PDB-3e28: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant Y181F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+28

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant Y181F

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Lee, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Allosteric site variants of Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase.
著者: Rowlett, R.S. / Tu, C. / Lee, J. / Herman, A.G. / Chapnick, D.A. / Shah, S.H. / Gareiss, P.C.

履歴

登録	2008年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e28.cif.gz	256.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e28.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1vC 3e1wC 3e24C 3e2aC 3e2wC 2a8dS 2a8c 3e2x 3e31 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e3i-1 3e3i-3 3e2a-1 3e2w-2 3e3g-2 3e3i-2 3e2a-2 4waj-1 3e2w-1 3e3g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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4

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.193, 144.943, 52.714
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.780, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-233- SO4

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / E.C.4.2.1.1 / Carbonate dehydratase 2 分子量: 26270.984 Da / 分子数: 6 / 変異: Y181F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 1.5 M ammonium sulfate, 4% PEG-400, 20 mg/ml protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月3日
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.841 Å / Num. obs: 59536 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8715 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.562 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.287

	最高解像度	最低解像度
Translation	4 Å	20 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.5	データスケーリング
EPMR	2.5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d

解像度: 2.5→29.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 19.523 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	2984	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	59233	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.32 Å² / B_iso mean: 42.542 Å² / B_iso min: 18.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9874	0	86	172	10132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	10254
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.932	13884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.882	3.001	16457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.672	5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.19	24.13	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.799	15	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.628	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	6985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	5277
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.167	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.261	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.647	1.5	7973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.093	1.5	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.773	2	9878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.331	3	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.941	4.5	4006

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	248	-
R_work	0.254	4091	-
all	-	4339	-
obs	-	-	99.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1388	-0.0747	1.1413	0.8771	-0.0747	1.4603	0.2323	0.1688	-0.5644	0.0721	-0.0138	-0.1186	0.2306	0.1632	-0.2185	-0.1239	0.0722	-0.011	-0.0827	-0.038	0.029	7.755	51.152	28.114
2	2.883	-0.1341	0.6008	1.7033	-0.4438	3.1166	-0.2341	0.2402	0.5387	0.0202	-0.0017	-0.1964	-0.8682	0.377	0.2358	0.0786	-0.1377	-0.0094	-0.0886	0.0676	-0.0982	7.237	85.363	23.024
3	2.2183	-0.4059	0.5505	2.671	-0.7775	2.3331	0.0262	-0.0824	0.2503	-0.0173	0.0405	0.364	-0.4889	-0.5866	-0.0667	0.0021	0.1063	0.0819	0.0456	0.0442	-0.1778	46.157	121.584	4.342
4	2.181	-0.0179	0.3551	1.9924	0.1913	1.583	0.0013	0.0492	-0.0762	-0.0426	0.0249	-0.4973	0.1019	0.234	-0.0262	-0.1419	-0.0557	0.0601	-0.1033	0.016	-0.1091	77.168	106.43	8.171
5	2.3541	0.0762	-0.1762	2.2644	-0.6534	2.5963	-0.0005	-0.0662	0.0268	0.0332	0.2269	0.4864	-0.0958	-0.8608	-0.2264	-0.1316	-0.0314	0.0801	0.2314	0.094	-0.1147	38.865	105.603	10.733
6	1.4024	0.0429	0.2419	2.224	0.6129	1.0982	0.0751	0.1012	-0.2755	-0.0941	0.003	-0.3745	0.3214	0.0849	-0.0781	0.0404	-0.0351	0.0419	-0.1211	0.0002	-0.1258	69.406	90.814	3.667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 221
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 217

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