PDB-3dp7: CRYSTAL STRUCTURE OF SAM-dependent methyltransferase from Bactero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dp7

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF SAM-dependent methyltransferase from Bacteroides vulgatus ATCC 8482

要素

SAM-dependent methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH / SAM-dependent methyltransferase =CONSORTIUM / NYSGXRC / Methyltransferase / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides vulgatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Ramagopal, U. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF SAM-dependent methyltransferase from Bacteroides vulgatus ATCC 8482
著者: MALASHKEVICH, V.N. / TORO, R. / Ramagopal, U. / MEYER, A.J. / SAUDER, J.M. / BURLEY, S.K. / ALMO, S.C.

履歴

登録	2008年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dp7.cif.gz	148.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dp7.ent.gz	119 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dp7_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dp7_full_validation.pdf.gz	497.1 KB	表示
XML形式データ	3dp7_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	3dp7_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r00-2 3gxo-1 4qvg-1 1xds-d 1xec-d 4f3y-d 5f8f-2 3ec7-2 1evi-d 1el9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11126e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAM-dependent methyltransferase

B: SAM-dependent methyltransferase

82.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.804, 130.804, 122.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	SAM-dependent methyltransferase 分子量: 41435.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア) 株: ATCC 8482 / 遺伝子: BVU_1015 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A6KZ44
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M sodium citrate, 0.1 M tris ph 7.0, 0.2 M nacl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.2 % / Av σ(I) over netI: 10.9 / 数: 272651 / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 5.32 / D res high: 2.33 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 65572 / % possible obs: 65.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.02	50	100	1	0.091	12.671	4.7
3.98	5.02	100	1	0.121	9.128	4.7
3.48	3.98	100	1	0.135	4.371	4.8
3.16	3.48	100	1	0.197	1.857	4.7
2.94	3.16	98.5	1	0.332	0.946	4.3
2.76	2.94	77.9	1	0.398	0.81	3.1
2.62	2.76	48.8	1	0.446	0.711	2.1
2.51	2.62	18.6	1	0.626	0.783	1.5
2.41	2.51	5.6	1		0.748	1.2
2.33	2.41	1.8	1		0.595	1.1

反射

解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 65572 / % possible obs: 65.1 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 5.323 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2.33-2.41	1.1	181	0.595	1	1.8
2.41-2.51	1.2	570	0.748	1	5.6
2.51-2.62	1.5	1875	0.783	1	18.6	0.626
2.62-2.76	2.1	4911	0.711	1	48.8	0.446
2.76-2.94	3.1	7844	0.81	1	77.9	0.398
2.94-3.16	4.3	9891	0.946	1	98.5	0.332
3.16-3.48	4.7	10079	1.857	1	100	0.197
3.48-3.98	4.8	10094	4.371	1	100	0.135
3.98-5.02	4.7	10051	9.128	1	100	0.121
5.02-50	4.7	10076	12.671	1	100	0.091

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.33→19.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.822 / SU B: 18.709 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	1671	5.1 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.187	32966	64.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 187.8 Å² / B_iso mean: 64.531 Å² / B_iso min: 29.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→19.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5604	0	0	90	5694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.948	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.584	5	699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.488	24.421	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.307	15	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.541	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	3.5	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.692	50	5554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.292	50	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.694	4.5	2172

LS精密化シェル

解像度: 2.332→2.392 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	3	-
R_work	0.387	56	-
all	-	59	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9161	0.6048	0.1332	1.448	-0.912	2.5412	0.2628	-0.2369	-0.0075	0.3025	-0.0763	0.2313	-0.1041	0.0231	-0.1866	-0.0575	0.0317	0.0242	-0.1475	0.0439	-0.0486	49.1218	16.3454	49.7723
2	0.8568	-0.1626	0.208	0.7491	-0.8947	1.8052	0.0586	0.1677	-0.0614	-0.0243	0.1961	0.2607	0.0198	-0.1056	-0.2547	-0.0917	0.0205	-0.0413	-0.1735	0.0651	-0.0133	40.6013	32.0994	16.8488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 355	5 - 355
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 355	6 - 355

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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