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万見
- PDB-3dl5: Crystal Structure of the A287F Active Site Mutant of TS-DHFR from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dl5
タイトルCrystal Structure of the A287F Active Site Mutant of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis
要素Dihydrofolate reductase, DHFR
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enzyme active site mutant / Enzyme-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / DIHYDROFOLIC ACID / Chem-NDP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Vargo, M.A. / Martucci, W.E. / Anderson, K.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Explaining an unusually fast parasitic enzyme: folate tail-binding residues dictate substrate positioning and catalysis in Cryptosporidium hominis thymidylate synthase.
著者: Martucci, W.E. / Vargo, M.A. / Anderson, K.S.
履歴
登録2008年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity_src_gen / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_keywords.text
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase, DHFR
B: Dihydrofolate reductase, DHFR
C: Dihydrofolate reductase, DHFR
D: Dihydrofolate reductase, DHFR
E: Dihydrofolate reductase, DHFR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,56525
ポリマ－301,6935
非ポリマー9,87220
水8,017445
1
C: Dihydrofolate reductase, DHFR
D: Dihydrofolate reductase, DHFR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,62610
ポリマ－120,6772
非ポリマー3,9498
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15970 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area38750 Å2
手法PISA
2
A: Dihydrofolate reductase, DHFR
B: Dihydrofolate reductase, DHFR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,62610
ポリマ－120,6772
非ポリマー3,9498
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15990 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38580 Å2
手法PISA
3
E: Dihydrofolate reductase, DHFR
ヘテロ分子

E: Dihydrofolate reductase, DHFR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,62610
ポリマ－120,6772
非ポリマー3,9498
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_457-x-1,y,-z+21
Buried area15700 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area39350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.807, 116.542, 219.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Dihydrofolate reductase, DHFR


分子量: 60338.613 Da / 分子数: 5 / 変異: A287F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: Chro.40506 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5CGA3, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 465分子

#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-CB3 / 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID


分子量: 477.469 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N5O6
#4: 化合物
ChemComp-DHF / DIHYDROFOLIC ACID


分子量: 443.413 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N7O6
#5: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1mM ammonium sulfate, 0.2mM, lithium sulfate, 0.1mM Tris, 12% PEG-6000, flash frozen in 25% ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→45.4 Å / Num. obs: 141384 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.74→2.91 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 22312 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZF

1qzf


解像度: 2.74→45.4 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 7082 -random
Rwork0.214 ---
all0.214 141384 --
obs0.214 141384 99.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→45.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20673 0 675 445 21793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.3
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 1181 -
Rwork0.324 --
obs-22312 99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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