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- PDB-6f09: Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6f09 | ||||||
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Title | Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / Usp8 / phosphosite / binary complex protein-peptide | ||||||
Function / homology | ![]() Golgi reassembly / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / synaptic target recognition / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / respiratory system process / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of synapse maturation / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / establishment of Golgi localization ...Golgi reassembly / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / synaptic target recognition / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / respiratory system process / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of synapse maturation / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / establishment of Golgi localization / tube formation / Rap1 signalling / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of protein localization to nucleus / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of amyloid fibril formation / extrinsic component of plasma membrane / GP1b-IX-V activation signalling / protein deubiquitination / Regulation of localization of FOXO transcription factors / mitotic cytokinesis / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / protein sequestering activity / ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of innate immune response / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cellular response to dexamethasone stimulus / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to nerve growth factor stimulus / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Negative regulation of NOTCH4 signaling / lung development / regulation of protein stability / Negative regulation of MET activity / SH3 domain binding / regulation of protein localization / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / midbody / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / ubiquitinyl hydrolase 1 / transmembrane transporter binding / cysteine-type deubiquitinase activity / Ras protein signal transduction / dendritic spine / postsynaptic density / early endosome / blood microparticle / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / protein phosphorylation / focal adhesion / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / proteolysis / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Centorrino, F. / Ballone, A. / Ottmann, C. / Guo, S. / Leysen, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biophysical and structural insight into the USP8/14-3-3 interaction. Authors: Centorrino, F. / Ballone, A. / Wolter, M. / Ottmann, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 39.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4hkcS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26316.764 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1605.706 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 7, 2017 |
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.594→61.137 Å / Num. obs: 107299 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 1.84 |
Reflection shell | Resolution: 1.594→1.62 Å |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4HKC Resolution: 1.594→61.137 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.56
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.594→61.137 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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