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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3zjy | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Importin 13 - RanGTP - eIF1A complex | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSLATION / ACTIVE TRANSPORT / CELL NUCLEUS / NUCLEOCYTOPLASMIC TRANSPORT / MULTIPROTEIN COMPLEX / RNA-BINDING PROTEIN / RAN GTP-BINDING PROTEIN | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / multi-eIF complex / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / translation factor activity, RNA binding / eukaryotic 43S preinitiation complex / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding ...pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / multi-eIF complex / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / translation factor activity, RNA binding / eukaryotic 43S preinitiation complex / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / GTP metabolic process / protein-containing complex localization / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / viral process / ribosomal large subunit export from nucleus / Formation of a pool of free 40S subunits / spermatid development / nuclear pore / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / sperm flagellum / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / centriole / protein export from nucleus / ribosome assembly / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / translational initiation / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / positive regulation of protein import into nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / actin cytoskeleton organization / G protein activity / midbody / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / tRNA binding / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / synapse / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.6 Å | ||||||
Authors | Gruenwald, M. / Lazzaretti, D. / Bono, F. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2013Title: Structural Basis for the Nuclear Export Activity of Importin13. Authors: Grunwald, M. / Lazzaretti, D. / Bono, F. | ||||||
| History |
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| Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3zjy.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3zjy.ent.gz | 901.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3zjy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/3zjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/3zjy | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3zkvC ![]() 2x19S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20593.967 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 1-180 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 108293.719 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() #3: Protein | | Mass: 12946.941 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 1-112 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() #4: Chemical | #5: Chemical | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60 % / Description: NONE |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.97919 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.6→50 Å / Num. obs: 57266 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 116.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.35 |
| Reflection shell | Resolution: 3.6→3.7 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 87.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2X19 Resolution: 3.6→49.549 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.99 / Phase error: 33.61 / Stereochemistry target values: MLHL
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 93.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.6→49.549 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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