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- PDB-3dwo: Crystal structure of a Pseudomonas aeruginosa FadL homologue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dwo
タイトルCrystal structure of a Pseudomonas aeruginosa FadL homologue
要素Probable outer membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel / outer membrane protein
機能・相同性Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / long-chain fatty acid transporting porin activity / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / cell outer membrane / Beta Barrel / Mainly Beta / Probable outer membrane protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hearn, E.M. / Patel, D.R. / Lepore, B.W. / Indic, M. / van den Berg, B.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Transmembrane passage of hydrophobic compounds through a protein channel wall.
著者: Hearn, E.M. / Patel, D.R. / Lepore, B.W. / Indic, M. / van den Berg, B.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL
著者: van den Berg, B. / Black, P.N. / Clemons Jr., W.M. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2008年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Probable outer membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,38013
ポリマ－48,9131
非ポリマー3,46712
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.777, 233.054, 81.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Probable outer membrane protein


分子量: 48913.176 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4589 / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q9HVJ6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28-32% PEG 400, 0.1M lithium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9790, 1.0375, 1.1397
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.03751
31.13971
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 31016 / Num. obs: 28897 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/av σ(I): 20.4 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1218 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 38.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1358 4.8 %random
Rwork0.213 ---
all0.213 28103 --
obs0.213 26996 96.1 %-
溶媒の処理Bsol: 65.517 Å2
原子変位パラメータBiso max: 79 Å2 / Biso mean: 33.501 Å2 / Biso min: 13.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.415 Å20 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----3.895 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 136 214 3736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.369
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1852
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2542.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5c8e4.parc8e4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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