[日本語] English
万見
- PDB-3drf: Lactococcal OppA complexed with an endogenous peptide in the clos... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3drf
タイトルLactococcal OppA complexed with an endogenous peptide in the closed conformation
要素
  • Oligopeptide-binding protein oppA
  • endogenous peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / oligo-peptide binding / voluminous binding cavity / venus fly-trap
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligopeptide-binding protein oppA
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Berntsson, R.P.-A. / Doeven, M.K. / Duurkens, R.H. / Sengupta, D. / Marrink, S.-J. / Thunnissen, A.-M. / Poolman, B. / Slotboom, D.-J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: The structural basis for peptide selection by the transport receptor OppA
著者: Berntsson, R.P.-A. / Doeven, M.K. / Fusetti, F. / Duurkens, R.H. / Sengupta, D. / Marrink, S.-J. / Thunnissen, A.-M. / Poolman, B. / Slotboom, D.-J.
履歴
登録2008年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oligopeptide-binding protein oppA
B: endogenous peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8502
ポリマ－65,8502
非ポリマー00
水20,1591119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.114, 74.650, 115.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Oligopeptide-binding protein oppA


分子量: 65144.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Construct lacking N-terminal signal sequence and cysteine used for lipid modification
由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: subsp. cremoris MG1363 / 遺伝子: oppA, llmg_0701 / プラスミド: pAMP21 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): MG1363 / 参照: UniProt: A2RJ53
#2: タンパク質・ペプチド endogenous peptide


分子量: 705.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesis
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.430637 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Na-Hepes, pH 7.0, 20% PEG 6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1610.999
シンクロトロンESRF ID2920.9197, 0.9199, 0.9168
シンクロトロンESRF ID2931.775
検出器
タイプID検出器日付
ADSC Q210r1CCD2007年2月18日
ADSC Q315R2CCD2007年2月18日
ADSC Q315R3CCD2007年2月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9991
20.91971
30.91991
40.91681
51.7751
反射最高解像度: 1.3 Å / Num. obs: 124464 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 14.587 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2,3

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.3-1.380.3644.3894131958297.9
1.38-1.470.2566.18889618810100
1.47-1.590.1679.28367517533100
1.59-1.740.11113.4779301619799.9
1.74-1.940.06820.3710541470099.9
1.94-2.240.04330.8630721302599.9
2.24-2.740.03339.6536091105299.6
2.74-3.850.02450.641770862999.1
3.850.0258.622977493596.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.346.1300191382390
ISO_22.346.130.5510.469191332105
ISO_32.346.130.2140.184191312374
ISO_42.346.130.760.663149351905
ISO_52.346.130.8410.732190711880
ANO_12.346.131.270186070
ANO_22.346.130.6540186030
ANO_32.346.130.830186020
ANO_42.346.130.2150150610
ANO_52.346.130.1740190930
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_110.05-46.130016891
ISO_17.19-10.0500362128
ISO_15.9-7.1900497116
ISO_15.12-5.900598136
ISO_14.58-5.1200672120
ISO_14.19-4.5800743128
ISO_13.88-4.1900823127
ISO_13.63-3.8800884118
ISO_13.42-3.6300939115
ISO_13.25-3.4200996124
ISO_13.1-3.25001047103
ISO_12.97-3.1001112119
ISO_12.85-2.97001169123
ISO_12.75-2.85001198122
ISO_12.65-2.75001246130
ISO_12.57-2.65001290128
ISO_12.49-2.57001349119
ISO_12.42-2.49001414120
ISO_12.36-2.42001437121
ISO_12.3-2.36001194102
ANO_110.05-46.132.56901680
ANO_17.19-10.052.90803610
ANO_15.9-7.192.99204960
ANO_15.12-5.92.87505980
ANO_14.58-5.122.25106710
ANO_14.19-4.581.87507320
ANO_13.88-4.191.50407920
ANO_13.63-3.881.3908500
ANO_13.42-3.631.36808930
ANO_13.25-3.421.44909420
ANO_13.1-3.251.33309880
