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- PDB-3e2u: Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e2u | |||||||||
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Title | Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED) | |||||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / STRUCTURAL PROTEIN MICROTUBULE BINDING / DYNACTIN / CYTOSKELETON ASSOCIATED PROTEIN / P150GLUED / CLIP-170/RESTIN / +TIP PROTEIN COMPLEX STRUCTURE / ZINC-KNUCKLE / AUTOINHIBITION / Cytoskeleton / Dynein / Microtubule / Motor protein / Phosphoprotein | |||||||||
Function / homology | ![]() centriolar subdistal appendage / positive regulation of neuromuscular junction development / centriole-centriole cohesion / cell cortex region / ventral spinal cord development / microtubule anchoring at centrosome / maintenance of synapse structure / melanosome transport / nuclear membrane disassembly / cell tip ...centriolar subdistal appendage / positive regulation of neuromuscular junction development / centriole-centriole cohesion / cell cortex region / ventral spinal cord development / microtubule anchoring at centrosome / maintenance of synapse structure / melanosome transport / nuclear membrane disassembly / cell tip / positive regulation of microtubule nucleation / microtubule plus-end / XBP1(S) activates chaperone genes / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / non-motile cilium assembly / microtubule bundle formation / microtubule plus-end binding / retrograde transport, endosome to Golgi / nuclear migration / motor behavior / microtubule associated complex / neuromuscular process / intermediate filament / neuromuscular junction development / intercellular bridge / cell leading edge / establishment of mitotic spindle orientation / RHO GTPases activate IQGAPs / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Mitotic Prometaphase / cytoplasmic microtubule organization / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of microtubule polymerization / ruffle / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / neuron projection maintenance / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / centriole / tubulin binding / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / RHO GTPases Activate Formins / cytoplasmic vesicle membrane / tau protein binding / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / neuron cellular homeostasis / spindle / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / nuclear envelope / nervous system development / mitotic cell cycle / cell cortex / microtubule binding / microtubule / neuron projection / cell division / axon / centrosome / neuronal cell body / protein kinase binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Weisbrich, A. / Honnappa, S. / Capitani, G. / Steinmetz, M.O. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structure-function relationship of CAP-Gly domains Authors: Weisbrich, A. / Honnappa, S. / Jaussi, R. / Okhrimenko, O. / Frey, D. / Jelesarov, I. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2pzo S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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5 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 10309.413 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: CAP-Gly domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 4804.103 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Zn-knuckle 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2006 / Details: dynamically bendable mirror |
Radiation | Monochromator: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.039 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -k,h,l / Fraction: 0.352 |
Reflection | Resolution: 2.6→47.02 Å / Num. obs: 16917 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.8 Å / Redundancy: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. measured obs: 17204 / Num. unique obs: 3307 / Rsym value: 0.563 / % possible all: 99.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2PZO (SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING MOLREP) ![]() 2pzo Resolution: 2.6→47.015 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.628 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 84.11 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.85 Å2 / Biso mean: 72.982 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→47.015 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 98 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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