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万見
- PDB-3dfx: Opposite GATA DNA binding -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dfx
タイトルOpposite GATA DNA binding
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DGP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DC)-3')
  • Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
キーワードTranscription/DNA / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / type IV hypersensitivity / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation ...nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / type IV hypersensitivity / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / HMG box domain binding / positive regulation of thyroid hormone generation / otic vesicle development / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / nephric duct morphogenesis / norepinephrine biosynthetic process / pro-T cell differentiation / cellular response to interferon-alpha / interleukin-2 receptor binding / cardiac right ventricle morphogenesis / ureter maturation / mesenchymal to epithelial transition / parathyroid gland development / mast cell differentiation / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / parathyroid hormone secretion / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of signal transduction / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / lymphocyte migration / mesonephros development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / regulation of T-helper cell differentiation / ear development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / histone methyltransferase binding / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / sympathetic nervous system development / pharyngeal system development / negative regulation of cell motility / cell activation / cellular response to BMP stimulus / cell fate determination / Ub-specific processing proteases / aortic valve morphogenesis / cartilage development / lens development in camera-type eye / embryonic hemopoiesis / T-helper 2 cell differentiation / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell differentiation / ventricular septum development / inner ear morphogenesis / negative regulation of interleukin-2 production / cochlea development / regulation of neuron projection development / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of interleukin-4 production / E-box binding / uterus development / TOR signaling / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of cell cycle / T cell differentiation / homeostasis of number of cells / developmental growth / embryonic organ development / canonical Wnt signaling pathway / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cell maturation / regulation of neuron apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / regulation of cytokine production / cellular response to interleukin-4 / axon guidance / post-embryonic development / erythrocyte differentiation / thymus development / positive regulation of cytokine production / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to gamma radiation / positive regulation of cell differentiation / transcription coactivator binding / neuron migration / cell morphogenesis / response to virus / neuron differentiation / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to estrogen / male gonad development
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type ...Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bates, D.L. / Kim, G.K. / Guo, L. / Chen, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of multiple GATA zinc fingers bound to DNA reveal new insights into DNA recognition and self-association by GATA.
著者: Bates, D.L. / Chen, Y. / Kim, G. / Guo, L. / Chen, L.
履歴
登録2008年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DGP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DC)-3')
Y: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
A: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
B: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4836
ポリマ－26,3524
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.882, 30.370, 75.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DGP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DC)-3')


分子量: 6150.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 6113.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 / GATA-binding factor 3


分子量: 7044.058 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 308-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gata3, Gata-3 / プラスミド: pEt28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta plyS / 参照: UniProt: P23772
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化温度: 290 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mM Mg(OAc), Cacodylic acid, 30% PEG 4K , pH 6.5, hanging drop, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Cacodylic acid11
2Mg(OAc)11
3Cacodylic acid12
4Mg(OAc)12
5PEG 4K12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 8491 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.951 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.80.4528271.077100
2.8-2.910.3288311.157100
2.91-3.040.2518721.295100
3.04-3.20.1428021.538100
3.2-3.40.1018561.89499.9
3.4-3.660.0878182.161100
3.66-4.030.0748582.414100
4.03-4.610.0688562.628100
4.61-5.80.0678672.801100
5.8-300.0489042.63699.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.7→25.32 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.755 /
Rfactor反射数
Rfree0.298 864
Rwork0.276 -
obs-8145
原子変位パラメータBiso max: 170.54 Å2 / Biso mean: 61.468 Å2 / Biso min: 7.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数894 814 2 0 1710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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