ANO_12.97-3.11.304010580
ANO_12.85-2.971.209011110
ANO_12.75-2.851.084011440
ANO_12.65-2.750.954012050
ANO_12.57-2.650.833012490
ANO_12.49-2.570.776013220
ANO_12.42-2.490.674014060
ANO_12.36-2.420.592014290
ANO_12.3-2.360.552011920
ISO_210.05-46.130.5560.51516886
ISO_27.19-10.050.9890.824362125
ISO_25.9-7.191.0610.891497114
ISO_25.12-5.90.8180.588598130
ISO_24.58-5.120.7280.653672115
ISO_24.19-4.580.6620.576743101
ISO_23.88-4.190.6380.42782265
ISO_23.63-3.880.6140.588884102
ISO_23.42-3.630.5650.42693998
ISO_23.25-3.420.5670.384996107
ISO_23.1-3.250.5320.44104786
ISO_22.97-3.10.5420.3651110107
ISO_22.85-2.970.50.3631168111
ISO_22.75-2.850.4780.3271198110
ISO_22.65-2.750.4480.3161246117
ISO_22.57-2.650.410.2911290113
ISO_22.49-2.570.3820.2821349109
ISO_22.42-2.490.3460.2181414111
ISO_22.36-2.420.3130.1981436107
ISO_22.3-2.360.2890.208119491
ANO_210.05-46.131.60701680
ANO_27.19-10.051.65203610
ANO_25.9-7.191.99104960
ANO_25.12-5.91.48405980
ANO_24.58-5.121.07406710
ANO_24.19-4.580.85207320
ANO_23.88-4.190.74407930
ANO_23.63-3.880.72308510
ANO_23.42-3.630.67108930
ANO_23.25-3.420.69509420
ANO_23.1-3.250.60809890
ANO_22.97-3.10.621010560
ANO_22.85-2.970.603011140
ANO_22.75-2.850.556011430
ANO_22.65-2.750.488012060
ANO_22.57-2.650.463012470
ANO_22.49-2.570.412013210
ANO_22.42-2.490.352014040
ANO_22.36-2.420.322014260
ANO_22.3-2.360.312011920
ISO_310.05-46.130.3410.28816890
ISO_37.19-10.050.4440.35362127
ISO_35.9-7.190.4460.321497116
ISO_35.12-5.90.3710.273598135
ISO_34.58-5.120.3130.285672119
ISO_34.19-4.580.290.21743127
ISO_33.88-4.190.2660.2821124
ISO_33.63-3.880.2510.237884117
ISO_33.42-3.630.2270.169939114
ISO_33.25-3.420.2180.148996123
ISO_33.1-3.250.2110.1711046102
ISO_32.97-3.10.1970.1371111117
ISO_32.85-2.970.1810.1311169123
ISO_32.75-2.850.1730.1251197122
ISO_32.65-2.750.160.1161246130
ISO_32.57-2.650.1480.1051290128
ISO_32.49-2.570.1410.1041348119
ISO_32.42-2.490.1270.0731414118
ISO_32.36-2.420.1120.0771436121
ISO_32.3-2.360.1070.0781194102
ANO_310.05-46.132.09201680
ANO_37.19-10.052.34503600
ANO_35.9-7.192.77904960
ANO_35.12-5.92.33705980
ANO_34.58-5.121.77406700
ANO_34.19-4.581.48607320
ANO_33.88-4.191.21607950
ANO_33.63-3.881.1208490
ANO_33.42-3.630.96408920
ANO_33.25-3.420.93509380
ANO_33.1-3.250.95209860
ANO_32.97-3.10.884010580
ANO_32.85-2.970.772011130
ANO_32.75-2.850.75011440
ANO_32.65-2.750.582012070
ANO_32.57-2.650.54012530
ANO_32.49-2.570.476013220
ANO_32.42-2.490.422014040
ANO_32.36-2.420.337014260
ANO_32.3-2.360.314011910
ISO_410.05-46.131.7531.31416888
ISO_47.19-10.051.8821.205362126
ISO_45.9-7.191.7111.419497116
ISO_45.12-5.91.5821.137598133
ISO_44.58-5.121.2771.099672117
ISO_44.19-4.581.040.732743116
ISO_43.88-4.190.8730.53282396
ISO_43.63-3.880.7090.581884111
ISO_43.42-3.630.6350.426939105
ISO_43.25-3.420.5880.381996116
ISO_43.1-3.250.5510.412104795
ISO_42.97-3.10.5510.3791112112
ISO_42.85-2.970.5390.4091169119
ISO_42.75-2.850.5310.3541198115
ISO_42.65-2.750.50.4161246123
ISO_42.57-2.650.4880.3481289118
ISO_42.49-2.570.4470.355119299
ISO_42.42-2.490000
ISO_42.36-2.420000
ISO_42.3-2.360000
ANO_410.05-46.130.53501730
ANO_47.19-10.050.66803620
ANO_45.9-7.190.60704980
ANO_45.12-5.90.54606010
ANO_44.58-5.120.41206740
ANO_44.19-4.580.33807480
ANO_43.88-4.190.28608310
ANO_43.63-3.880.27808910
ANO_43.42-3.630.28209470
ANO_43.25-3.420.243010020
ANO_43.1-3.250.227010540
ANO_42.97-3.10.185011270
ANO_42.85-2.970.152011830
ANO_42.75-2.850.146012210
ANO_42.65-2.750.111012460
ANO_42.57-2.650.096013000
ANO_42.49-2.570.082012030
ANO_42.42-2.490000
ANO_42.36-2.420000
ANO_42.3-2.360000
ISO_510.05-46.131.7721.25116467
ISO_57.19-10.051.9211.354357100
ISO_55.9-7.191.7951.53149296
ISO_55.12-5.91.6881.149590113
ISO_54.58-5.121.4181.15766594
ISO_54.19-4.581.1990.83274098
ISO_53.88-4.191.0560.68181773
ISO_53.63-3.880.8360.75387991
ISO_53.42-3.630.7710.5393688
