PDB-3dkx: Crystal Structure of the replication initiator protein encoded on...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dkx

タイトル

Crystal Structure of the replication initiator protein encoded on plasmid pMV158 (RepB), trigonal form, to 2.7 Ang resolution

要素

Replication protein repB

キーワード

REPLICATION / Replication initiation / Plasmid replication / Nuclease / Hexamer / Flexible nuclease domains / DNA replication / Plasmid / REPLICATION INITIATOR

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase activity / extrachromosomal circular DNA / DNA replication / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Boer, D.R. / Ruiz-Maso, J.A. / Blanco, A.G. / Vives-Llacer, M. / Uson, I. / Gomis-Ruth, F.X. / Espinosa, M. / Del Solar, G. / Coll, M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Plasmid replication initiator RepB forms a hexamer reminiscent of ring helicases and has mobile nuclease domains
著者: Boer, D.R. / Ruiz-Maso, J.A. / Lopez-Blanco, J.R. / Blanco, A.G. / Vives-Llacer, M. / Chacon, P. / Uson, I. / Gomis-Ruth, F.X. / Espinosa, M. / Llorca, O. / del Solar, G. / Coll, M.

履歴

登録	2008年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dkx.cif.gz	260 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dkx.ent.gz	215.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dkx_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dkx_full_validation.pdf.gz	480.4 KB	表示
XML形式データ	3dkx_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	3dkx_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dkyC 1ksx 1ksy 1l2m 1rz9 2gxa 2hw0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u87-1 429 4gpk-3 3my7-d 9577 2vzx-d 1271 3dku-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Replication protein repB

B: Replication protein repB

C: Replication protein repB

ヘテロ分子

73.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Replication protein repB

B: Replication protein repB

C: Replication protein repB

ヘテロ分子

A: Replication protein repB

B: Replication protein repB

C: Replication protein repB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.611, 85.611, 245.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	2	A	A	135 - 204	135 - 204
2	1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	2	B	B	135 - 204	135 - 204
3	1	1	ASP	ASP	ARG	ARG	2	C	C	135 - 203	135 - 203
1	1	2	TYR	TYR	PRO	PRO	5	A	A	8 - 37	8 - 37
2	1	2	TYR	TYR	PRO	PRO	5	B	B	8 - 37	8 - 37
3	1	2	TYR	TYR	PRO	PRO	5	C	C	8 - 37	8 - 37
1	2	2	HIS	HIS	LEU	LEU	5	A	A	55 - 78	55 - 78
2	2	2	HIS	HIS	LEU	LEU	5	B	B	55 - 78	55 - 78
3	2	2	HIS	HIS	LEU	LEU	5	C	C	55 - 78	55 - 78
1	3	2	ASP	ASP	PHE	PHE	5	A	A	119 - 126	119 - 126
2	3	2	ASP	ASP	PHE	PHE	5	B	B	119 - 126	119 - 126
3	3	2	ASP	ASP	PHE	PHE	5	C	C	119 - 126	119 - 126

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Replication protein repB 分子量: 24287.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: repB / Plasmid details: repB (plasmid pMV158) / プラスミド: pGEM-T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P13921
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.5 % 解説: the diffraction experiments are for native, Se-MET, Se-MET, K2PTCL4 soak and K2PTCL4 soak in order.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG 8000, 100 mM CaCl2, 50mM TRIS HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1
5	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID29		1	1.0052
シンクロトロン	ESRF	ID14-4		2	0.9792
シンクロトロン	ESRF	BM14		3	0.9791, 0.9686
シンクロトロン	ESRF	ID29		4	1.07207, 1.07244, 1.06736
回転陽極			RIGAKU	5	1.54179

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2004年4月23日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2003年4月14日
ADSC QUANTUM 210	3	CCD	2003年7月12日
ADSC QUANTUM 210	4	CCD	2006年2月23日
MAR scanner 345 mm plate	5	IMAGE PLATE	2006年2月14日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111) monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SAD	M	x-ray	2
3		MAD	M	x-ray	3
4		MAD	M	x-ray	4
5		SAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0052	1
2	0.9792	1
3	0.9791	1
4	0.9686	1
5	1.07207	1
6	1.07244	1
7	1.06736	1
8	1.54179	1

