PDB-3e3g: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant G41A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e3g

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant G41A

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Failing, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase .
著者: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D.

履歴

登録	2008年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e3g.cif.gz	254.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e3g.ent.gz	207.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e3g_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e3g_full_validation.pdf.gz	526.6 KB	表示
XML形式データ	3e3g_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	3e3g_validation.cif.gz	61.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e2xC 3e31C 3e3fC 3e3iC 2a8c 2a8d 3e24 3e28 3e2a 3e2w C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e2a-1 3e28-2 3e2a-2 4waj-1 3e28-1 4gua-3 3e3i-1 4oc1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

159 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.925, 145.231, 52.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-233- SO4

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / E.C.4.2.1.1 / Carbonate dehydratase 2 / beta carbonic anhydrase 分子量: 26301.010 Da / 分子数: 6 / 変異: G41A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.8 M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 12 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.974 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.406 Å / Num. obs: 76059 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 45879 / Num. unique all: 9916 / R_sym value: 0.516 / % possible all: 88.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	39.4 Å
Translation	2.5 Å	39.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→39.406 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 13.627 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.265 / SU R_free: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	3804	5 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
all	0.199	76058	-	-
obs	0.199	76058	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.68 Å² / B_iso mean: 49.501 Å² / B_iso min: 25.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	0 Å²	-0.34 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.406 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9878	0	71	133	10082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	10225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.161	1.932	13851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.841	3.001	16417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.814	5	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.586	24.13	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.101	15	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.649	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	6819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.181	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.884	1.5	7986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.11	1.5	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.01	2	9851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.498	3	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.131	4.5	3994

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	219	-
R_work	0.239	4534	-
all	-	4753	-
obs	-	-	84.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2589	0.0156	0.7961	0.997	-0.2399	0.7901	0.0767	0.0558	-0.5332	0.0563	-0.0003	-0.1555	0.0824	0.082	-0.0764	-0.0071	0.0231	0.1322	-0.0204	0.0072	-0.119	7.72	51.841	28.166
2	2.1487	0.0545	-0.4556	1.747	-0.3977	1.0736	-0.0582	0.1012	0.41	0.0012	-0.0626	-0.2068	-0.3771	0.1355	0.1208	0.0912	-0.0687	0.0739	-0.0519	0.0612	-0.1778	7.166	86.284	23.164
3	1.4644	-0.2343	0.1921	3.2012	-0.9274	1.5276	-0.0502	0.0093	0.1875	-0.0475	0.1276	0.3603	-0.413	-0.4456	-0.0774	0.1148	0.0692	0.1322	-0.0075	0.056	-0.2817	47.02	122.747	4.339
4	2.0051	0.2398	0.6022	2.606	0.3031	0.977	0.052	0.0244	-0.1593	0.0247	0.0313	-0.7464	0.0514	0.1107	-0.0833	0.0287	-0.0732	0.1256	-0.0788	0.0167	-0.1043	77.735	107.119	8.372
5	2.1327	0.5515	0.0836	2.752	-0.8624	1.6503	0.0226	-0.111	0.0675	0.1437	0.2111	0.6995	-0.0708	-0.5794	-0.2337	-0.0176	-0.0477	0.1925	0.1204	0.0886	-0.2063	39.391	106.907	10.795
6	1.5195	0.4337	0.3139	2.5521	0.442	0.9622	0.0508	0.1381	-0.3129	-0.0638	0.0888	-0.415	0.3222	0.0823	-0.1397	0.1635	-0.0418	0.1398	-0.1213	-0.0258	-0.1912	69.688	91.264	4.213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 221	1 - 221
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 221	1 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 219	1 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 215	1 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 220	1 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 219	1 - 219

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関連情報:EMDBヘッダ

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