PDB-3dvf: Structure of amyloidogenic kappa 1 Bence Jones protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dvf

タイトル

Structure of amyloidogenic kappa 1 Bence Jones protein

要素

Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-12

キーワード

PROTEIN FIBRIL / AL / light chain amyloidosis / amyloid / immunoglobulin / light chain / light chain variable domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Randles, E.G. / Thompson, J.R. / Ramirez-Alvarado, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural alterations within native amyloidogenic immunoglobulin light chains.
著者: Randles, E.G. / Thompson, J.R. / Martin, D.J. / Ramirez-Alvarado, M.

履歴

登録	2008年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dvf.cif.gz	63.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dvf.ent.gz	48.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3dvf_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dvf_full_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示
XML形式データ	3dvf_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	3dvf_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/3dvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/3dvf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3dviC 2q20S 2q1e S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cdf-3 3esv-2 4k07-5 3ceb-d 5tbd-4 1n4x-2 3auv-2 1a7o-d 1a7p-d 3dvi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-12

11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.428, 81.428, 77.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: 抗体	Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-12 分子量: 11736.984 Da / 分子数: 1 / 変異: S30T, Y32H, S65R, D70H, E81A, Q91E, N93Y, L96Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Mutant of vk1 o18/o8 germline / プラスミド: pET-12a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: 抗体

Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-12

分子量: 11736.984 Da / 分子数: 1 / 変異: S30T, Y32H, S65R, D70H, E81A, Q91E, N93Y, L96Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Mutant of vk1 o18/o8 germline / プラスミド: pET-12a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein: 923 mM in 10 mM Tris-HCl buffer, pH 7.4. Mother Liquor: 20% w/v polyethylene glycol 4000, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris buffer, pH 6.8, under 60% paraffin oil and 40% silicon oil, VAPOR ...詳細: Protein: 923 mM in 10 mM Tris-HCl buffer, pH 7.4. Mother Liquor: 20% w/v polyethylene glycol 4000, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris buffer, pH 6.8, under 60% paraffin oil and 40% silicon oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.95 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein: 923 mM in 10 mM Tris-HCl buffer, pH 7.4. Mother Liquor: 20% w/v polyethylene glycol 4000, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris buffer, pH 6.8, under 60% paraffin oil and 40% silicon oil, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5241 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月25日 / 詳細: Osmic VariMax
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5241 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→77.15 Å / Num. all: 14547 / Num. obs: 13965 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.66 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.85 % / R_merge(I) obs: 3.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 994 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2Q20

2q20

解像度: 1.8→77.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 7.168 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26566	594	4.1 %	RANDOM
R_work	0.19296	-	-	-
all	0.19569	14547	-	-
obs	0.19569	13965	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.491 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0.05 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→77.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	905	0	0	95	1000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.021	938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.967	1.947	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.087	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.554	24.878	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.379	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.057	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.791	1.5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.052	2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.648	3	378
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.31	4.5	319

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Num. reflection R_work: 994 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	26.6621	7.2856	12.604	4.3282	3.5536	13.6863	-0.1295	0.6647	-1.4146	-0.4175	0.4345	-0.2431	-0.7312	0.327	-0.305	0.0411	-0.0208	-0.0398	-0.2436	-0.0076	-0.2715	-38.628	8.5748	-10.3906
2	0.5091	2.0297	0.3634	9.0037	-0.8241	5.9251	-0.0867	-1.153	0.2188	-0.5197	0.369	0.2423	-0.553	0.6001	-0.2822	0.2886	-0.0911	-0.0631	0.2011	-0.0834	-0.2167	-30.2244	21.1541	1.2399
3	32.6697	7.0186	20.2406	5.5421	7.9255	19.8892	-0.4754	-0.3693	0.9371	-0.2442	0.3649	-0.4762	-0.9625	-0.7918	0.1104	0.1896	0.0945	-0.0832	-0.3355	-0.0129	-0.0999	-42.6856	12.2818	-10.241
4	11.9201	-1.6676	18.7014	1.4674	-5.1236	34.4346	-0.03	-0.8544	-0.4118	-0.2542	0.1825	0.6579	-0.2963	-2.2044	-0.1525	-0.0124	0.0917	-0.1293	0.0457	-0.0975	-0.0192	-51.9908	8.8803	-6.5084
5	2.949	-4.4043	-0.1229	9.0122	-1.0301	8.416	-0.1875	0.2089	-0.3858	0.0538	0.1128	0.6282	-0.4476	-0.0545	0.0747	-0.1802	-0.0132	-0.0172	-0.341	0.0022	-0.2742	-39.2996	7.1242	1.9786
6	31.6251	-5.1979	9.4329	10.0719	-0.797	20.6523	0.02	-0.5076	-0.6271	0.6081	-0.0672	-0.4389	-0.019	0.9595	0.0472	-0.1643	-0.0291	-0.0476	-0.2721	0.0045	-0.2445	-33.7739	2.4768	6.6218
7	29.3084	-17.9264	18.0516	22.0201	-5.0758	14.3372	-0.3314	-0.5462	-0.5173	-0.4468	-0.3413	1.0967	-0.8907	-1.1519	0.6726	-0.0653	0.1308	0.0165	-0.1132	-0.03	-0.1831	-47.6394	10.6221	3.9022
8	19.6025	1.2033	8.644	13.2919	1.6161	46.4189	0.0484	-0.64	-0.0317	0.7051	0.1314	1.4166	-0.5958	-0.4624	-0.1798	-0.0152	0.0673	0.0751	-0.0749	-0.0841	-0.1165	-46.4675	11.9153	10.1565
9	26.1374	-0.0229	18.7991	7.7526	5.8603	17.976	-0.4593	-0.2936	0.6112	-0.8803	-0.275	0.0294	-1.3038	-0.3648	0.7344	0.0756	0.0852	-0.0857	-0.1867	-0.0872	-0.182	-41.8229	17.9228	4.7257
10	4.2003	0.5331	2.9303	3.653	1.8909	7.0159	-0.2656	-0.3894	0.1184	-0.2824	-0.0229	0.2478	-1.1221	-0.3716	0.2885	0.0259	0.0198	-0.0292	-0.2662	-0.0144	-0.3041	-39.3753	12.6613	-0.2336
11	48.8319	-5.9418	-10.1752	15.9593	5.9078	25.7022	0.6214	0.9263	-2.2308	-0.3249	-0.7309	2.2882	0.7026	-2.6987	0.1095	-0.0402	-0.0367	-0.1339	0.0199	-0.0525	0.1027	-49.5669	-0.3724	-7.7109
12	19.4554	13.7777	1.5957	18.2341	5.1167	8.8456	-0.0418	-0.9069	-0.5372	0.1359	0.3875	-1.0956	-0.9642	1.5173	-0.3458	0.0499	-0.0875	-0.041	-0.0306	-0.0291	-0.316	-30.3776	10.7099	-1.9548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 11	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	12 - 20	12 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	21 - 26	21 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	27 - 34	27 - 34
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	35 - 38	35 - 38
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	39 - 45	39 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	46 - 52	46 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	53 - 58	53 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	59 - 66	59 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	67 - 91	67 - 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	92 - 97	92 - 97
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	98 - 107	98 - 107

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