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- PDB-3duu: Crystal structure of SAG506-01, orthorhombic, twinned, crystal 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3duu
タイトルCrystal structure of SAG506-01, orthorhombic, twinned, crystal 2
要素
  • Ig-like protein
  • antibody Fv fragment SAG506-01
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / KDO / twinning / pseudo-symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / Vk protein / VH coding region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus Musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Blackler, R.J. / Gerstenbruch, S. / Kosma, P. / Muller-Loennies, S. / Brade, H. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Pseudo-symmetry and twinning in crystals of homologous antibody Fv fragments.
著者: Brooks, C.L. / Blackler, R.J. / Gerstenbruch, S. / Kosma, P. / Muller-Loennies, S. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2008年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody Fv fragment SAG506-01
B: Ig-like protein
C: antibody Fv fragment SAG506-01
D: Ig-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,53111
ポリマ－51,5944
非ポリマー9387
水3,459192
1
C: antibody Fv fragment SAG506-01
D: Ig-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2786
ポリマ－25,7972
非ポリマー4814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
2
A: antibody Fv fragment SAG506-01
B: Ig-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2545
ポリマ－25,7972
非ポリマー4573
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.600, 71.760, 86.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 antibody Fv fragment SAG506-01


分子量: 12353.851 Da / 分子数: 2 / 断片: variable region fragment (Fv) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus Musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pSFJ8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: A0N262*PLUS
#2: 抗体 Ig-like protein


分子量: 13442.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus Musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NU21*PLUS

-
糖 , 1種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 2-keto-3-deoxy-D-mannooctanoic acid / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-manno-oct-2-ulosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O8
識別子タイププログラム
DKdopaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-KdopIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
KdoSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 197分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,-h,l / Fraction: 0.493
反射解像度: 1.95→19.89 Å / Num. obs: 32545 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.65 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 11.4 / Scaling rejects: 1143
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.024.480.3553.61460632401.2699.9
2.02-2.14.50.2964.21475132541.1999.9
2.1-2.24.560.2374.91489932441.1399.6
2.2-2.314.550.1945.91494132561.0299.6
2.31-2.464.640.16271523732600.9999.5
2.46-2.654.670.1268.71521532350.8999
2.65-2.914.740.09811.21542632390.898.8
2.91-3.334.770.0715.41566932630.7498.1
3.33-4.194.810.05122.61581732590.7497.2
4.19-19.894.740.03928.51576332950.7494.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 40.99 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.87 Å
Translation2.5 Å19.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.889 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.83 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1678 5.16 %
Rwork0.194 --
obs0.195 32545 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.262 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.24 Å2 / Biso mean: 31.659 Å2 / Biso min: 18.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.069 Å20 Å2-0 Å2
2--3.303 Å2-0 Å2
3----5.371 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3626 0 61 192 3879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.045078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7341342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.95-1.9920.3811000.32119382038
1.992-2.0390.2951000.31719232023
2.039-2.090.341140.29519002014
2.09-2.1460.278960.30419512047
2.146-2.2090.322910.28319222013
2.209-2.280.3151070.26519172024
2.28-2.3620.301890.27619472036
2.362-2.4560.31940.27819652059
2.456-2.5680.2761000.2519152015
2.568-2.7030.3031100.23519222032
2.703-2.8720.2311090.20319392048
2.872-3.0930.2131090.18619192028
3.093-3.4020.2231070.16919262033
3.402-3.8920.141110.13519232034
3.892-4.8910.1421040.11819242028
4.891-19.890.1911080.16919652073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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