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- PDB-1rlf: STRUCTURE DETERMINATION OF THE RAS-BINDING DOMAIN OF THE RAL-SPEC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rlf
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF THE RAS-BINDING DOMAIN OF THE RAL-SPECIFIC GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR RLF, NMR, 10 STRUCTURES
要素RLF
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Ral protein signal transduction / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Esser, D. / Bauer, B. / Wolthuis, R.M.F. / Wittinghofer, A. / Cool, R.H. / Bay, P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure determination of the Ras-binding domain of the Ral-specific guanine nucleotide exchange factor Rlf.
著者: Esser, D. / Bauer, B. / Wolthuis, R.M. / Wittinghofer, A. / Cool, R.H. / Bayer, P.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1997
タイトル: Stimulation of Gene Induction and Cell Growth by the Ras Effector Rlf
著者: Wolthuis, R.M. / De Ruiter, N.D. / Cool, R.H. / Bos, J.L.
#2: ジャーナル: Oncogene / 年: 1996
タイトル: Ralgds-Like Factor (Rlf) is a Novel Ras and RAP 1A-Associating Protein
著者: Wolthuis, R.M. / Bauer, B. / Van'T Veer, L.J. / De Vries-Smits, A.M. / Cool, R.H. / Spaargaren, M. / Wittinghofer, A. / Burgering, B.M. / Bos, J.L.
履歴
登録1998年7月9日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RLF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0481
ポリマ－10,0481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 RLF / RLF-RBD


分子量: 10048.376 Da / 分子数: 1 / 断片: RAS BINDING DOMAIN, RESIDUES 646 - 735 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61193

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121NOECLEAN-TOCSY
131GS-15N-HSQC
14115N-NOESY-HMQC
15115N-TOCSY-HMQCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO- AND THREE-DIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY ON UNLABELED AND 15N LABELED RLF-RBD

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
NDEE構造決定
X-PLOR3.851構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: TOTAL NUMBER OF NOE CONSTRAINTS 2287; INTRARESIDUE NOE CONSTRAINTS 804; SEQUENTIAL INTERRESIDUE CONSTRAINTS (|I-J|=1) 469; INTERRESIDUE CONSTRAINTS (1<|I-J|<5) 296; INTERRESIDUE CONSTRAINTS (|I-J|>=5) 718; BACKBONE RMSD FROM TARGET DISTANCES (ASP4-ARG90) 0.2A (COMPARED TO AVERAGE STRUCTURE) COORDINATE RMSD FROM THE AVERAGE FOR ALL HEAVY ATOM0.6A; NUMBER OF STRUCTURES USED IN ABOVE STATISTICS 10S
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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