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Yorodumi- PDB-6f09: Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6f09 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / Usp8 / phosphosite / binary complex protein-peptide | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / respiratory system process ...negative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / Rap1 signalling / K48-linked deubiquitinase activity / negative regulation of protein localization to nucleus / protein K63-linked deubiquitination / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / GP1b-IX-V activation signalling / mitotic cytokinesis / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / protein deubiquitination / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / cellular response to dexamethasone stimulus / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein targeting / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / lung development / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Negative regulation of MET activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / regulation of protein stability / SH3 domain binding / intracellular protein localization / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of protein localization / midbody / angiogenesis / protein phosphatase binding / blood microparticle / vesicle / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / Ras protein signal transduction / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / early endosome / protein phosphorylation / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / cadherin binding / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / proteolysis / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.594 Å | ||||||
Authors | Centorrino, F. / Ballone, A. / Ottmann, C. / Guo, S. / Leysen, S. | ||||||
| Funding support | Netherlands, 1items
| ||||||
Citation | Journal: FEBS Lett. / Year: 2018Title: Biophysical and structural insight into the USP8/14-3-3 interaction. Authors: Centorrino, F. / Ballone, A. / Wolter, M. / Ottmann, C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6f09.cif.gz | 538.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6f09.ent.gz | 452.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6f09.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6f09_validation.pdf.gz | 472.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6f09_full_validation.pdf.gz | 475.3 KB | Display | |
| Data in XML | 6f09_validation.xml.gz | 39.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6f09_validation.cif.gz | 58.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f09 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4hkcS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 26316.764 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: YWHAZ / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1605.706 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P40818, ubiquitinyl hydrolase 1#3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 7, 2017 |
| Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.594→61.137 Å / Num. obs: 107299 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 1.84 |
| Reflection shell | Resolution: 1.594→1.62 Å |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4HKC Resolution: 1.594→61.137 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.56
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.594→61.137 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Netherlands, 1items
Citation










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