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万見
- PDB-3e3f: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A with 100 mM b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e3f
タイトルH. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A with 100 mM bicarbonate
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rowlett, R.S. / Mysliwiec, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase .
著者: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D.
履歴
登録2008年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9549
ポリマ－52,5182
非ポリマー4367
水1,51384
1
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,90818
ポリマ－105,0364
非ポリマー87214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11730 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.897, 83.897, 184.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / E.C.4.2.1.1 / Carbonate dehydratase 2 / beta carbonic anhydrase


分子量: 26258.932 Da / 分子数: 2 / 変異: V47A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 0.7 M sodium potassium tartrate, 100 mM sodium bicarbonate, 12 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→76.472 Å / Num. obs: 30001 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 16260 / Num. unique all: 4077 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 94.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d


解像度: 2.3→28.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.21 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.754 / SU B: 16.172 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.195 / SU Rfree: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1523 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.195 29926 --
obs0.195 29926 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.61 Å2 / Biso mean: 48.922 Å2 / Biso min: 22.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2894 0 22 84 3000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212973
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.9344030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94134754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8395363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.78523.869137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.63915507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7291518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.22004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.21613
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0810.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2930.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1321.52332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1841.5746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36322908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19231334
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9834.51122
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 93 -
Rwork0.241 1890 -
all-1983 -
obs--90.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7987-0.49860.5152.24630.96393.74260.04680.28360.1103-0.4611-0.13440.1148-0.431-0.11530.0875-0.3680.0086-0.0705-0.5066-0.01840.3827-25.317-13.612-16.786
22.89630.3152-0.38063.32811.693.87620.0667-0.27050.2239-0.2415-0.11830.309-0.6163-0.10750.0516-0.39580.00070.0015-0.5792-0.07660.4173-27.148-2.516.993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA34 - 21534 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2BB34 - 21634 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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