375 - 409
30	X-RAY DIFFRACTION	18	F	191 - 374
31	X-RAY DIFFRACTION	19	G	2 - 135
32	X-RAY DIFFRACTION	19	G	410 - 525
33	X-RAY DIFFRACTION	20	G	136 - 190
34	X-RAY DIFFRACTION	20	G	375 - 409
35	X-RAY DIFFRACTION	21	G	191 - 374
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38	X-RAY DIFFRACTION	23	H	136 - 190
39	X-RAY DIFFRACTION	23	H	375 - 409
40	X-RAY DIFFRACTION	24	H	191 - 374
41	X-RAY DIFFRACTION	25	I	2 - 135
42	X-RAY DIFFRACTION	25	I	410 - 525
43	X-RAY DIFFRACTION	26	I	136 - 190
44	X-RAY DIFFRACTION	26	I	375 - 409
45	X-RAY DIFFRACTION	27	I	191 - 374
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68	X-RAY DIFFRACTION	41	N	136 - 190
69	X-RAY DIFFRACTION	41	N	375 - 409
70	X-RAY DIFFRACTION	42	N	191 - 374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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