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- PDB-3dw5: Crystal Structure of the Sarcin/Ricin Domain from E. COLI 23S rRN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dw5
タイトルCrystal Structure of the Sarcin/Ricin Domain from E. COLI 23S rRNA, U2656-OCH3 modified
要素Sarcin/Ricin Domain from E. Coli 23 S rRNA
キーワードRNA / Sarcin Ricin Loop
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Olieric, V. / Rieder, U. / Lang, K. / Serganov, A. / Schulze-Briese, C. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: A fast selenium derivatization strategy for crystallization and phasing of RNA structures.
著者: Olieric, V. / Rieder, U. / Lang, K. / Serganov, A. / Schulze-Briese, C. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E.
履歴
登録2008年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcin/Ricin Domain from E. Coli 23 S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7581
ポリマ－8,7581
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.560, 29.560, 76.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: RNA鎖 Sarcin/Ricin Domain from E. Coli 23 S rRNA


分子量: 8758.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.2 M (NH4)2SO4, 50 mM K-MOPS pH 7.0, 10 mM MgCl2, 10 mM MnCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2K-MOPS11
3MgCl211
4MnCl211
5H2O11
6(NH4)2SO412
7K-MOPS12
8MgCl212
9MnCl212
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 0.96 Å / Num. obs: 39656 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 12.625 Å2 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル解像度: 0.96→0.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured obs: 9571 / Num. unique obs: 1123 / Rsym value: 0.634 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
RemDAqデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: 1q9a

1q9a


解像度: 0.96→27.557 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.09 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 1995 5.03 %random
Rwork0.149 ---
obs0.15 39656 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.753 Å2 / ksol: 0.436 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 35.27 Å2 / Biso mean: 14.204 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0 Å20 Å2
2---0.25 Å2-0 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.96→27.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 580 0 146 726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1411099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.317309
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.96-0.9840.2411360.22623275997
0.984-1.0110.191360.17626642800100
1.011-1.040.1811430.1626822825100
1.04-1.0740.1581310.15127292860100
1.074-1.1120.1631510.14126522803100
1.112-1.1570.1651370.13927102847100
1.157-1.2090.1471460.1426732819100
1.209-1.2730.1391390.1427252864100
1.273-1.3530.1431400.14227022842100
1.353-1.4570.171440.14726722816100
1.457-1.6040.1461370.14127102847100
1.604-1.8360.1541550.13127082863100
1.836-2.3130.1681550.15926822837100
2.313-27.5690.1681450.14927292874100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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