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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dzn | ||||||
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タイトル | Thaumatin by LB nanotemplate method before high X-Ray dose on ESRF ID29 beamline | ||||||
![]() | Thaumatin-1![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tripathi, S. / Pechkova, E. / Nicolini, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Radiation damage in protein structural characterization by Synchrotron Radiation: State of the art and Nanotechnology-based perspective 著者: Pechkova, E. / Tripathi, S. / Nicolini, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3dnzC ![]() 3do0C ![]() 3do1C ![]() 3do2C ![]() 3dvqC ![]() 3dvrC ![]() 3dvsC ![]() 3dw1C ![]() 3dw3C ![]() 3dweC ![]() 3dzpC ![]() 3dzrC ![]() 3e0aC ![]() 1rqwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TLA / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 % / Mosaicity: 0.52 ° |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM ADA, 1M Na/K-tartrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月29日 / 詳細: toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.507→53.852 Å / Num. obs: 33163 / % possible obs: 80.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.59 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. measured all: 1603 / Num. unique all: 1268 / Rsym value: 0.151 / % possible all: 22.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1RQW 解像度: 1.51→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.916 / SU B: 1.979 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 175.04 Å2 / Biso mean: 20.749 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→45.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.507→1.546 Å / Total num. of bins used: 20
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