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- PDB-6f73: Crystal structure of VAO-type flavoprotein MtVAO615 at pH 5.0 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f73
タイトルCrystal structure of VAO-type flavoprotein MtVAO615 at pH 5.0 from Myceliophthora thermophila C1
要素MtVAO615
キーワードFLAVOPROTEIN / VAO-type / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / VAO-type flavoprotein oxidase VAO615
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2018
タイトル: Characterization of Two VAO-Type Flavoprotein Oxidases from Myceliophthora thermophila.
著者: Ferrari, A.R. / Rozeboom, H.J. / Vugts, A.S.C. / Koetsier, M.J. / Floor, R. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2017年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MtVAO615
B: MtVAO615
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,01713
ポリマ－124,0492
非ポリマー3,96811
水15,205844
1
A: MtVAO615
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6775
ポリマ－62,0241
非ポリマー1,6524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MtVAO615
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3408
ポリマ－62,0241
非ポリマー2,3167
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.417, 115.959, 198.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 27 - 574 / Label seq-ID: 27 - 574

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 MtVAO615


分子量: 62024.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First 17 residues are a signal sequence
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2305637
発現宿主: Myceliophthora thermophila ATCC 42464 (菌類)
参照: UniProt: G2QDQ9
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG6000, , 0.2 M NaCl, 0.1 M NaAcetate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月26日
放射モノクロメーター: Helios MX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→58 Å / Num. obs: 71982 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.22→2.27 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 4265 / CC1/2: 0.706 / Rpim(I) all: 0.225 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IPI, 2BVF, 2Y08, 3W8W,3RJ8

2ipi

2bvf

2y08

3w8w

3rj8


解像度: 2.22→58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23467 3610 5 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.19489 68291 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.22→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8364 0 260 847 9471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.96912171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.844318369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96951094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00923.598378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.926151226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0021544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0290.022100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.410.6624382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.410.6624381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1620.9875474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1610.9875475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.971.134517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9691.134518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1051.566698
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.43110.7110452
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.44610.17410299
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 35812 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.219→2.277 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 267 -
Rwork0.285 4669 -
obs--93.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.985-0.1427-1.40230.84410.3733.3990.0136-0.32540.2440.48840.03260.0127-0.49660.1149-0.04620.5194-0.0028-0.00210.32780.00460.351359.03587.638111.717
20.9097-0.1794-1.22311.7343-0.25414.44220.14890.00930.07350.097-0.0953-0.0505-0.5045-0.2691-0.05370.13130.0256-0.00390.18960.01260.278561.9586.06788.097
36.9888-1.0507-0.84880.23770.33240.70120.55591.7516-0.0588-0.1138-0.54-0.0574-0.22-1.0608-0.01590.22750.3839-0.04971.6614-0.0550.614225.96689.85581.706
42.6133-0.7001-1.32970.65750.38572.42580.21120.9482-0.0174-0.0509-0.34780.3022-0.6911-1.84850.13670.31070.4516-0.03281.4845-0.14260.50434.82888.51681.545
52.0077-0.5551-1.44811.34070.62953.1946-0.08690.3387-0.27860.1111-0.20760.31810.1086-0.95080.29460.1381-0.0570.04740.4559-0.07260.384848.1374.13391.649
61.0877-2.2811-3.09296.37273.489215.1398-0.1908-0.0038-0.2330.2406-0.14040.49310.5479-0.00640.33120.4217-0.09010.05480.43550.14910.420859.20866.692107.308
72.02661.6365-0.31924.191.95539.2855-0.0255-0.0583-0.05020.2456-0.28120.23140.4117-0.43070.30670.1702-0.00890.11010.13920.05860.463843.31831.20860.91
80.806-0.1010.22331.64530.90721.0427-0.12560.132-0.0709-0.09250.03570.18110.12170.00760.08990.1406-0.0440.01020.04390.01720.373253.40539.58548.143
90.4403-0.1272-0.05031.4523-0.23431.1008-0.04450.00860.0691-0.05730.00240.1246-0.0594-0.08110.04210.01390.0046-0.00990.0062-0.00450.32149.97461.37456.352
102.6033-0.77230.49721.0311-0.12590.6686-0.00940.06530.0775-0.13420.0313-0.17280.02320.0885-0.0220.0442-0.00240.02870.01560.00310.363877.30773.24852.499
111.12430.103-0.0251.05290.27350.4583-0.057-0.11820.04480.07750.0472-0.10760.01210.06910.00990.05740.0294-0.00740.03210.01280.287367.21556.33265.295
121.4581-1.0381-2.706813.03465.33955.9838-0.0782-0.11990.070.75030.2299-0.20340.37080.2988-0.15160.28410.05120.01180.14520.06040.338152.91237.99870.318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2A141 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3A301 - 323
4X-RAY DIFFRACTION4A324 - 447
5X-RAY DIFFRACTION5A448 - 560
6X-RAY DIFFRACTION6A561 - 574
7X-RAY DIFFRACTION7B27 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8B42 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9B147 - 294
10X-RAY DIFFRACTION10B295 - 398
11X-RAY DIFFRACTION11B399 - 559
12X-RAY DIFFRACTION12B560 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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