[日本語] English
万見
- PDB-3e6y: Structure of 14-3-3 in complex with the differentiation-inducing ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e6y
タイトルStructure of 14-3-3 in complex with the differentiation-inducing agent Cotylenin A
要素
  • 14-3-3-like protein C
  • H+-ATPase phosphopeptide QSYpTV
キーワードSIGNALING PROTEIN / ADAPTER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type proton-exporting transporter activity / regulation of intracellular pH / protein localization / signal transduction / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cotylenin A / 14-3-3-like protein C / Plasma membrane H+ ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ottmann, C. / Weyand, M. / Wittinghofer, A. / Oecking, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: A structural rationale for selective stabilization of anti-tumor interactions of 14-3-3 proteins by cotylenin A
著者: Ottmann, C. / Weyand, M. / Sassa, T. / Inoue, T. / Kato, N. / Wittinghofer, A. / Oecking, C.
履歴
登録2008年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3-like protein C
B: 14-3-3-like protein C
C: H+-ATPase phosphopeptide QSYpTV
D: H+-ATPase phosphopeptide QSYpTV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4947
ポリマ－60,1534
非ポリマー1,3413
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
2
A: 14-3-3-like protein C
C: H+-ATPase phosphopeptide QSYpTV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7654
ポリマ－30,0772
非ポリマー6882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
3
B: 14-3-3-like protein C
D: H+-ATPase phosphopeptide QSYpTV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7293
ポリマ－30,0772
非ポリマー6531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.800, 141.900, 51.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 14-3-3-like protein C / 14-3-3-like protein B


分子量: 29399.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93343
#2: タンパク質・ペプチド H+-ATPase phosphopeptide QSYpTV


分子量: 676.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. It is found naturally in Arabidopsis thaliana
参照: UniProt: Q40409*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CW1 / Cotylenin A


分子量: 652.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H52O12
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1M Na citrate, 24% PEG 4000, 6% isopropanol, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. all: 18639 / Num. obs: 18639 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 2077 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0035精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O9C

1o9c


解像度: 2.5→14.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 30.977 / SU ML: 0.298 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.705 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28544 930 5 %RANDOM
Rwork0.19516 ---
obs0.19965 17657 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å2-0.31 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3733 0 93 100 3926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0742.0115287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0415471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.92824.444180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.71815662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.61527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6121.52371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15423784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07131520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2034.51503
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 68 -
Rwork0.291 1285 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3401-0.40860.46172.5359-0.8112.4507-0.0810.24440.51810.06670.03390.0546-0.14350.17080.04710.0463-0.06590.02620.13040.00080.1679-8.6761-12.8679-12.8394
22.60490.37460.21952.6354-0.86572.49530.17080.0858-0.8006-0.0647-0.0150.11920.34830.1039-0.15580.15610.1036-0.07330.1464-0.09520.3151-7.7418-49.2434-10.0365
315.11462.193614.112811.11046.708215.18990.3584-1.0261-0.3970.6049-0.50781.20580.5908-1.10270.14940.1641-0.00150.0980.2850.00540.3864-16.9255-14.9443-9.434
412.46694.1957-5.51125.63951.99355.9565-0.04690.87260.9043-0.61280.36950.4809-0.4992-0.2817-0.32270.38360.0146-0.07830.23320.02250.4556-16.5687-47.7669-13.9489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 2385 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 2404 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 51 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 51 - 5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る