ISO_53.25-3.420.7190.46999298
ISO_53.1-3.250.7120.506104383
ISO_52.97-3.10.6770.544110794
ISO_52.85-2.970.690.514116699
ISO_52.75-2.850.6540.478119798
ISO_52.65-2.750.6190.5021245109
ISO_52.57-2.650.5830.39128999
ISO_52.49-2.570.560.452134899
ISO_52.42-2.490.4790.347141395
ISO_52.36-2.420.4340.3031437103
ISO_52.3-2.360.4050.291119483
ANO_510.05-46.130.19901570
ANO_57.19-10.050.31503470
ANO_55.9-7.190.38204750
ANO_55.12-5.90.32705710
ANO_54.58-5.120.25806390
ANO_54.19-4.580.26107180
ANO_53.88-4.190.21407980
ANO_53.63-3.880.20608520
ANO_53.42-3.630.20209160
ANO_53.25-3.420.17309650
ANO_53.1-3.250.174010160
ANO_52.97-3.10.171010910
ANO_52.85-2.970.153011520
ANO_52.75-2.850.142011980
ANO_52.65-2.750.139012260
ANO_52.57-2.650.125012810
ANO_52.49-2.570.115013520
ANO_52.42-2.490.101014080
ANO_52.36-2.420.096014350
ANO_52.3-2.360.082014960
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-53.917-33.554-2.952BR300.95
2-45.515-33.556-27.193BR300.67
3-45.182-11.281-18.132BR300.64
4-49.218-58.323-9.412BR300.97
5-42.325-10.923-36.652BR300.34
6-37.48211.21-43.905BR300.47
7-34.778-63.488-3.439BR300.54
8-29.0914.355-60.649BR300.51
9-31.526-30.945-31.943BR300.51
10-38.966-25.392-40.145BR300.56
11-28.743-4.17-57.496BR300.19
12-40.329-14.59-22.388BR300.6
13-35.995-70.295-14.016BR300.33
14-52.302-32.819-25.406BR300.42
15-42.982-45.511-4.1BR300.42
16-22.827-0.109-28.451BR300.55
17-36.569-70.042-16.763BR300.34
18-41.964-3.831-8.259BR300.2
19-44.971-5.123-22.955BR300.4
20-0.626-29.115-3.306BR300.26
2132.21538.25841.436BR300.66
2245.1269.28714.547S300.34
2334.18571.5463.379S300.69
2457.48425.77124.738S300.34
2534.63239.56928.598S300.32
2647.72151.28722.017S300.66
2720.64957.9747.358S300.64
2829.45422.92299.665S300.4
2957.91533.82185.659S300.37
3027.2560.52616.046S300.64
3111.65536.48871.078S300.31
3223.75366.05498.604S300.26
3354.41216.79143.702S300.25
347.16658.97735.217S300.3
3553.8563.02361.031HG300.1
3650.07453.61168.04HG300.08
3727.350.86516.02HG300.09
3818.20860.52292.915HG300.08
Phasing dmFOM : 0.75 / FOM acentric: 0.77 / FOM centric: 0.65 / 反射: 22875 / Reflection acentric: 20091 / Reflection centric: 2784
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-57.5140.870.910.81094757337
4.1-6.60.880.90.7731402592548
3.3-4.10.860.870.7538773376501
2.9-3.30.790.810.6538593449410
2.5-2.90.690.710.5367816140641
2.3-2.50.60.620.4241243777347

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→62.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.354 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16147 6300 5 %RANDOM
Rwork0.13132 ---
obs0.13286 119254 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2---0.2 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→62.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4249 0 0 1119 5368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.9516151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85937430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5975585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25925.879199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.9315768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.57159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02873
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8591.52838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3391.51153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38124591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05131681
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0744.51560
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.87937534
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.05131117
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.80337418
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 462 -
Rwork0.17 8811 -
all-9273 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る