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万見
- PDB-3e38: CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO-DOMAIN PROTEIN CONTAINING PREDICTED PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+38
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TWO-DOMAIN PROTEIN CONTAINING PREDICTED PHP-LIKE METAL-DEPENDENT PHOSPHOESTERASE (BVU_3505) FROM BACTEROIDES VULGATUS ATCC 8482 AT 2.20 A RESOLUTION
要素two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3090 / Ig-like domain / Ig-like domain / : / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Immunoglobulin-like - #3090 / Ig-like domain / Ig-like domain / : / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Polymerase/histidinol phosphatase N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides vulgatus ATCC 8482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase (YP_001300751.1) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase
B: two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,97313
ポリマ－80,0302
非ポリマー94311
水7,764431
1
A: two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase
B: two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase
ヘテロ分子

A: two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase
B: two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,94526
ポリマ－160,0604
非ポリマー1,88522
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-466 kcal/mol
Surface area51200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.680, 117.820, 79.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASNASN1AA22 - 262 - 6
21GLYGLYASNASN1BB0 - 261 - 6
32GLUGLUASPASP3AA27 - 857 - 65
42GLUGLUASPASP3BB27 - 857 - 65
53HISHISLEULEU5AA90 - 36370 - 343
63HISHISLEULEU5BB90 - 36370 - 343

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要素

#1: タンパク質 two-domain protein containing predicted PHP-like metal-dependent phosphoesterase


分子量: 40014.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus ATCC 8482 (バクテリア)
遺伝子: YP_001300751.1, BVU_3505 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6L615
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 22-363 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20.0000% Glycerol, 0.1600M Mg(oAc)2, 16.0000% PEG-8000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月11日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.604 Å / Num. obs: 45776 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.645 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.94
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.280.772287898350193.2
2.28-2.370.6222.4316638579199.2
2.37-2.480.4963336338962199.3
2.48-2.610.3933.8327928689199.4
2.61-2.770.314.8325188561199
2.77-2.980.2146.8331338654199.4
2.98-3.280.12910.8339518845199.5
3.28-3.760.07418.2335578850199
3.76-4.720.03929.8331418686199.2
4.72-29.6040.03137340248827198.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0067精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.604 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.417 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.188
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.GLYCEROL MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS ARE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. THREE ZN IONS, WHICH CO-PURIFIED WITH THE PROTEIN, ARE MODELED IN EACH SUBUNIT OF THIS STRUCTURE. ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS AND X-RAY FLUORESCENCE EXPERIMENTS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF THE ZINC ATOMS. 6.IN THE CONSERVED ACTIVE SITES, CACODYLATE ANIONS FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER HAVE BEEN MODELED. THE PRESENCE OF CACODYLATE AT THESE SITES IS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS. HOWEVER, THE SITES ARE DISORDERED AND MAY ONLY BE PARTIALLY OCCUPIED. SINCE THIS DISORDER COULD NOT BE RESOLVED, ONLY A SINGLE ORIENTATION OF CACODYLATE IS MODELED IN THE STRUCTURE, EVEN THOUGH THIS DOES NOT FULLY SATISFY THE COORDINATION GEOMETRY OF THE ZN SITES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2319 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.175 45753 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.905 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.37 Å20 Å20 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3---3.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5501 0 34 431 5966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0215715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7861.9427751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.40539389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5185695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.72423.64283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.3315961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2521540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.94333444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.57931397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.00655573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7282271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.386112178
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A415TIGHT POSITIONAL0.080.05
B1592MEDIUM POSITIONAL0.130.5
A2492LOOSE POSITIONAL0.285
B415TIGHT THERMAL1.660.5
A1592MEDIUM THERMAL1.672
B2492LOOSE THERMAL2.2510
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 160 -
Rwork0.22 3035 -
all-3195 -
obs--94.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7732-0.14910.12570.8121-0.17890.355-0.05630.0088-0.0687-0.05450.06820.05830.0254-0.0265-0.0119-0.0841-0.02210.0048-0.0815-0.0095-0.04844.050641.16430.4923
21.0259-0.4558-0.03381.11110.34990.3635-0.1343-0.24590.05410.10720.1259-0.0681-0.05720.06130.00840.00610.0689-0.02130.052-0.005-0.097865.159853.363466.3966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA22 - 3632 - 343
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 3631 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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