PDB-3my7: The Crystal Structure of the ACDH domain of an Alcohol Dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3my7

タイトル

The Crystal Structure of the ACDH domain of an Alcohol Dehydrogenase from Vibrio parahaemolyticus to 2.25A

要素

Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ACDH / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / alcohol metabolic process / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Weger, A. / Volkart, L. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the ACDH domain of an Alcohol Dehydrogenase from Vibrio parahaemolyticus to 2.25A
著者: Stein, A.J. / Weger, A. / Volkart, L. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3my7.cif.gz	605.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3my7.ent.gz	503.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3my7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3my7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3my7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3huf-5 6lb7-2 4i0d-2 3wyo-d 6s9p-d 5zhx-3 4hzt-2 4i1c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC91449.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

B: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

C: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

D: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

195 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

D: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
97.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

C: Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
97.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.654, 145.489, 91.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alcohol dehydrogenase/acetaldehyde dehydrogenase 分子量: 48742.500 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-452 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP2121 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87MW0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 79755 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.547 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 19.674 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.281	3748	5 %	RANDOM
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.232	78260	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.49 Å²	0 Å²	0.73 Å²
2-	-	-1.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11853	0	4	100	11957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	12025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.956	16372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.087	5	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.89	25.425	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.141	15	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.01	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8869
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.437	1.5	8194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.808	2	13056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.668	3	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.469	4.5	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	293	-
R_work	0.27	5169	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.1258	-14.8966	-13.5425	21.9911	19.7546	18.4988	0.3513	-0.7437	0.6747	-0.8468	1.1582	-0.782	-0.104	0.719	-1.5095	1.1083	-0.2408	-0.299	0.5606	0.2735	1.0241	10.5009	13.9653	-24.4902
2	2.0551	-0.3639	1.881	4.3711	-0.7449	12.4184	-0.1218	0.032	-0.1909	-0.1347	0.1355	-0.3275	-0.0628	-0.2592	-0.0138	0.1756	0.0262	0.08	0.2065	-0.0123	0.2374	12.2701	5.6255	-10.6767
3	3.1826	-1.2753	-0.3023	3.5495	-0.6364	2.9889	0.0175	-0.0847	0.2801	0.0201	-0.0582	-0.2076	0.0478	0.0383	0.0407	0.0925	-0.0521	0.0158	0.0658	-0.0042	0.1253	1.192	24.9526	-2.5869
4	1.2114	-3.1889	1.6593	12.7619	-6.1982	4.7469	0.0075	-0.1937	-0.3226	0.6445	0.0302	0.2989	0.1513	-0.0659	-0.0376	0.2238	-0.0284	-0.0337	0.2642	0.0988	0.1912	0.7339	11.2014	6.63
5	1.6504	0.4096	-0.6148	4.3192	0.3301	1.5456	0.1045	0.0737	-0.1594	-0.0234	-0.2109	0.267	0.1958	0.1417	0.1065	0.1454	-0.0359	0.0067	0.1677	-0.0373	0.091	-0.533	9.1621	-6.2363
6	4.4565	1.3713	-0.9969	2.778	0.9994	0.9491	0.0117	0.0005	-0.1935	-0.0933	-0.0874	0.013	-0.0422	-0.039	0.0756	0.1578	0.0472	-0.0135	0.0693	-0.0279	0.0493	3.007	11.3157	-7.2781
7	1.9175	-0.103	0.9769	2.8606	-1.4571	3.0629	0.0499	0.3526	0.0038	-0.3945	-0.0224	-0.1809	-0.0414	0.2573	-0.0275	0.1732	-0.0062	0.0839	0.1693	0.0179	0.0696	8.2247	18.3274	-11.0523
8	1.4454	1.5942	-1.4745	2.4254	-1.0514	2.0039	-0.2328	0.4151	0.1821	-0.6029	0.2494	0.4097	-0.0799	-0.5797	-0.0167	0.4538	-0.0002	-0.0278	0.3625	0.0119	0.1901	-1.091	7.8006	-18.7658
9	3.8179	-2.1826	1.8777	9.6528	1.9351	2.8779	0.0097	0.4752	0.506	-0.9333	-0.1088	0.2976	-0.4434	0.1028	0.0991	0.3488	-0.0693	-0.0171	0.3568	-0.003	0.3615	-9.8985	5.7308	-15.2113
10	5.6946	1.3955	0.8006	6.3474	-1.4855	0.7212	-0.0342	-0.2979	0.6682	0.2394	0.0862	0.3208	-0.2069	-0.0504	-0.052	0.1953	-0.0452	0.0587	0.114	-0.0483	0.1864	-32.279	22.9442	1.4677
11	10.5535	2.8299	0.196	4.3653	-0.1049	0.0166	-0.0868	-0.3312	-0.3916	0.4475	0.0511	-0.1465	-0.0192	0.0139	0.0357	0.1918	0.0551	-0.0105	0.2212	0.0723	0.2175	-18.7137	25.7915	-4.5382