反射

解像度: 2.7→24.95 Å / Num. all: 29602 / Num. obs: 29572 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 71.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4243 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ProDC	(ESRF)	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
DMMulti		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→24.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 25.159 / SU ML: 0.241 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; The isotropic atomic B values and ANISOU cards represent the full displacement of the atoms and therefore include the TLS component

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27574	1499	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22814	-	-	-
obs	0.23048	28019	100 %	-
all	-	29518	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0.73 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.19 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.399 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4928	0	7	122	5057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	1.977	6775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.387	5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.31	24.73	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.255	15	969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.398	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.513	1.5	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.975	2	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.229	3	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.081	4.5	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	276	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	276	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	276	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	284	medium positional	0.17	0.5
1	2	B	284	medium positional	0.15	0.5
1	3	C	284	medium positional	0.13	0.5
2	1	A	248	medium positional	0.22	0.5
2	2	B	248	medium positional	0.18	0.5
2	3	C	248	medium positional	0.2	0.5
2	1	A	262	loose positional	0.59	5
2	2	B	262	loose positional	0.62	5
2	3	C	262	loose positional	0.61	5
1	1	A	276	tight thermal	0.09	0.5
1	2	B	276	tight thermal	0.09	0.5
1	3	C	276	tight thermal	0.09	0.5
1	1	A	284	medium thermal	0.11	2
1	2	B	284	medium thermal	0.11	2
1	3	C	284	medium thermal	0.1	2
2	1	A	248	medium thermal	1.47	2
2	2	B	248	medium thermal	1.01	2
2	3	C	248	medium thermal	0.82	2
2	1	A	262	loose thermal	1.28	10
2	2	B	262	loose thermal	0.9	10
2	3	C	262	loose thermal	0.86	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	110	-
R_work	0.323	2016	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9466	-0.1136	0.1395	4.5061	1.9548	5.1931	-0.3409	-0.5121	0.4984	0.5056	-0.1554	0.302	-0.3992	-0.512	0.4963	0.1676	0.0799	-0.0548	0.3593	-0.1606	0.1229	-49.2105	39.6207	-26.7528
2	4.3452	0.0467	-0.6035	1.1654	-0.5973	2.7064	0.1463	0.0497	0.1801	0.0255	-0.0091	0.0596	-0.19	-0.153	-0.1372	0.0206	-0.0224	0.0072	0.298	0.0038	0.091	-51.6025	33.0713	-58.1871
3	2.0891	0.6441	0.3044	2.6941	-0.5289	4.3407	0.2326	-0.1229	-0.0006	-0.0955	-0.2584	0.1667	-0.2153	0.5243	0.0258	0.0589	-0.0096	-0.0095	0.2801	0.0444	0.026	-30.2846	40.2065	-81.1531
4	2.6574	-0.0665	-0.3369	1.8483	-0.4207	2.745	0.0086	-0.1202	-0.0682	0.1605	0.016	-0.0571	0.1705	-0.0571	-0.0246	0.0939	-0.0597	-0.0065	0.0645	0.0288	0.0829	-17.7993	17.2503	-22.7529
5	0.4752	0.1193	0.2544	3.1033	-0.3338	3.401	-0.0222	0.0336	-0.1192	-0.0053	0.0881	0.0385	0.3166	-0.3908	-0.0659	0.0809	-0.0999	0.01	0.1281	0.0052	0.1477	-28.3899	11.1628	-37.6464
6	1.6175	0.3469	-0.5778	1.8775	-0.5874	2.6403	-0.1143	0.4043	-0.1303	-0.1704	0.1061	0.0305	0.3648	-0.2418	0.0082	0.0791	-0.0854	0.0074	0.187	-0.0541	0.1118	-22.4174	14.4173	-55.7627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	133 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	133 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	133 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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