12	10.1809	-0.0774	-3.3717	6.0136	1.7977	5.6359	-0.1536	-0.2636	0.6532	0.5395	0.1719	0.6178	-0.1519	-0.2461	-0.0183	0.136	0.0462	0.0247	0.1148	0.0181	0.1178	-39.2352	26.0793	-3.0642
13	4.773	-0.0539	-1.4606	3.7527	-0.0713	3.2178	-0.0027	0.2336	0.3758	-0.1668	0.0026	0.1616	-0.0751	-0.0867	0.0001	0.1713	-0.0042	-0.0789	0.1652	0.0443	0.1571	-27.7569	30.5259	-14.4442
14	2.7771	-4.9184	4.4691	9.0686	-8.3462	7.7849	0.269	0.638	0.2541	-0.3931	-0.6803	-0.3351	0.1999	0.5077	0.4112	0.3483	0.1073	-0.1265	0.6596	0.17	0.3817	-21.0892	35.5917	-16.2436
15	3.0032	0.2399	-0.1236	10.1429	2.159	3.3268	-0.0288	0.1884	0.1815	-0.1721	0.0167	0.2483	0.1276	-0.0801	0.012	0.146	0.0175	-0.0043	0.1897	0.0453	0.0323	-29.6854	26.5392	-13.1305
16	2.9012	1.9462	-0.5426	3.4137	-1.5229	1.7183	-0.0076	-0.094	-0.1899	0.018	0.0013	0.003	0.0117	0.0016	0.0062	0.143	0.0187	-0.0271	0.1317	-0.0175	0.0865	-32.1466	17.2568	-4.5623
17	2.6843	-4.4941	-0.3938	11.9948	1.384	0.1757	-0.302	-0.4835	-0.3354	0.9232	0.1719	1.0609	0.12	-0.0388	0.1301	0.2091	-0.1128	0.0729	0.3173	0.0552	0.1899	-37.0934	10.3997	5.0865
18	0.3438	-2.1117	-0.765	17.3705	8.8909	5.7723	0.0657	-0.0922	0.1451	-0.3561	-0.1522	-0.5523	-0.2794	-0.445	0.0865	0.25	-0.0202	-0.0273	0.2763	0.0536	0.2631	-27.3772	11.9725	1.8282
19	7.525	4.3688	-4.4696	2.5376	-2.5953	2.6559	-0.2519	-0.4391	-0.8794	-0.171	-0.2565	-0.4956	0.1532	0.2545	0.5083	0.5762	0.0224	-0.1721	0.6016	-0.133	0.5325	-14.9755	13.7722	2.0116
20	1.9643	-6.6794	1.3035	23.2498	-4.5442	0.9151	-0.1728	-0.1772	-0.4101	0.553	0.3937	1.0216	-0.0466	-0.0335	-0.221	0.2681	0.015	0.0492	0.2541	0.097	0.3887	0.7594	-6.1642	1.9221
21	2.892	-0.3077	-2.0423	1.5155	2.0422	17.4792	-0.012	0.2422	0.0904	-0.2326	-0.0665	0.2778	0.0347	-0.0184	0.0785	0.2243	0.0313	-0.0652	0.211	0.0335	0.3639	-46.0535	-5.3298	28.11
22	9.222	-2.773	-3.4777	7.3968	4.0408	8.5048	-0.4614	-0.5317	-0.3774	0.6073	0.4156	0.6205	0.1423	0.1398	0.0458	0.1456	-0.0362	0.0216	0.1854	0.0493	0.1787	-42.2889	-20.7726	41.5154
23	5.5609	-1.6202	-0.3032	2.9603	0.3362	9.3672	0.1646	0.2244	-0.1735	-0.1334	-0.0634	-0.1037	0.0946	0.6072	-0.1012	0.1883	-0.0274	-0.0593	0.1751	-0.0833	0.3575	-30.3838	-29.821	27.1121
24	0.8123	-1.8543	-0.4313	7.314	5.2958	6.3029	-0.168	-0.1325	-0.0235	0.8526	0.3786	-0.0603	0.685	0.2278	-0.2106	0.207	-0.0277	-0.0021	0.2383	-0.0185	0.321	-32.6534	-21.7372	42.8186
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79	1.0465	1.1835	-2.1531	16.362	-2.4299	4.4466	0.0135	0.3897	0.0577	-0.2347	0.0622	0.6017	0.0401	-0.7877	-0.0757	0.2159	0.0394	0.0681	0.2011	0.0027	0.3141	2.3117	-21.1335	0.1547
80	3.5546	-3.4108	0.2951	6.1584	-0.6448	0.1004	-0.0794	0.1377	-0.0378	0.4234	0.0074	-0.3378	-0.0067	0.0902	0.072	0.3099	0.0519	-0.0307	0.3783	0.0288	0.1576	-20.1322	-1.4855	2.4504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	71 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	97 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	123 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	140 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	172 - 195
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	196 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	215 - 234
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	235 - 250
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	251 - 263
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	264 - 296
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	297 - 312
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	313 - 336
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	337 - 378
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	379 - 386
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	387 - 400
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	401 - 434
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	435 - 449
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	2 - 28
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	29 - 46
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	47 - 66
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	67 - 81
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	82 - 93
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	94 - 118
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	119 - 139
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	140 - 168
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	169 - 195
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	196 - 212
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	338 - 347
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	348 - 378
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	1 - 10
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	96 - 116
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	117 - 137
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	138 - 165
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	166 - 195
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	196 - 213
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	214 - 235
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	247 - 263
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79	X-RAY DIFFRACTION	79	D	394 - 402
80	X-RAY DIFFRACTION	80	D	403 - 448

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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